Казахский ДНК-проект

[Kazakh]

Каракалпаки

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Karakalpak	10.16	22.15	0.07	3.26	5.3	16.4	2.86	0.1	1.63	27.2	10.87	0

[olley]

  В 08.08.2024 в 09:43, Kazakh сказал:

Каракалпаки

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Karakalpak	10.16	22.15	0.07	3.26	5.3	16.4	2.86	0.1	1.63	27.2	10.87	0

Показать  

По другим популяциям есть? Уйгуры, кыргызы, туркмены, узбеки, алтайцы, башкиры. Я PCA график построю.

[olley]

PCA (Метод основных компонент) на данных из Dodecad K12b

 

 

[Kazakh]

  В 08.08.2024 в 10:24, olley сказал:

По другим популяциям есть? Уйгуры, кыргызы, туркмены, узбеки, алтайцы, башкиры. Я PCA график построю.

Показать  

Да, есть по этой ссылке https://genoplot.com/calculators

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Uygur	16.5	15.1	0.05	4.59	2.23	13.12	5	0.01	1.81	30.48	11.09	0

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Kirghiz	8.37	27.17	0.12	3.84	2.77	11.38	2.39	0.02	0.79	35.9	7.25	0.03
Tajik Kirghiz	8.98	24.36	0.1	4.55	3.39	12.46	2.35	0.05	0.18	35.37	8.22	0

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Afghan Uzbek	28.38	6.95	0.08	1	4.29	12.04	11.66	0.09	5.37	11.74	18.39	0
Jewish Uzbekistan	11.19	0.46	0.01	0.63	3.95	3.56	0.78	0	10.6	0	68.68	0.19
Uzbek	17.7	15.62	0.18	1.34	3.86	15.88	5.42	0.11	2.53	20.41	16.93	0.02
Uzbek Turkmen	19.58	13.1	0.18	2.02	6.6	12.91	5.14	0.07	6.46	14.09	19.77	0.09

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Afghan Turkmen	19.4	15.28	0.28	0.96	5.79	14.44	5.34	0.28	3.39	15.67	19.17	0
Turkmen	26.62	7.21	0.63	2.07	4.8	10.85	5.67	0.13	6.9	7.82	27.21	0.1
Uzbek Turkmen	19.58	13.1	0.18	2.02	6.6	12.91	5.14	0.07	6.46	14.09	19.77	0.09

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Altaian	9.49	30.12	0.14	1.48	4.77	22.31	1.97	0.03	0.04	26.14	3.5	0.02
Altaian Chelkan	12.59	30.35	0.21	1.62	3.97	24.99	1.48	0.07	0	22.35	2	0.36

Sample	Gedrosia	Siberian	Northwest African	Southeast Asian	Atlantic Med	North European	South Asian	East African	Southwest Asian	East Asian	Caucasus	Sub Saharan
Bashkir	10.32	23.64	0.1	1.25	8.41	30.78	1.67	0.1	0.36	15.43	7.95	0.01

[olley]

Код в Питоне для PCA для  данных из Dodecad K12b. Добавьте свои данные в код из K12b и можно создать график на https://colab.research.google.com/

 

Code 

  Показать контент

import pandas as pd
from sklearn.decomposition import PCA
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

