Есть попытка Пискуновой И.В. более менее обобщить новые архивные данные на момент 1995 года (нынче появились более интересные архивные данные) с уже имеющимися сведениями относительно сырдарьинских каракалпаков 18 века. Дана оценка тому, что каракалпаки в этот период все же были раздроблены, основная часть сохраняла самостоятельность, но некоторые группы были включены в состав соседних ханств. Рассматривается взаимоотношения каракалпаков с народами России (башкирами, калмыками и др.).
Не раскрыта до конца ханская династия каракалпаков, относительно происхождения Ишим Мухаммеда дается несколько версии, предлагают отдельного исследования этого вопроса. И вовсе не раскрыты взаимоотношения сырдарьинских каракалпаков с казахскими ханами.
Автореферат: "Сырдарьинские каракалпаки и Россия в 18 веке".
http://cheloveknauka.com/syrdarinskie-karakalpaki-i-rossiya-v-xviii-veke
Я думаю документы РГАДА не использовались нормально. Там думаю будет масса информации.