Енисейские кыргызы начиная с 840 года начали проникать на Алтай. С возникновением Кимакского каганата в нем обособилась область Каракархан, где жили племена кимаков "обычаями похожие на кыргызов", именно в этой области формируется ядро будущих ца-кыргызов. Полагаю, что до монгольского нашествия, которое переформатировало многие народы и государства, они проживали на Большом Алтае. В 14 веке они уже были в Джунгарии, и уже оттуда, во время ослабления могольского гос-ва ушли на запад и заняли ТШ уже во времена Султан-Саида и его преемников.
Причем стоит отметить, что двигались они условно по горам - Большой Алтай, Восточный ТШ (который почти упирается в Алтай), Западный ТШ, Памир и южнее частично даже проникли в Гиндукуш, — так как для кыргызов было характерно горное/вертикальное кочевание.