Да, о существованит мавзолея Джучи в Улытау свидетельствуют средневек. источники.
При этом согласно Марко Поло монгольских ханов хоронили на Алтае:
"...всех великих государей, потомков Чингисхана… хоронят в большой горе Алтай; и где бы ни помер великий государь татар, хотя бы за сто дней пути от той горы, его привозят туда хоронить..."
Мне кажется что разгадка стоит в древней практике "временных" или "условных" захоронений (по казахски "аманат жерлеу"). Поэтому это нормально когда существует несколько гробниц.
Один из относительно свежих примеров - это могила лидера Алаш Орды чингизида Алихана Букейханова в Карагандинской области Казахстана, где была захоронена лишь его шапка. Такая же дополнительная гробница в Ордосе была у его предка Чингисхана.