Kazakh Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа Каракалпаки Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Karakalpak 10.16 22.15 0.07 3.26 5.3 16.4 2.86 0.1 1.63 27.2 10.87 0 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 39 минут назад, Kazakh сказал: Каракалпаки Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Karakalpak 10.16 22.15 0.07 3.26 5.3 16.4 2.86 0.1 1.63 27.2 10.87 0 По другим популяциям есть? Уйгуры, кыргызы, туркмены, узбеки, алтайцы, башкиры. Я PCA график построю. Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа PCA (Метод основных компонент) на данных из Dodecad K12b 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kazakh Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 37 минут назад, olley сказал: По другим популяциям есть? Уйгуры, кыргызы, туркмены, узбеки, алтайцы, башкиры. Я PCA график построю. Да, есть по этой ссылке https://genoplot.com/calculators Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Uygur 16.5 15.1 0.05 4.59 2.23 13.12 5 0.01 1.81 30.48 11.09 0 Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Kirghiz 8.37 27.17 0.12 3.84 2.77 11.38 2.39 0.02 0.79 35.9 7.25 0.03 Tajik Kirghiz 8.98 24.36 0.1 4.55 3.39 12.46 2.35 0.05 0.18 35.37 8.22 0 Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Afghan Uzbek 28.38 6.95 0.08 1 4.29 12.04 11.66 0.09 5.37 11.74 18.39 0 Jewish Uzbekistan 11.19 0.46 0.01 0.63 3.95 3.56 0.78 0 10.6 0 68.68 0.19 Uzbek 17.7 15.62 0.18 1.34 3.86 15.88 5.42 0.11 2.53 20.41 16.93 0.02 Uzbek Turkmen 19.58 13.1 0.18 2.02 6.6 12.91 5.14 0.07 6.46 14.09 19.77 0.09 Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Afghan Turkmen 19.4 15.28 0.28 0.96 5.79 14.44 5.34 0.28 3.39 15.67 19.17 0 Turkmen 26.62 7.21 0.63 2.07 4.8 10.85 5.67 0.13 6.9 7.82 27.21 0.1 Uzbek Turkmen 19.58 13.1 0.18 2.02 6.6 12.91 5.14 0.07 6.46 14.09 19.77 0.09 Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Altaian 9.49 30.12 0.14 1.48 4.77 22.31 1.97 0.03 0.04 26.14 3.5 0.02 Altaian Chelkan 12.59 30.35 0.21 1.62 3.97 24.99 1.48 0.07 0 22.35 2 0.36 Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan Bashkir 10.32 23.64 0.1 1.25 8.41 30.78 1.67 0.1 0.36 15.43 7.95 0.01 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа Код в Питоне для PCA для данных из Dodecad K12b. Добавьте свои данные в код из K12b и можно создать график на https://colab.research.google.com/ Code Спойлер import pandas as pd from sklearn.decomposition import PCA import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt # Data from the user input data = { 'Balkars_Y': [15.8, 3.9, 0, 0.1, 0.8, 19.4, 0.1, 0, 0, 3.3, 56.6, 0], 'Chuvashs': [4.5, 20, 0, 0, 6.7, 52.7, 1, 0, 0.7, 4.1, 10.2, 0], 'Hazara': [20.5, 17.3, 0, 2.5, 2.6, 9.2, 6.5, 0, 2.3, 29.5, 9.5, 0], 'Mongol': [5.9, 36.1, 0, 0.5, 3.1, 5.5, 0.5, 0, 0, 44.6, 3.8, 0], 'Nogais_Y': [12.9, 11.4, 0, 0.5, 4.5, 21.3, 0.7, 0, 0.1, 11.5, 37.3, 0], 'Tajiks_Y': [33.9, 6.4, 0, 0.9, 4.2, 18.6, 7.3, 0, 3.1, 7.7, 18, 0], 'Turkmens_Y': [28, 6.6, 0, 1.7, 4.7, 10.3, 5.4, 0, 6.8, 7.7, 28.7, 0], 'Tuva': [4.4, 51.3, 0, 0.5, 0.5, 6.7, 0.1, 0, 0, 34.7, 1.7, 0], 'Uygur': [17.1, 13.3, 0, 4.8, 1.3, 13.7, 4.9, 0, 1.6, 31.7, 11.6, 0], 'Uzbekistan_Jews': [20.3, 0.6, 0.9, 0.6, 7.7, 4.4, 1.3, 0.3, 18.5, 0, 45.4, 0], 'Uzbeks': [17.5, 16.8, 0, 0.8, 3.4, 16, 5, 0, 2.3, 23.3, 15, 0], 'Nogai': [12.87, 10.67, 0.28, 0.72, 4.55, 22.07, 0.59, 0, 0.66, 11.9, 35.68, 0], 'Nogai_Astrakhan': [7.16, 23.65, 0.43, 2.79, 8.1, 17.77, 1.17, 0.01, 1.95, 27.43, 9.5, 0.04], 'Nogai_Karachay_Cherkessia': [13.08, 10.9, 0.23, 1.14, 3.84, 20.54, 0.51, 0.16, 0.71, 12.88, 35.94, 0.07], 'Nogai_Stavropol': [10.77, 20.07, 0.17, 2.25, 7.03, 17.51, 2.11, 0.03, 1.67, 24.76, 13.64, 0], 'Kazakh': [8.09, 25.69, 0.19, 3.17, 4.9, 15.31, 1.78, 0.01, 0.82, 31.81, 8.23, 0], 'Kazakh_China': [7.44, 27.14, 0.1, 5.9, 2.31, 11.06, 1.99, 0.1, 0.49, 38.05, 5.25, 0.18], 'Karakalpak': [10.16, 22.15, 0.07, 3.26, 5.3, 16.4, 2.86, 0.1, 1.63, 27.2, 10.87, 0] } # Create a DataFrame df = pd.DataFrame(data).T # Perform PCA pca = PCA(n_components=2) principal_components = pca.fit_transform(df) explained_variance = pca.explained_variance_ratio_ # Create a DataFrame for PCA results pca_df = pd.DataFrame(data=principal_components, columns=['PC1', 'PC2'], index=df.index) # Plotting the PCA results with Seaborn plt.figure(figsize=(14, 10)) scatter_plot = sns.scatterplot(x=pca_df['PC1'], y=pca_df['PC2'], s=20) for i, txt in