1. Тут, как раз, узбеки и туркмены не так и близко к вам. Да и по др. выборкам насколько помню к вам ближе казахи. Аутосомы чаще зависят от географии: браки и смешения ведь с теми кто рядом. Но видимо культурные различия между ногайцами и народами Кавказа с одной стороны и каракалпаками и узбеками с др. стороны оказались сильнее соседства. Поэтому вы сохранили очень много общего генофонда. Ногайцы ведь от нас отделились не так давно: ок. 400-450 лет назад. Плюс кочевники все же сохраняли долгое время обособленность от др. народов региона
2. Думаю численность узбеков из Золотой орды и автохтонов Мавераннахра, Хорезма, Ферганы, Хорасана были несоизмеримы. Оседлые просто поглотили кочевников. Даже если племенные узбеки до последнего оставались ведущим политическим компонентом Средней Азии по численности их было разы меньше.