# Data from the user input
data = {
    'Balkars_Y': [15.8, 3.9, 0, 0.1, 0.8, 19.4, 0.1, 0, 0, 3.3, 56.6, 0],
    'Chuvashs': [4.5, 20, 0, 0, 6.7, 52.7, 1, 0, 0.7, 4.1, 10.2, 0],
    'Hazara': [20.5, 17.3, 0, 2.5, 2.6, 9.2, 6.5, 0, 2.3, 29.5, 9.5, 0],
    'Mongol': [5.9, 36.1, 0, 0.5, 3.1, 5.5, 0.5, 0, 0, 44.6, 3.8, 0],
    'Nogais_Y': [12.9, 11.4, 0, 0.5, 4.5, 21.3, 0.7, 0, 0.1, 11.5, 37.3, 0],
    'Tajiks_Y': [33.9, 6.4, 0, 0.9, 4.2, 18.6, 7.3, 0, 3.1, 7.7, 18, 0],
    'Turkmens_Y': [28, 6.6, 0, 1.7, 4.7, 10.3, 5.4, 0, 6.8, 7.7, 28.7, 0],
    'Tuva': [4.4, 51.3, 0, 0.5, 0.5, 6.7, 0.1, 0, 0, 34.7, 1.7, 0],
    'Uygur': [17.1, 13.3, 0, 4.8, 1.3, 13.7, 4.9, 0, 1.6, 31.7, 11.6, 0],
    'Uzbekistan_Jews': [20.3, 0.6, 0.9, 0.6, 7.7, 4.4, 1.3, 0.3, 18.5, 0, 45.4, 0],
    'Uzbeks': [17.5, 16.8, 0, 0.8, 3.4, 16, 5, 0, 2.3, 23.3, 15, 0],
    'Nogai': [12.87, 10.67, 0.28, 0.72, 4.55, 22.07, 0.59, 0, 0.66, 11.9, 35.68, 0],
    'Nogai_Astrakhan': [7.16, 23.65, 0.43, 2.79, 8.1, 17.77, 1.17, 0.01, 1.95, 27.43, 9.5, 0.04],
    'Nogai_Karachay_Cherkessia': [13.08, 10.9, 0.23, 1.14, 3.84, 20.54, 0.51, 0.16, 0.71, 12.88, 35.94, 0.07],
    'Nogai_Stavropol': [10.77, 20.07, 0.17, 2.25, 7.03, 17.51, 2.11, 0.03, 1.67, 24.76, 13.64, 0],
    'Kazakh': [8.09, 25.69, 0.19, 3.17, 4.9, 15.31, 1.78, 0.01, 0.82, 31.81, 8.23, 0],
    'Kazakh_China': [7.44, 27.14, 0.1, 5.9, 2.31, 11.06, 1.99, 0.1, 0.49, 38.05, 5.25, 0.18],
    'Karakalpak': [10.16, 22.15, 0.07, 3.26, 5.3, 16.4, 2.86, 0.1, 1.63, 27.2, 10.87, 0]
}

# Create a DataFrame
df = pd.DataFrame(data).T

# Perform PCA
pca = PCA(n_components=2)
principal_components = pca.fit_transform(df)
explained_variance = pca.explained_variance_ratio_

# Create a DataFrame for PCA results
pca_df = pd.DataFrame(data=principal_components, columns=['PC1', 'PC2'], index=df.index)

# Plotting the PCA results with Seaborn
plt.figure(figsize=(14, 10))
scatter_plot = sns.scatterplot(x=pca_df['PC1'], y=pca_df['PC2'], s=20)

for i, txt in enumerate(pca_df.index):
    scatter_plot.annotate(txt, (pca_df['PC1'][i], pca_df['PC2'][i]), fontsize=8)

plt.title('PCA based on Dodecad K12b', fontsize=20)
plt.xlabel(f'Principal Component 1 ({explained_variance[0]:.2%} variance)', fontsize=15)
plt.ylabel(f'Principal Component 2 ({explained_variance[1]:.2%} variance)', fontsize=15)
plt.grid(True)
plt.show()

# Print explained variance
print(f'Explained variance by PC1: {explained_variance[0]:.2%}')
print(f'Explained variance by PC2: {explained_variance[1]:.2%}')
 

 

[olley]

Добавил еще несколько популяций

 

 

 

[olley]

  В 08.08.2024 в 09:43, Kazakh сказал:

............

Показать  

Если хотите , то я ваши данные помещу на график из Dodecad K12b.

[olley]

Согласно данным из Dodecad K12b

 

Ногайцы Астрахани, ногайцы Ставрополья и каракалпаки генетически близки .

 

 

[Kazakh]

  В 08.08.2024 в 11:58, olley сказал:

Если хотите , то я ваши данные помещу на график из Dodecad K12b.

