https://www.nature.com/articles/s10038-020-0775-1

Article
Published: 19 May 2020

Phylogenetic analysis of the Y-chromosome haplogroup C2b-F1067, a dominant paternal lineage in Eastern Eurasia

Qiao Wu, Hui-Zhen Cheng, Na Sun, Peng-Cheng Ma, Jin Sun, Hong-Bing Yao, Yong-Mei Xie, Yong-Lan Li, Song-Lin Meng, Maxat Zhabagin, Yan-Huan Cai, Da-Ru Lu, Shi Yan & Lan-Hai Wei

Journal of Human Genetics (2020)Cite this article

Abstract

Human Y-chromosome haplogroup C2b-F1067 is one of the dominant paternal lineages of populations in Eastern Eurasia. In order to explore the origin, diversification, and expansion of this haplogroup, we generated 206 new Y-chromosome sequences from C2b-F1067 males and coanalyzed 220 Y-chromosome sequences of this haplogroup. BEAST software was used to reconstruct a revised phylogenetic tree of haplogroup C2b-F1067 with age estimates. The revised phylogeny of C2b-F1067 included 155 sublineages, 1986 non-private variants, and >6000 private variants. The age estimation suggested that the initial splitting of C2b-F1067 happened at about 32.8 thousand years ago (kya) and the major sublineages of this haplgroup experienced continuous expansion in the most recent 10,000 years. We identified numerous sublineages that were nearly specific for Korean, Mongolian, Chinese, and other ethnic minorities in China. In particular, we evaluated the candidate-specific lineage for the Dayan Khan family and the Confucius family, the descendants of the ruling family of the Chinese Shang dynasty. These findings suggest that ancient populations with varied C2b-F1067 sublineages played an important role during the formation of most modern populations in Eastern Eurasia, and thus eventually became the founding paternal lineages of these populations.

Аннотация
Гаплогруппа человеческой Y-хромосомы C2b-F1067 является одной из доминирующих отцовских линий населения в Восточной Евразии. Для изучения происхождения, диверсификации и распространения этой гаплогруппы нами было сгенерировано 206 новых Y-хромосомных последовательностей у мужчин с C2b-F1067 и совместно проанализировано 220 Y-хромосомных последовательностей этой гаплогруппы. Программа BEAST была использована для реконструкции пересмотренного филогенетического дерева гаплогруппы C2b-F1067 с оценками возраста. Пересмотренная филогения C2b-F1067 включала 155 подлиний, 1986 не частных вариантов и> 6000 частных вариантов. Оценка возраста показала, что первоначальное расщепление C2b-F1067 произошло примерно 32,8 тысячи лет назад (kya), и основные сублинии этой гаплогруппы испытали непрерывное расширение в последние 10 000 лет. Мы выявили многочисленные подлинии, которые были почти специфичны для корейцев, монголов, китайцев и других этнических меньшинств Китая. В частности, мы оценивали родословную конкретного кандидата для семьи Даян-Хана и семьи Конфуция, потомков правящей семьи китайской династии Шан. Эти находки позволяют предположить, что древние популяции с различными подлиниями C2b-F1067 играли важную роль в формировании большинства современных популяций Восточной Евразии, и, таким образом, в конечном итоге, стали основополагающими отцовскими линиями этих популяций.

https://www.cambridge.org/core/journals/evolutionary-human-sciences/article/bioarchaeological-perspective-on-the-expansion-of-transeurasian-languages-in-neolithic-amur-river-basin/70D28FAB333D120EA9F4701AE192C891/core-reader

Bioarchaeological perspective on the expansion of Transeurasian languages in Neolithic Amur River basin

    Yinqiu Cui (a1) (a2), Fan Zhang (a2), Pengcheng Ma (a2), Linyuan Fan (a2), Chao Ning (a2) (a3), Quanchao Zhang (a4), Wei Zhang (a5), Lixin Wang (a1) and Martine Robbeets (a3)

    All author information showing
        (a1)        1Research Center for Chinese Frontier Archaeology, Jilin University, Changchun130012, China
        (a2)        2School of Life Sciences, Jilin University, Changchun130012, China
        (a3)        3Eurasia3angle, Max Planck Institute for the Science of Human History, JenaD-07745, Germany
        (a4)        4School of Archaeology, Jilin University, Changchun130012, China
        (a5)        5Heilongjiang Provincial Institute of Cultural Relics and Archaeology, Harbin150008, P. R. China

