1. в расовом типе местами похожи, но среди ногайцев есть кавказоиды, а среди казахов явные монголоиды.
2. генетически местами опять же пересекаются, но такого сходства как между казахами и каракалпаками нет
3. я тут дискутирую с Noghay когда эти кавказские примеси повились. я считал что в недавнее время (в постногайордынский - в кавказский период), а он утверждает что эти компоненты были еще во времена НО от аланов и контактов с Кавказом. туранидность казахов объясняет тем, что они больше подверглись смешению с пришлыми монголами в 13 в.
4. оба народа вышли из ЗО. при этом ногайцы, казахи и каракалпаки из степной - кочевой части. конечно братаны, просто с какого то момента (окооло 400 лет назад) пути их разошлись отсюда думаю и различия
5. не уверен но я в нете нашел данные по которым по аутосомам ногайцы не так близки к казахам (у них больше кавказских линии), но есть сходства. опять же: смотря с кем сравнивать. по отцовской линии караногайцы и карагаши очень близки к казахам, ставропольские и кубанские - нет