Двойные гласные в кыргызском это наследие енисейско-кыргызского языка. Этот компонент архаичен, был перекрыт кыпчакским слоем. В итоге получился кыпчакский язык с древним ен. кыргызским компонентом, это язык кыргызов, южных алтайцев/телеутов.
Плюс — есть мнение о том, что все сибирские языки, в том числе и совр. кыргызский имеют некие общие черты, которые называют "саяно-алтайскими".