        DOI: https://doi.org/10.1017/ehs.2020.16

        Published online by Cambridge University Press: 14 May 2020

Abstract

Owing to the development of sequencing technology, paleogenomics has become an important source of information on human migration and admixture, complementing findings from archaeology and linguistics. In this study, we retrieved the whole genome and Y chromosome lineage from late Neolithic Honghe individuals in the Middle Amur region in order to provide a bioarchaeological perspective on the origin and expansion of Transeurasian languages in the Amur River basin. Our genetic analysis reveals that the population of the Amur River basin has a stable and continuous genetic structure from the Mesolithic Age up to date. Integrating linguistic and archaeological evidence, we support the hypothesis that the expansion of the Transeurasian language system in the Amur River basin is related to the agricultural development and expansion of the southern Hongshan culture. The spread of agricultural technology resulted in the addition of millet cultivation to the original subsistence mode of fishing and hunting. It played a vital role in the expansion of the population of the region, which in its turn has contributed to the spread of language.

Благодаря развитию технологии секвенирования палеогеномика стала важным источником информации о миграции и смешении людей, дополняя результаты археологии и лингвистики. В этом исследовании мы извлекли весь геном и Y-хромосомную линию от поздненеолитических особей Хунхэ в среднем Приамурье, чтобы обеспечить биоархеологическую перспективу происхождения и распространения трансевразийских языков в бассейне реки Амур. Проведенный нами генетический анализ показал, что население бассейна реки Амур имеет устойчивую и непрерывную генетическую структуру, начиная с эпохи мезолита и до настоящего времени. Объединяя лингвистические и археологические данные, мы поддерживаем гипотезу о том, что экспансия трансевразийской языковой системы в бассейне реки Амур связана с сельскохозяйственным развитием и экспансией южной хуншаньской культуры. Распространение сельскохозяйственных технологий привело к тому, что к первоначальному способу жизнеобеспечения - рыболовству и охоте - добавилось выращивание проса. Это сыграло важную роль в расширении населения региона, что, в свою очередь, способствовало распространению языка.

Образец	мтДНК	Y-ДНК
HQHM2	D4c1b	C2a
HQHM3	D4j
HQHM4	D4b2a	Q1a1a, F1907-
HQHM5	D4

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/ajpa.24076

Ancient DNA reveals two paternal lineages C2a1a1b1a/F3830 and C2b1b/F845 in past nomadic peoples distributed on the Mongolian Plateau

Jiawei Li, Dawei Cai, Ye Zhang, Hong Zhu, Hui Zhou

First published: 14 May 2020
https://doi.org/10.1002/ajpa.24076

Abstract

Objectives

Since the third century CE, a series of nomadic tribes have been active on the eastern part of the Mongolian Plateau. Characterizing the genetic compositions of past nomadic people is significant for research on the nomadic cultures of the Eurasian Steppe region. Ancient DNA analysis facilitates a deeper understanding of the relationship between historical and modern nomadic populations.

Materials and methods

Whole‐genome shotgun sequencing and capture sequencing of the nonrecombining region of the Y chromosome were performed for six ancient Hg C2/M217 individuals. The individuals were interred at six separate sites on the Mongolian Plateau and represent dates spanning the late Neolithic to Yuan Dynasty (~3,500–700 BP).

Results

After NRY capture sequencing, three of the six ancient samples were attributed to C2b1b/F845 and the other three ancient samples belonged to C2a1a1b1a/F3830. Analysis of whole‐genome shotgun sequencing data shows that the ancient C2b1b/F845 individuals are closely related to She, Han and other East Asian populations, while the ancient C2a1a1b1a/F3830 individuals are more similar to modern Northeast Asian peoples, such as the Ulchi and Yakut.

