Др.-тюркск. kurɣan «крепость», ср.:: тур., кыпч., тар. kurɣan, казах., чагат. korɣan, кирг. kоrɣоn; отсюда др.-русск. коурганъ «могильный холм» (Переясл. летоп., список ХV в.), но также курганъ «крепость» (Новгор. I летоп. 1224 г.; Новгор. грам. 1548 г. и др.), русск., укр. курга́н и др.
Значение действительно "крепость", а не возвышенность, здесь я неправильно плясал от русского значения. Могу предположить что корень "кур" - строить, курган - досл. "построенный" / крепость.