Ув. Эсен, Мокеев пишет правильно, что "господствующие кыргызские племена были ассимилированы местным населением" (которого было количественно больше), поэтому сохранились мужские гаплы R1a, но язык стал уже другим. Получается включившиеся в состав кыргызов кимако-кыпчаки, огузы, карлуки приняли этноним "кыргыз". Или вы считаете, что там были исключительно 100% R1a кыргызы?
На тот период алтайские кыргызы и ен. кыргызы были уже разными по языку народами, с разной культурой. Поэтому ен. кыргызы в составе джунгар резали т-ш кыргызов, между нами была война.