Discussion

Hg C2/M217, widely distributed in the eastern part of the Eurasian continent, was discovered in the ancient Central Steppe and Baikal region. This study shows that there were two important subclades of Hg C2/M217 among the ancient nomadic peoples: C2a1a1b1a/F3830, which has made important genetic contributions to modern Mongolic‐ and Manchu‐speaking populations, and C2b1b/F845, which probably originated in the farming populations of southern East Asia and made certain genetic contributions to past nomadic peoples on the Mongolian Plateau.

Аннотация

Цели

Начиная с третьего века нашей эры, в восточной части Монгольского нагорья активно действовал ряд кочевых племен. Характеристика генетического состава кочевых народов прошлого имеет важное значение для исследований кочевых культур Евразийского степного региона. Анализ древней ДНК способствует более глубокому пониманию взаимосвязи между историческими и современными кочевыми популяциями.

Материалы и методы

Цельногеномное дробовое секвенирование и захватное секвенирование нерекомбинирующей области Y-хромосомы были выполнены для шести древних индивидуумов с гаплогруппой Y-хромосомы C2/M217. Эти индивидуумы были погребены в шести разных местах на Монгольском нагорье и представляют собой даты, охватывающие период от позднего неолита до династии Юань (~ 3500-700 лет назад).

Результаты

После секвенирования захвата нерекомбинирующей области Y-хромосомы три из шести древних образцов были отнесены к C2b1b/F845, а три других древних - к C2a1a1b1a/F3830. Анализ данных секвенирования всего генома показывает, что древние особи с C2b1b / F845 тесно связаны с популяциями шэ, ханьцами и других восточноазиатскими народами, в то время как древние особи с C2a1a1b1a / F3830 больше похожи на современные народы Северо-Восточной Азии, такие как ульчи и якуты.

Обсуждение

Гаплогруппа C2/M217, широко распространенная в восточной части Евразийского континента, была обнаружена в древней Центральной степи и Байкальском регионе. Это исследование показывает, что у древних кочевых народов была два важных субклада гаплогруппы C2 / M217: C2a1a1b1a / F3830, которая внесла важный генетический вклад в современные монголоязычные и маньчжурские популяции, и C2b1b / F845, которая, вероятно, возникла в земледельческих популяциях южной части Восточной Азии и внесла определенный генетический вклад в прошлые кочевые народы на Монгольском плато.

1 minute ago, Le_Raffine said:

Это интересно. Имеется в виду по Y или аутосомам?

По аутосомам: http://генофонд.рф/?page_id=6874

2 minutes ago, mechenosec said:

Зачем исследования? Язык и говорит о предках, остальное бред сивого мерина.

Ну, генетические и лингвистические предки могут сильно различаться. Взять положим венгров, гагаузов или даже англичан. Генетически англичане на 2/3 потомки кельтского населения Британии, а язык у них германский, с континента прибыл в 5 веке.

6 minutes ago, Kamal said:

После 2001 года прошло всего 20 лет, неужели ДНК так скоротечны?

За 20 лет технологии сильно улучшились. Первый полный геном человека больше 10 лет секвенировали(1990-2003, https://ru.wikipedia.org/wiki/Проект_«Геном_человека»), потратили несколько миллиардов долларов. Сейчас то же самое можно сделать за несколько дней и несколько тысяч долларов. Старые статьи по генетике имеет данные менее детальные, чем нынешние.

https://science.sciencemag.org/content/early/2020/05/13/science.aba0909

Ancient DNA indicates human population shifts and admixture in northern and southern China

Melinda A. Yang1,2,3, Xuechun Fan4,5, Bo Sun6, Chungyu Chen7, Jianfeng Lang8, Ying-Chin Ko9, Cheng-hwa Tsang10, Hunglin Chiu10, Tianyi Wang1,2,11, Qingchuan Bao12, Xiaohong Wu13, Mateja Hajdinjak14, Albert Min-Shan Ko1, Manyu Ding1,2,15, Peng Cao1,2, Ruowei Yang1,2, Feng Liu1,2, Birgit Nickel13, Qingyan Dai1,2, Xiaotian Feng1,2, Lizhao Zhang1,2, Chengkai Sun16, Chao Ning17, Wen Zeng18, Yongsheng Zhao18, Ming Zhang1,2,15, Xing Gao1,2,15, Yinqiu Cui17, David Reich19,20,21,22, Mark Stoneking14, Qiaomei Fu1,2,15,*

