У-хромосома не связана ни с языками (языки по генам не передаются) ни с внешностью, она только определяет происхождение по отцу.
Представьте, если сюда приедет один европеец и его дети и потомки на протяжении 50 поколений будут жениться на казашках. Уже в третьем колене они будут вылитые казахи (по геному также), и не будут говорить на европейском языке. Так что тюрки это яыковая группа не пересекающаяся с гаплогруппами. Это изразных категорий, как круглое и теплое.
Насчет автохтонности, наши предки были кочевники и на земле не сидели, так что автохтонность для казахстана понятие расплывчатое.