1. Что такое монгольская генетика? Полагаю, что С2? Которое было обнаружено в захоронении хунну? Кыргызы покорились ЧХ добровольно, потом приняли участие в восстании туматов, потом с разной степенью ожесточения участвовали в войне Ариг-Буки и Хубилая. С момента возникновения Джунгарского ханства кыргызы были включены в политические и экономические процессы именно ойратов. Булгачи и керемучи вообще упоминаются как чисто могольские племена. И теперь Булгачи это название крупного отдела Ичкилик. Это фиксируется в "Маджму ат-Таварих".
2. Сложение чагатаев и могулов не было паралельным с их исламизмом, карлукоязычием и т.д. Полагаю, что именно карлукоязычие, а также большая тяга к оседанию привели к появлению термина "караунас" - т.е. "метис". Оно отражало понятное для могулов смешение чагатаев с местным оседлым карлукоязычным населением. И кстати тут юзер Уйгур не вполне понимает ситуацию с Юнус-ханом, которого по сути изгнали с ВТ из-за чрезмерного его увлечения городами и оседлой жизнью. Это чисто кочевническое неприятие оседлых.
3. Появление кыргызов в Мангалай Субэ было связано с переориентацией ойратов с китайских экономических зон на центральноазиатские. Опять таки 60% современных кыргызов это R1a, так что писать о якобы монгольской генетике - это полная ерунда. Повторюсь о хуннском захоронении с С2. Сильной исламизации они действительно избежали. Про небольшую группу я бы не стал писать, как бы "небольшая группа" потом выгнала с родных гор собственно могулов?
4. Могулы в это время были чисто кочевой (вспомним караунасов и Юнус-хана, или описание Бабуром Ахмед-хана) стратой, которая не смешивалась с местным населением. Собственно уйгурское население конечно-же принимало участие в политической жизни ханства, однако небольшое, вследствие того, что до появления повсеместного огнестрельного вооружения, шансы оседлого населения на победу войне или столкновениях были ничтожно малы. Вспомним как 600 всадников Ивана 3-го разогнали 10-тысячное новгородское ополчение. Уйгуры имхо играли большую роль в чисто государственных управленческих функциях - казна, торговля, документация, делопроизводство - потому-что были гораздо более образованнее кочевников. Это уже потом могулы начали оседать и растворяться в местном населении и вошли в состав кочевых соседей.
5. Во многом аргументы обывателей построены лишь на определении некоей "монгольскости", которая полагаю, имеет прежде всего антропологическое значение (все монголоиды = монголы). МХД писал очень четко, он был непосредственным участником событий, сам был дуглатом, моголом и по сути лучше всех знал , кто такие кыргызы и моголы. Кыргызов он именует "дикими львами Могулистана" и пишет, что они по сути один народ, только кыргызы не признают чингизидов и менее исламизированы. Понятно, что они были другим народом. Даже принимая определение в "монгольскости" кыргызов надо предполагать, что местное уйгурское население в то время и позже даже близко не стояло к этой "монгольскости", а значит и моголам, которые возносили в доблесть чингизизм, кочевой уклад, ясу и т.д. Здесь вы противоречите сами себе.
6. А что мы знаем могольскую генетику? Но полагаю, что она должна быть очень близка монгольской генетике, так как все могольские племена это выходцы из Центральной Азии и Монголии. И полагаю, что моголы были смешаны прежде всего с подобными себе тюркскими кочевниками, нежели местным оседлым населением.
7. Есть такое понятие, как косвенные источники. И сейчас монолдор это крупнейшее кыргызское племя, они считаются потомками Наалы-эже, а Нааль - это одно из монгольских божеств. Именно в могольское время кыргызы сформировались как большой этнический коллектив и заняли Ала-Тоо, распределив между собой кочевья, урочища и долины. И сформировав в многом условную стройную триальную родо-племенную систему. Могольская генеалогия практически одинакова с генеалогией кыргызских племен правого крыла, наиболее гомогенной в этническом отношении группы. Я имею в виду, что это потомки двух братьев Тагая и Адыгене, а также их сестры Наалы-эже.
Пы.Сы. Про "карлукоязычие" можно писать также как и про "кыпчакоязычие" моголов.