Показать  

давайте:) спасибо

[olley]

  В 08.08.2024 в 14:02, Kazakh сказал:

давайте:) спасибо

Показать  

Так данные ваши нужны из калькулятора Dodecad K12b или откуда их берут загружая сырые данные.

[Kamal]

  В 08.08.2024 в 13:06, olley сказал:

Согласно данным из Dodecad K12b

 

Ногайцы Астрахани, ногайцы Ставрополья и каракалпаки генетически близки .

 

 

Показать  

У Иванова П.П. есть сведения от своих астраханских коллег о том, что в начале 20 века Астраханские ногайцы называли себя каракалпаками и, думаю, они же попали в книгу Реклю в 19 веке в составе 300 тысяч российских каракалпаков, проживавших на тот момент в составе РИ от Сибири до Кавказа, в общем, тут всё понятно. Но, ничего не слышал о Ставропольских ногайцах-каракалпаках, тем не менее есть информация по поводу моего рода Колдаулы: - как у Ставропольских туркменов, так и у Ставропольских ногайцев не только мой род зафиксирован, а ещё есть Казаяклы, Мамат и другие распространенные у современных каракалпаков рода, поэтому, думаю, генетическая близость никак не оспаривается. Только непонятно, в данном наборе присутствуют данные тех 50 каракалпаков или с других работ тоже есть представители?!

[Kazakh]

  В 08.08.2024 в 14:08, olley сказал:

Так данные ваши нужны из калькулятора Dodecad K12b или откуда их берут загружая сырые данные.

Показать  

D

Gedrosia

Siberian

Northwest_African

Southeast_Asian

Atlantic_Med

North_European

South_Asian

East_African

Southwest_Asian

East_Asian

Caucasus

Sub_Saharan

DOD865

7.9

26.4

0

1.1

2

17.3

4.4

0

2.7

32.1

6.2

0

[olley]

  В 08.08.2024 в 14:14, Kamal сказал:

 Только непонятно, в данном наборе присутствуют данные тех 50 каракалпаков или с других работ тоже есть представители?!

Показать  

Я не могу знать, откуда взята выборка каракалпаков из Астрахани и Ставрополья, которые генетически схожи с каракалпаками. Кто-то опубликовал исследование и поделился данными генома через базу данных. Если мне не изменяет память, проект Dodecad ведет грек (?)по имени Диенекес Понтикос. Я взял обработанные данные в программном обеспечении ADMIXTURE у Диенекеса. 

Есть и другие образцы ногайцев из Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкессии. Юнусбаев опубликовал данные 16 ногайцев, и эти ногайцы очень генетически схожи с народами Северного Кавказа, в частности с балкарцами. 

[olley]

  В 08.08.2024 в 14:19, Kazakh сказал:

D

Gedrosia

Siberian

Northwest_African

Southeast_Asian

Atlantic_Med

North_European

South_Asian

East_African

Southwest_Asian

East_Asian

Caucasus

Sub_Saharan

DOD865

7.9

26.4

0

1.1

2

17.3

4.4

0

2.7

32.1

6.2

0

Показать  

 

 

Ваш на графиках DOD865

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

[Kamal]

  В 08.08.2024 в 14:32, olley сказал:

Я не могу знать, откуда взята выборка каракалпаков из Астрахани и Ставрополья, которые генетически схожи с каракалпаками. Кто-то опубликовал исследование и поделился данными генома через базу данных. Если мне не изменяет память, проект Dodecad ведет грек (?)по имени Диенекес Понтикос. Я взял обработанные данные в программном обеспечении ADMIXTURE у Диенекеса. 

Есть и другие образцы ногайцев из Кабардино-Балкарии или Карачаево-Черкессии. Юнусбаев опубликовал данные 16 ногайцев, и эти ногайцы очень генетически схожи с народами Северного Кавказа, в частности с балкарцами. 

