1. Кучум хан был ханом Сибирского ханства, который после поражения бежал по разным источникам, то к казахам, то к ногайцам тут утверждать что либо однозначно нельзя, но он не был правителем каракалпаков, и умер в 1601 году (не точная дата но именно в этом году его сын стал ханом и обьявил войну России поэтому точно не мог быть правителем каракалпаков). Абдул Гаффар правил не долга, и с уверенностью говорить что он чингизид нельзя. Про Урус Мухаммеда вы конечно приврали, мало того что он чингизид из казахской ветки, внук Шигай хана, так еще и был Касимовским ханом,и конечно он будет просит помощи у Таукеля, ведь он его родственник и Урус Мухаммед сам был из Казахского ханства.
Абдал Гаффар укрывался в городе Туркестан и Ташкент, а захватить их смог лишь только во время смуты в Казахском ханстве (что у вас за желание из него великого правителя сделать а из Есим хана неудачника которого по вашим словам разбили, приведите доказательства), убили его во время того как Абдал гаффар переберался и был не под защитой города, удачное время чтоб закончить войну убив главаря восставших каракалпаков, заметьте после его смерти Туркестан и другие города быстро вернулись под контроль.
2. Только у вас вызывает сомнение что Таукель хан и другим ханом не подчинялись каракалпаки. Мало вам сведеньи о том что в совет Биев Казахского хана при Тауке хане был и каракалпак Сасык бии который подчинялся ему.
3. Поищите получше. Насчет небылиц, а приведите пример когда каракалпаки были отдельной силой долгое время и не подчинялись кому либо.