Jump to content
asan-kaygy

Казахский ДНК-проект

By asan-kaygy, in Тюркские народы

Recommended Posts

Kazakh Опытный пользователь

Kazakh

Posted
Posted

Каракалпаки

Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Karakalpak 10.16 22.15 0.07 3.26 5.3 16.4 2.86 0.1 1.63 27.2 10.87 0
  • Like 1
Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted
39 минут назад, Kazakh сказал:

Каракалпаки

Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Karakalpak 10.16 22.15 0.07 3.26 5.3 16.4 2.86 0.1 1.63 27.2 10.87 0

По другим популяциям есть? Уйгуры, кыргызы, туркмены, узбеки, алтайцы, башкиры. Я PCA график построю.

Link to comment
Share on other sites
Kazakh Опытный пользователь

Kazakh

Posted
Posted
37 минут назад, olley сказал:

По другим популяциям есть? Уйгуры, кыргызы, туркмены, узбеки, алтайцы, башкиры. Я PCA график построю.

Да, есть по этой ссылке https://genoplot.com/calculators

Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Uygur 16.5 15.1 0.05 4.59 2.23 13.12 5 0.01 1.81 30.48 11.09 0
Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Kirghiz 8.37 27.17 0.12 3.84 2.77 11.38 2.39 0.02 0.79 35.9 7.25 0.03
Tajik Kirghiz 8.98 24.36 0.1 4.55 3.39 12.46 2.35 0.05 0.18 35.37 8.22 0
Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Afghan Uzbek 28.38 6.95 0.08 1 4.29 12.04 11.66 0.09 5.37 11.74 18.39 0
Jewish Uzbekistan 11.19 0.46 0.01 0.63 3.95 3.56 0.78 0 10.6 0 68.68 0.19
Uzbek 17.7 15.62 0.18 1.34 3.86 15.88 5.42 0.11 2.53 20.41 16.93 0.02
Uzbek Turkmen 19.58 13.1 0.18 2.02 6.6 12.91 5.14 0.07 6.46 14.09 19.77 0.09
Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Afghan Turkmen 19.4 15.28 0.28 0.96 5.79 14.44 5.34 0.28 3.39 15.67 19.17 0
Turkmen 26.62 7.21 0.63 2.07 4.8 10.85 5.67 0.13 6.9 7.82 27.21 0.1
Uzbek Turkmen 19.58 13.1 0.18 2.02 6.6 12.91 5.14 0.07 6.46 14.09 19.77 0.09
Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Altaian 9.49 30.12 0.14 1.48 4.77 22.31 1.97 0.03 0.04 26.14 3.5 0.02
Altaian Chelkan 12.59 30.35 0.21 1.62 3.97 24.99 1.48 0.07 0 22.35 2 0.36
Sample Gedrosia Siberian Northwest African Southeast Asian Atlantic Med North European South Asian East African Southwest Asian East Asian Caucasus Sub Saharan
Bashkir 10.32 23.64 0.1 1.25 8.41 30.78 1.67 0.1 0.36 15.43 7.95 0.01
  • Одобряю 1
Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted

Код в Питоне для PCA для  данных из Dodecad K12b. Добавьте свои данные в код из K12b и можно создать график на https://colab.research.google.com/

 

Code 

Спойлер

import pandas as pd
from sklearn.decomposition import PCA
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