enumerate(pca_df.index): scatter_plot.annotate(txt, (pca_df['PC1'][i], pca_df['PC2'][i]), fontsize=8) plt.title('PCA based on Dodecad K12b', fontsize=20) plt.xlabel(f'Principal Component 1 ({explained_variance[0]:.2%} variance)', fontsize=15) plt.ylabel(f'Principal Component 2 ({explained_variance[1]:.2%} variance)', fontsize=15) plt.grid(True) plt.show() # Print explained variance print(f'Explained variance by PC1: {explained_variance[0]:.2%}') print(f'Explained variance by PC2: {explained_variance[1]:.2%}') Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа Добавил еще несколько популяций 1 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 2 часа назад, Kazakh сказал: ............ Если хотите , то я ваши данные помещу на график из Dodecad K12b. 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа Согласно данным из Dodecad K12b Ногайцы Астрахани, ногайцы Ставрополья и каракалпаки генетически близки . Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kazakh Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 2 часа назад, olley сказал: Если хотите , то я ваши данные помещу на график из Dodecad K12b. давайте:) спасибо Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 5 минут назад, Kazakh сказал: давайте:) спасибо Так данные ваши нужны из калькулятора Dodecad K12b или откуда их берут загружая сырые данные. Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kamal Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 40 минут назад, olley сказал: Согласно данным из Dodecad K12b Ногайцы Астрахани, ногайцы Ставрополья и каракалпаки генетически близки . У Иванова П.П. есть сведения от своих астраханских коллег о том, что в начале 20 века Астраханские ногайцы называли себя каракалпаками и, думаю, они же попали в книгу Реклю в 19 веке в составе 300 тысяч российских каракалпаков, проживавших на тот момент в составе РИ от Сибири до Кавказа, в общем, тут всё понятно. Но, ничего не слышал о Ставропольских ногайцах-каракалпаках, тем не менее есть информация по поводу моего рода Колдаулы: - как у Ставропольских туркменов, так и у Ставропольских ногайцев не только мой род зафиксирован, а ещё есть Казаяклы, Мамат и другие распространенные у современных каракалпаков рода, поэтому, думаю, генетическая близость никак не оспаривается. Только непонятно, в данном наборе присутствуют данные тех 50 каракалпаков или с других работ тоже есть представители?! 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kazakh Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 9 минут назад, olley сказал: Так данные ваши нужны из калькулятора Dodecad K12b или откуда их берут загружая сырые данные. D Gedrosia Siberian Northwest_African Southeast_Asian Atlantic_Med North_European South_Asian East_African Southwest_Asian East_Asian Caucasus Sub_Saharan DOD865 7.9 26.4 0 1.1 2 17.3 4.4 0 2.7 32.1 6.2 0 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 16 минут назад, Kamal сказал: Только непонятно, в данном наборе присутствуют данные тех 50 каракалпаков или с других работ тоже есть представители?! Я не могу знать, откуда взята выборка каракалпаков из Астрахани и Ставрополья, которые генетически схожи с каракалпаками. Кто-то опубликовал исследование и поделился данными генома через базу данных. Если мне не изменяет память, проект Dodecad ведет грек (?)по имени Диенекес Понтикос. Я взял обработанные данные в программном обеспечении ADMIXTURE у Диенекеса. Есть и другие образцы ногайцев из Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкессии. Юнусбаев опубликовал данные 16 ногайцев, и эти ногайцы очень генетически схожи с народами Северного Кавказа, в частности с балкарцами. 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
olley Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 22 минуты назад, Kazakh сказал: D Gedrosia Siberian Northwest_African Southeast_Asian Atlantic_Med North_European South_Asian East_African Southwest_Asian East_Asian Caucasus Sub_Saharan DOD865 7.9 26.4 0 1.1 2 17.3 4.4 0 2.7 32.1 6.2 0 Ваш на графиках DOD865 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kamal Опубликовано 8 августа Поделиться Опубликовано 8 августа 1 час назад, olley сказал: Я не могу знать, откуда взята выборка каракалпаков из Астрахани и Ставрополья, которые генетически схожи с каракалпаками. Кто-то опубликовал исследование и поделился данными генома через базу данных. Если мне не изменяет память, проект Dodecad ведет грек (?)