Показать  

Вообще-то, сейчас в Астрахани и Ставрополе нет каракалпаков, они перевелись под местное название. А про Кавказ тоже понятно, в Ногайскую орду (в Центр) были включены не только степные кочевники, но и коренные кавказцы. Как говорится, благоденствие или благополучный Центр - втягивает всех в округе, а при его разрушении - все сами по себе. Если конкретно, то кавказские ногайцы изначально были кавказцами, поэтому не надо на них напирать, мол, кочевники восприняли кавказскую культуру, танцуют лезгинку и т.д. Всё это было у них изначальной кавказской культурой и, только название закрепилось как за бывшими подданными Ногайской орды, то есть, "ногайцы".

[asan-kaygy]

  В 08.08.2024 в 09:31, Zerek сказал:

Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке?

Показать  

Могли. Плюс С2 это не монгольские племена. Апачи и навахо тоже С2, но явно не монголы

[Kazakh]

@asan-kaygy  прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? 

Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. 

Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491

"Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478.  Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы."

[Бозбет Шыны]

  В 09.08.2024 в 09:16, Kazakh сказал:

@asan-kaygy  прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? 

Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. 

Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491

"Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478.  Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы."

Показать  

У найманов баганалы, торткара и талканшы я находил R1b https://eurasica.ru/forums/topic/4830-жагалбайлы/?do=findComment&comment=464928

[asan-kaygy]

  В 09.08.2024 в 09:16, Kazakh сказал:

@asan-kaygy  прочитал новостную статью про мальчика усыновленного бельгийцами. Хотел спросить, у найманов находили R1b? 

Просто сомнение есть по предиктору TreeGene по 27 маркерам. Аркалык место рождения парня, это Торгай и вотчина кыпшаков. 

Вот ссылка: https://qazalem.kz/ru/news/491

"Мы определили гаплогруппу Жанибека R1b-M478.  Через гаплотип определили гаплогруппу. Таким образом, его род будет известен по численности населения. В гаплогруппе Джанибека наблюдались признаки двух родов. Один — Найман, другой — Кыпшак. После исследования Найман стала видна разница после 2-х мутаций. А до Кипчака разница наблюдалась из 7 мутаций. После того как Y-хромосома совпала с Найманами, мы записали его в книгу как представителя Среднего жуза, рода Найман, из семейства Баганалы."

Показать  

Компания Триген она такая

[Kayrat]

У найман R1b-z2103 снип R-ZQ618, с общим предком в 12-13 веке. 

[Zerek]

  В 11.08.2024 в 04:41, Kayrat сказал:

У найман R1b-z2103 снип R-ZQ618, с общим предком в 12-13 веке. 

Показать  

Это из какого рода?

[Kayrat]

  В 11.08.2024 в 08:50, Zerek сказал:

Это из какого рода?

Показать  

Я так понял все r1b найманы в разных подродах, как раз там пересекаются. 3 Биг У есть. 

[кылышбай]

  В 08.08.2024 в 09:31, Zerek сказал:

Субклады гаплогрупы С, обычно ассоциируемые с движением монгольских племен в Среднюю Азию при Чингис-хане могли ли на самом деле быть местными, появившимися в Средней Азии в том же 8-9 веке?

Показать  

Да, могли т.к. гаплогруппа С большая и издревле присутствует в степных образцах

[кылышбай]

  В 08.08.2024 в 14:44, olley сказал:

 

 

Ваш на графиках DOD865

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Показать  

Аутосомы это +-50% от материнской линии. Женские линии сильнее коррелируют с географией и они будут всегда общие с соседями. Есть исследование где четко снижается доля азиатских мт ДНК линии с востока на запад. Исключение: калмыки. Ногайцы же тесно контактируют с автохтонами Кавказа уже 4 столетия

[кылышбай]

  В 13.08.2024 в 06:48, кылышбай сказал:

Аутосомы это +-50% от материнской линии. Женские линии сильнее коррелируют с географией и они будут всегда общие с соседями. Есть исследование где четко снижается доля азиатских мт ДНК линии с востока на запад. Исключение: калмыки. Ногайцы же тесно контактируют с автохтонами Кавказа уже 4 столетия

Показать  

Кстати, у казахов Мл. жуза азиатских мт ДНК гаплогрупп меньше чем у Ст и Ср. жузов. География!