# Data from the user input
data = {
    'Balkars_Y': [15.8, 3.9, 0, 0.1, 0.8, 19.4, 0.1, 0, 0, 3.3, 56.6, 0],
    'Chuvashs': [4.5, 20, 0, 0, 6.7, 52.7, 1, 0, 0.7, 4.1, 10.2, 0],
    'Hazara': [20.5, 17.3, 0, 2.5, 2.6, 9.2, 6.5, 0, 2.3, 29.5, 9.5, 0],
    'Mongol': [5.9, 36.1, 0, 0.5, 3.1, 5.5, 0.5, 0, 0, 44.6, 3.8, 0],
    'Nogais_Y': [12.9, 11.4, 0, 0.5, 4.5, 21.3, 0.7, 0, 0.1, 11.5, 37.3, 0],
    'Tajiks_Y': [33.9, 6.4, 0, 0.9, 4.2, 18.6, 7.3, 0, 3.1, 7.7, 18, 0],
    'Turkmens_Y': [28, 6.6, 0, 1.7, 4.7, 10.3, 5.4, 0, 6.8, 7.7, 28.7, 0],
    'Tuva': [4.4, 51.3, 0, 0.5, 0.5, 6.7, 0.1, 0, 0, 34.7, 1.7, 0],
    'Uygur': [17.1, 13.3, 0, 4.8, 1.3, 13.7, 4.9, 0, 1.6, 31.7, 11.6, 0],
    'Uzbekistan_Jews': [20.3, 0.6, 0.9, 0.6, 7.7, 4.4, 1.3, 0.3, 18.5, 0, 45.4, 0],
    'Uzbeks': [17.5, 16.8, 0, 0.8, 3.4, 16, 5, 0, 2.3, 23.3, 15, 0],
    'Nogai': [12.87, 10.67, 0.28, 0.72, 4.55, 22.07, 0.59, 0, 0.66, 11.9, 35.68, 0],
    'Nogai_Astrakhan': [7.16, 23.65, 0.43, 2.79, 8.1, 17.77, 1.17, 0.01, 1.95, 27.43, 9.5, 0.04],
    'Nogai_Karachay_Cherkessia': [13.08, 10.9, 0.23, 1.14, 3.84, 20.54, 0.51, 0.16, 0.71, 12.88, 35.94, 0.07],
    'Nogai_Stavropol': [10.77, 20.07, 0.17, 2.25, 7.03, 17.51, 2.11, 0.03, 1.67, 24.76, 13.64, 0],
    'Kazakh': [8.09, 25.69, 0.19, 3.17, 4.9, 15.31, 1.78, 0.01, 0.82, 31.81, 8.23, 0],
    'Kazakh_China': [7.44, 27.14, 0.1, 5.9, 2.31, 11.06, 1.99, 0.1, 0.49, 38.05, 5.25, 0.18],
    'Karakalpak': [10.16, 22.15, 0.07, 3.26, 5.3, 16.4, 2.86, 0.1, 1.63, 27.2, 10.87, 0]
}

# Create a DataFrame
df = pd.DataFrame(data).T

# Perform PCA
pca = PCA(n_components=2)
principal_components = pca.fit_transform(df)
explained_variance = pca.explained_variance_ratio_

# Create a DataFrame for PCA results
pca_df = pd.DataFrame(data=principal_components, columns=['PC1', 'PC2'], index=df.index)

# Plotting the PCA results with Seaborn
plt.figure(figsize=(14, 10))
scatter_plot = sns.scatterplot(x=pca_df['PC1'], y=pca_df['PC2'], s=20)

for i, txt in enumerate(pca_df.index):
    scatter_plot.annotate(txt, (pca_df['PC1'][i], pca_df['PC2'][i]), fontsize=8)

plt.title('PCA based on Dodecad K12b', fontsize=20)
plt.xlabel(f'Principal Component 1 ({explained_variance[0]:.2%} variance)', fontsize=15)
plt.ylabel(f'Principal Component 2 ({explained_variance[1]:.2%} variance)', fontsize=15)
plt.grid(True)
plt.show()

# Print explained variance
print(f'Explained variance by PC1: {explained_variance[0]:.2%}')
print(f'Explained variance by PC2: {explained_variance[1]:.2%}')
 

 

Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted
2 часа назад, Kazakh сказал:

............

                         

Если хотите , то я ваши данные помещу на график из Dodecad K12b.

  • Одобряю 1
Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted

Согласно данным из Dodecad K12b

 

Ногайцы Астрахани, ногайцы Ставрополья и каракалпаки генетически близки .

 

 

Untitled1.png

Link to comment
Share on other sites
Kazakh Опытный пользователь

Kazakh

Posted
Posted
2 часа назад, olley сказал:

Если хотите , то я ваши данные помещу на график из Dodecad K12b.