по имени Диенекес Понтикос. Я взял обработанные данные в программном обеспечении ADMIXTURE у Диенекеса. Есть и другие образцы ногайцев из Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкессии. Юнусбаев опубликовал данные 16 ногайцев, и эти ногайцы очень генетически схожи с народами Северного Кавказа, в частности с балкарцами. Вообще-то, сейчас в Астрахани и Ставрополе нет каракалпаков, они перевелись под местное название. А про Кавказ тоже понятно, в Ногайскую орду (в Центр) были включены не только степные кочевники, но и коренные кавказцы. Как говорится, благоденствие или благополучный Центр - втягивает всех в округе, а при его разрушении - все сами по себе. Если конкретно, то кавказские ногайцы изначально были кавказцами, поэтому не надо на них напирать, мол, кочевники восприняли кавказскую культуру, танцуют лезгинку и т.д. Всё это было у них изначальной кавказской культурой и, только название закрепилось как за бывшими подданными Ногайской орды, то есть, "ногайцы". Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
asan-kaygy Опубликовано 9 августа Автор Поделиться Опубликовано 9 августа 18 часов назад, Zerek сказал: Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке? Могли. Плюс С2 это не монгольские племена. Апачи и навахо тоже С2, но явно не монголы Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kazakh Опубликовано 9 августа Поделиться Опубликовано 9 августа @asan-kaygy прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491 "Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478. Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы." Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Бозбет Шыны Опубликовано 9 августа Поделиться Опубликовано 9 августа 3 часа назад, Kazakh сказал: @asan-kaygy прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491 "Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478. Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы." У найманов баганалы, торткара и талканшы я находил R1b https://eurasica.ru/forums/topic/4830-жагалбайлы/?do=findComment&comment=464928 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
asan-kaygy Опубликовано 11 августа Автор Поделиться Опубликовано 11 августа В 09.08.2024 в 15:16, Kazakh сказал: @asan-kaygy прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491 "Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478. Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы." Компания Триген она такая 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kayrat Опубликовано 11 августа Поделиться Опубликовано 11 августа У найман R1b-z2103 снип R-ZQ618, с общим предком в 12-13 веке. Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Zerek Опубликовано 11 августа Поделиться Опубликовано 11 августа 4 часа назад, Kayrat сказал: У найман R1b-z2103 снип R-ZQ618, с общим предком в 12-13 веке. Это из какого рода? Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
Kayrat Опубликовано 11 августа Поделиться Опубликовано 11 августа 2 часа назад, Zerek сказал: Это из какого рода? Я так понял все r1b найманы в разных подродах, как раз там пересекаются. 3 Биг У есть. 1 Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
кылышбай Опубликовано 13 августа Поделиться Опубликовано 13 августа В 08.08.2024 в 14:31, Zerek сказал: Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке? Да, могли т.к. гаплогруппа С большая и издревле присутствует в степных образцах Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
кылышбай Опубликовано 13 августа Поделиться Опубликовано 13 августа В 08.08.2024 в 19:44, olley сказал: Ваш на графиках DOD865 Аутосомы это +-50% от материнской линии. Женские линии сильнее коррелируют с географией и они будут всегда общие с соседями. Есть исследование где четко снижается доля азиатских мт ДНК линии с востока на запад. Исключение: калмыки. Ногайцы же тесно контактируют с автохтонами Кавказа уже 4 столетия Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться
кылышбай Опубликовано 13 августа Поделиться Опубликовано 13 августа 2 часа назад, кылышбай сказал: Аутосомы это +-50% от материнской линии. Женские линии сильнее коррелируют с географией и они будут всегда общие с соседями. Есть исследование где четко снижается доля азиатских мт ДНК линии с востока на запад. Исключение: калмыки. Ногайцы же тесно контактируют с автохтонами Кавказа уже 4 столетия Кстати, у казахов Мл. жуза азиатских мт ДНК гаплогрупп меньше чем у Ст и Ср. жузов. География! Ссылка на комментарий Поделиться на другие сайты Поделиться