Так уж получалось у кочевников, что на протяжении тысячелетий они имели большую склонность к передвижениям. Например кочевали в одном регионе, потом вследствии нападения других племен откочевывали в более безопасные районы и т.д. Постоянно с востока на запад (как впрочем и с запада на восток, но реже) накатывались волны народов, которые состояли из некоторого количества родов и племен. Завоеватели ассимилировали побежденных, таким образом в составе одних народов оказывались иноплеменники. Яркий пример племя КЫТАЙ. Известно, что это потомки кара-китаев, завоевавших Ср. Азию в 12 веке. В составе кыргызов они оказались уже в 16 веке - это племя упоминает в своем списке Ахсикенти. Живут сейчас в Таласе ( в основном).
По поводу одинаковых названий родов в составе кыргызских племен. После джунгарского нашествия, когда основная часть кыргызов покинула свои кочевья на Тянь-Шане и ушла в Фергану, кыргызы возвращались на прежние кочевья как могли. Кочевья заселялись по праву сильного. Именно тогда, по видимости, и произошло большое смешение родов. Многие роды жили чересполосно, что только способствовало смешению.
Постоянные передвижки племен и привели к тому, что часть тех же кыргыз-кыпчаков оказались в Фергане, а другая часть в Восточном Туркестане. Т.е. из основного массива кыргыз-кыпчаков, живших в Вост. Туркестане, откололась большая часть (тогуз-уруу кыпчактары) и поселилась в Ферганской долине (в основном Баткен и частично Алай). Некоторая часть этих кыпчаков оказались на севере - например в Тору-Айгыре (один из родов кыпчаков, о них говорится в малом эпосе "Олджобай менен Кишимжан"), т.е. в Чуйской долине.