↵*Corresponding author. Email: fuqiaomei@ivpp.ac.cn

Science 14 May 2020:

DOI: 10.1126/science.aba0909

Abstract

Human genetic history in East Asia is poorly understood. To clarify population relationships, we obtained genome wide data from 26 ancient individuals from northern and southern East Asia spanning 9,500-300 years ago. Genetic differentiation was higher in the past than the present, reflecting a major episode of admixture involving northern East Asian ancestry spreading across southern East Asia after the Neolithic, transforming the genetic ancestry of southern China. Mainland southern East Asian and Taiwan Strait island samples from the Neolithic show clear connections with modern and ancient samples with Austronesian-related ancestry, supporting a southern China origin for proto-Austronesians. Connections among Neolithic coastal groups from Siberia and Japan to Vietnam indicate that migration and gene flow played an important role in the prehistory of coastal Asia.

Генетическая история человека в Восточной Азии плохо изучена. Чтобы прояснить связи между популяциями, мы получили обширные данные по геному 26 древних индивидуумов из северной и южной частей Восточной Азии, охватывающие период от 9500 до 300 лет назад. Генетическая дифференциация была выше в прошлом, чем в настоящее время, что отражает крупный эпизод смешения, связанный с северо-восточноазиатским генетическим компонентом, распространившимся по всей южной части Восточной Азии после неолита, трансформируя генетический ландшафт Южного Китая. Образцы южной части материковой Восточной Азии и островов Тайваньского пролива из неолита демонстрируют явные связи с современными и древними образцами, имеющими Австронезийское происхождение, что подтверждает южнокитайское происхождение протоавстронезийцев. Связи между неолитическими прибрежными группами от Сибири и Японии до Вьетнама указывают на то, что миграция и генный поток играли важную роль в предыстории прибрежной Азии.

В статье к сожалению не приводятся данные Y-ДНК и даже мтДНК.

59 minutes ago, Dambjaa said:

Монгольский считается ветвью индо-европейского.

 

Никем, кроме псевдоучёных, монгольский не рассматривается как ветвь индоевропейских языков.

4 hours ago, Samtat said:

Нет.

DA129

ERS2374372

Nomad_IA

Tian Shan

2342

R-Y16006

Ха, из Алматинской области товарищ. Это выглядит интересно.

Видео про раскопки:

Комплекс Елеке Сазы – одно из самых недавних открытий в мире археологии в Казахстане. Оно расположено в горах Тарбагатая на высоте 1,5 тысячи метров над уровнем моря. Скрытое от любопытных глаз, защищенное самой природой, долгое время урочище оставалось вне поля зрения ученых. Хотя слухи о том, что здесь когда-то хоронили царских особ, в народе ходили. Кто-то говорил, что холмы там – это и есть древние курганы. Другие спорили – в Шиликтинской долине по соседству – всего-то 100 километров по прямой, курганы будут повыше. А тут просто насыпи, если это и могилы, то обычного люда. Но проверить версии не удавалось. И лишь в 2011 году археологи всерьез обратили внимание на затерянное в горах плато. Об этом подробнее вы узнаете в этом выпуске!

1 hour ago, ARS said:

Nomad_MedTian Shan 

читать умеете ?

Он прав, тот образец датируется 13 веком, это в правду может быть кидань/найман/монгол. Вот его данные:

DA106:
mtDNA: C4b1a
Y-DNA: (C-Y12825 ?)

Его датировка - 833 ± 34 BP, что соответствует 1171-1237, что вполне соответствует киданьскому/найманскому/монгольскому времени.

5 hours ago, АксКерБорж said:

 

У нас есть слово "ұзақ" cо значениями "продолжительный, "долгий".

Может у вас оно звучит как "озак"?

А может имя такое есть, женское или мужское?

 

"Озак" не соответствует правилам киргизского языка. Узак так и будет узак: http://tili.kg/dict/#узак

14 minutes ago, ARS said:

с чего вы взяли ? древнеуйгурский язык был джокающим? 

Данная транскрипция соответствует транскрипции используемой в "Древнетюркском словаре"(1969)(https://altaica.ru/LIBRARY/turks/dts.pdf), там J соответствует Й.