давайте:) спасибо

Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted
5 минут назад, Kazakh сказал:

давайте:) спасибо

Так данные ваши нужны из калькулятора Dodecad K12b или откуда их берут загружая сырые данные.

Link to comment
Share on other sites
Kamal Супераксакал

Kamal

Posted
Posted
40 минут назад, olley сказал:

Согласно данным из Dodecad K12b

 

Ногайцы Астрахани, ногайцы Ставрополья и каракалпаки генетически близки .

 

 

Untitled1.png

У Иванова П.П. есть сведения от своих астраханских коллег о том, что в начале 20 века Астраханские ногайцы называли себя каракалпаками и, думаю, они же попали в книгу Реклю в 19 веке в составе 300 тысяч российских каракалпаков, проживавших на тот момент в составе РИ от Сибири до Кавказа, в общем, тут всё понятно. Но, ничего не слышал о Ставропольских ногайцах-каракалпаках, тем не менее есть информация по поводу моего рода Колдаулы: - как у Ставропольских туркменов, так и у Ставропольских ногайцев не только мой род зафиксирован, а ещё есть Казаяклы, Мамат и другие распространенные у современных каракалпаков рода, поэтому, думаю, генетическая близость никак не оспаривается. Только непонятно, в данном наборе присутствуют данные тех 50 каракалпаков или с других работ тоже есть представители?!

  • Одобряю 1
Link to comment
Share on other sites
Kazakh Опытный пользователь

Kazakh

Posted
Posted
9 минут назад, olley сказал:

Так данные ваши нужны из калькулятора Dodecad K12b или откуда их берут загружая сырые данные.

D Gedrosia Siberian Northwest_African Southeast_Asian Atlantic_Med North_European South_Asian East_African Southwest_Asian East_Asian Caucasus Sub_Saharan
DOD865 7.9 26.4 0 1.1 2 17.3 4.4 0 2.7 32.1 6.2 0
Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted
16 минут назад, Kamal сказал:

 Только непонятно, в данном наборе присутствуют данные тех 50 каракалпаков или с других работ тоже есть представители?!

Я не могу знать, откуда взята выборка каракалпаков из Астрахани и Ставрополья, которые генетически схожи с каракалпаками. Кто-то опубликовал исследование и поделился данными генома через базу данных. Если мне не изменяет память, проект Dodecad ведет грек (?)по имени Диенекес Понтикос. Я взял обработанные данные в программном обеспечении ADMIXTURE у Диенекеса. 

Есть и другие образцы ногайцев из Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкессии. Юнусбаев опубликовал данные 16 ногайцев, и эти ногайцы очень генетически схожи с народами Северного Кавказа, в частности с балкарцами. 

  • Thanks 1
Link to comment
Share on other sites
olley Старожил форума

olley

Posted
Posted
22 минуты назад, Kazakh сказал:
D Gedrosia Siberian Northwest_African Southeast_Asian Atlantic_Med North_European South_Asian East_African Southwest_Asian East_Asian Caucasus Sub_Saharan
DOD865 7.9 26.4 0 1.1 2 17.3 4.4 0 2.7 32.1 6.2 0

 

 

Ваш на графиках DOD865

 

 

 

 

Untitled1-1.png

 

 

 

 

 

 

Untitled1-2.png

  • Like 1
Link to comment
Share on other sites
Kamal Супераксакал

Kamal

Posted
Posted
1 час назад, olley сказал:

Я не могу знать, откуда взята выборка каракалпаков из Астрахани и Ставрополья, которые генетически схожи с каракалпаками. Кто-то опубликовал исследование и поделился данными генома через базу данных. Если мне не изменяет память, проект Dodecad ведет грек (?)по имени Диенекес Понтикос. Я взял обработанные данные в программном обеспечении ADMIXTURE у Диенекеса. 

Есть и другие образцы ногайцев из Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкессии. Юнусбаев опубликовал данные 16 ногайцев, и эти ногайцы очень генетически схожи с народами Северного Кавказа, в частности с балкарцами. 

Вообще-то, сейчас в Астрахани и Ставрополе нет каракалпаков, они перевелись под местное название. А про Кавказ тоже понятно, в Ногайскую орду (в Центр) были включены не только степные кочевники, но и коренные кавказцы. Как говорится, благоденствие или благополучный Центр - втягивает всех в округе, а при его разрушении - все сами по себе. Если конкретно, то кавказские ногайцы изначально были кавказцами, поэтому не надо на них напирать, мол, кочевники восприняли кавказскую культуру, танцуют лезгинку и т.д. Всё это было у них изначальной кавказской культурой и, только название закрепилось как за бывшими подданными Ногайской орды, то есть, "ногайцы".

Link to comment
Share on other sites
asan-kaygy Супераксакал

asan-kaygy

Posted
  • Author
Posted
18 часов назад, Zerek сказал:

Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке?

Могли. Плюс С2 это не монгольские племена. Апачи и навахо тоже С2, но явно не монголы

Link to comment
Share on other sites
Kazakh Опытный пользователь

Kazakh

Posted
Posted

@asan-kaygy  прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? 

Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. 

Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491

"Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478.  Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы."

Link to comment
Share on other sites
Бозбет Шыны Старожил форума

Бозбет Шыны

Posted
Posted
3 часа назад, Kazakh сказал:

@asan-kaygy  прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? 

Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. 

Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491

"Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478.  Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы."

У найманов баганалы, торткара и талканшы я находил R1b https://eurasica.ru/forums/topic/4830-жагалбайлы/?do=findComment&comment=464928

  • Like 1
Link to comment
Share on other sites
asan-kaygy Супераксакал

asan-kaygy

Posted
  • Author
Posted
В 09.08.2024 в 15:16, Kazakh сказал:

@asan-kaygy  прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? 

Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. 

Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491

"Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478.  Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы."

Компания Триген она такая

  • Одобряю 1
Link to comment
Share on other sites
Zerek Старожил форума

Zerek

Posted
Posted
4 часа назад, Kayrat сказал:

У найман R1b-z2103 снип R-ZQ618, с общим предком в 12-13 веке. 

Это из какого рода?

Link to comment
Share on other sites
Kayrat Пользователь

Kayrat

Posted
Posted
2 часа назад, Zerek сказал:

Это из какого рода?

Я так понял все r1b найманы в разных подродах, как раз там пересекаются. 3 Биг У есть. 

  • Одобряю 1
Link to comment
Share on other sites
кылышбай Супераксакал

кылышбай

Posted
Posted
В 08.08.2024 в 14:31, Zerek сказал:

Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке?

Да, могли т.к. гаплогруппа С большая и издревле присутствует в степных образцах

Link to comment
Share on other sites
кылышбай Супераксакал

кылышбай

Posted
Posted
В 08.08.2024 в 19:44, olley сказал:

 

 

Ваш на графиках DOD865

 

 

 

 

Untitled1-1.png

 

 

 

 

 

 

Untitled1-2.png

Аутосомы это +-50% от материнской линии. Женские линии сильнее коррелируют с географией и они будут всегда общие с соседями. Есть исследование где четко снижается доля азиатских мт ДНК линии с востока на запад. Исключение: калмыки. Ногайцы же тесно контактируют с автохтонами Кавказа уже 4 столетия

large.2024-08-13_12-16-30.png.5edc64c097

Link to comment
Share on other sites
кылышбай Супераксакал

кылышбай

Posted
Posted
2 часа назад, кылышбай сказал:

Аутосомы это +-50% от материнской линии. Женские линии сильнее коррелируют с географией и они будут всегда общие с соседями. Есть исследование где четко снижается доля азиатских мт ДНК линии с востока на запад. Исключение: калмыки. Ногайцы же тесно контактируют с автохтонами Кавказа уже 4 столетия

large.2024-08-13_12-16-30.png.5edc64c097

Кстати, у казахов Мл. жуза азиатских мт ДНК гаплогрупп меньше чем у Ст и Ср. жузов. География!

Link to comment
Share on other sites

Create an account or sign in to comment

You need to be a member in order to leave a comment

Create an account

Sign up for a new account in our community. It's easy!

Register a new account

Sign in

Already have an account? Sign in here.

Sign In Now
Go to topic listing
×
×
  • Create New...