Quote

Он констатировал., что выполненные уйгурицей строки писались не на уйгурском языке, а на том  «среднеазиатсксо-тюркском литературном языке», за которым в XV-XVI вв. закрепилось название «чагатайский».

Здесь имеется в виду древнеуйгурский язык, а не современный уйгурский.

1 hour ago, кылышбай said:

L665 в Прибайкалье тоже нашли?

В неолите Прибайкалья? Нет, так как тогда этой мутации видимо ещё не существовало. YFull оценивает время возникновения этой мутации от 2800 до 1200 лет назад: https://www.yfull.com/tree/N-Z35051/

29 minutes ago, Rust said:

Интересно то, что черики не должны быть кровными родичами монолдоров, так как последние являются потомками Кёкё-батыра и Наалы-эже. А легендарный Черик был попутчиком Кара-Чоро - сына Тагая от одной из женщин с юга. КАк Вы правильно указали он был приемным сыном Тагая, вместе с Саяком и Азыком. Что также интересно, единственный представитель азыков относится к R1a.

Так чериков мало протестировано, и пяти человек не наберётся. Если больше протестируется виднее будетю

2 minutes ago, asan-kaygy said:

круто

Хм, я тут посмотрел, снипы серии ZQ это оказывается от Shejire DNA, интересно как они на него вышли.

38 minutes ago, asan-kaygy said:

Отлично. Какой СНП?

FTDNA назвал ветку C-ZQ31

15 minutes ago, mechenosec said:

У вас общая ветка но разные рода? Ваши рода граничат? Монолдор это буквально - Монголы с тюркского? 

Я из племени черик. Согласно родословной, прародителем племени являлся Черик, приёмный сын Тагая, легендарного прародителя многих племён правого крыла киргизов(сарыбагыш, саяк и прочие).

Моңолдор согласно родословной происходят от Наалы-эже, сестры Тагая.

Мои предки происходят с юга Нарынской области, там как раз живёт много чериков и моңолдор.

Да, моңолдор можно перевести как монголы, хотя если имеются в виду современные монголы, то правильнее будет моңголдор.

Современные тюрки - понятие в первую очередь лингвистическое, так что в этом плане тувинцы - тюрки. А так конечно в плане культуры у них много общего с монголами.

Генотипы доступны на сайте лаборатории Райха:
https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/Archive_0.zip

Кто-то уже скачал и проанализировал афанасьевский образец:
I6222   AT_26, Grave #2, MONU_26, Grave #2   Pinhasi, Ron; Cheronet, Olivia; Sirak, Kendra;  Dashtseveg, Tumen   petrous (CBD)   5067   3316-2918 calBCE (4415±31 BP, OxA-36222)   Confident - The genetic analysis was done on a different individuals from the sample used to produce the direct 14C date (published in Wilkins et al. Nature Ecology and Evolution 2020). However, the 14C date matches to the Afanasievo period, and this individual clusters genetically with previously reported individuals from the Afansievo culture from the Altai region of Russia, providing confidence int he cultural assignment.   Mongolia_Chalcolithic_1_Afanasievo   Yes   Bayankhongor aimag, Erdenetsogt sum, Shatar chuluu kurgan 2   Mongolia   46.4   100.82   1240K capture   1   0.136   146406   M   R1b1a1a2a1a     25    R   [0.815,0.861]   0.042   22    n/a (<200 SNPs)    n/a (<200 SNPs)   ds.UDG.half   S6222.E1.L1     0.0095    QUESTIONABLE (mtmatchmax=0.861)                                                            

https://pastebin.com/mAcLwZaQ

R1b L1349   derived
R1b1a1  PF6459  derived
R1b1a1b F69 derived
R1b1a1b PF6497  derived
R1b1a1b1a1  L52 derived
 

19 minutes ago, Le_Raffine said:

А вообще насколько можно доверять таким данным? Там же не написано вот тут хунну лежит, а тут коктюрк.

Ну обычно генетики полагаются на мнение археологов, так что это вопрос того как археологи определяют кто хунну, а кто кёктюрк.

Чего только у хунну нету.

Итак, согласно FTDNA у меня и представителя племени монолдор таки образуется отдельная ветка на Blocktree.

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.25.008078v1