Tаблица генетических расстояний между популяциями на основе индекса фиксации (Fst). Позже я построю график многомерного шкалирования (MDS), который позволит наглядно визуализировать генетическое сходство и различия между популяциями. Данные (Fst):
https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41431-024-01588-w/MediaObjects/41431_2024_1588_MOESM17_ESM.xlsx

Из статьи :

Balinova N, Hudjašov G, Pankratov V, et al.
Gene pool preservation across time and space in Mongolian-speaking Oirats. Eur J Hum Genet. 2024;32:1150-1158. doi:10.1038/s41431-024-01588-w.

https://www.nature.com/articles/s41431-024-01588-w

MDS

Evk - Эвенки
Evn - Эвены
Nog - Ногайцы
Adg - Адыгейцы 
Blkr - Балкарцы
OsseN - Осетины (северная Оссетия)
Chech -  Чеченцы
Lzg - Лезгины
Fin - Фины
Komi - Коми
Ttr - Татары
Mrd - Мордва (Эрзяне?)
RusN - Русские (Север)
RusS - Русские (Юг)
Mari - Марийцы 
Udm - Удмурты
Nnt - Ненцы
Hnt - Ханты
Mns - Манси
Han - Ханцы
Tuj - Тувинцы-тоджинцы
Dlg - Долганы 
Ykt - Саха (Якуты)
Tzh  - Тува (Тожу)
MngZ - Mongol Tsaatan
Tuva - Тувинцы
AltTl - Теленгиты (Алтай)
Dau - Дауры
Orq - Oroqen
AltTb - Тубалары (Алтай)
Tu - Тувинцы
KlmX - Калмык Синьзян
Bur - Буряты
KlmKh - Kalmyk Khoshut
KlmD - Kalmyk Derbet
KlmT - Kalmyk Torgut
Kzkh - Казахи
Krg - Кыргызы
KlmB - Kalmyk Buzav
MngD - Mongol Derbet
MngT - Mongol Torgut
SKlm - Сарт-калмаки
Bshk - Башкиры
Uyg - Уйгуры
Uzb - Узбеки
Khk - Хакассы 
Shor - Шорцы
AltKm - Кумандинцы (Алтай)
Kum - Кумыки
Alt - Алтай
AltCh - Челканцы (Алатай)

   Признаёт ли научный консенсус роль спящих генов адаптации в эволюции?

Да, научный консенсус признает и активно исследует роль "спящих" или, точнее, латентных генов и связанных с ними механизмов в эволюции.
Хотя сам термин "спящие гены адаптации" может быть не строго научным термином, идеи, которые он охватывает (генетическая пластичность, эпигенетика, роль регуляции генов, скрытая генетическая вариабельность), являются фундаментальными и широко признанными в современной эволюционной биологии и генетике.
Вот ключевые аспекты, которые подтверждают это:
* Эпигенетика и фенотипическая пластичность: Это одно из самых активно развивающихся направлений. Эпигенетические изменения (например, метилирование ДНК, модификации гистонов) могут "включать" или "выключать" гены без изменения самой последовательности ДНК. Эти изменения могут быть унаследованы в течение нескольких поколений и играют важную роль в адаптации к меняющимся условиям среды, обеспечивая фенотипическую пластичность. Способность организма проявлять разные фенотипы в ответ на разные условия среды, имея при этом один и тот же генотип, является признанной адаптивной стратегией.
* Регуляция экспрессии генов: Эволюция происходит не только за счет мутаций в кодирующих частях генов, но и (и, возможно, в большей степени) за счет изменений в регуляторных областях, которые контролируют, когда, где и насколько сильно ген экспрессируется. Гены, которые ранее были неактивны или малоактивны, могут стать "пробужденными" и приобрести новую функцию благодаря изменениям в их регуляции.
* Скрытая генетическая вариабельность: В популяциях существует значительное количество генетических вариаций, которые не проявляются в нормальных условиях. Эти вариации могут быть "скрыты" или "замаскированы" другими генами (например, доминантными аллелями) или стабильными условиями среды. Однако при изменении условий среды (стресс, новые болезни, изменение климата) эти скрытые вариации могут проявиться и стать основой для быстрого отбора и адаптации.
* Дупликации генов и псевдогены: Дупликация гена создает "лишнюю" копию, которая может свободно мутировать, не угрожая основной функции оригинала. Такая дуплицированная копия может в конечном итоге стать "спящей" (псевдогеном) или, наоборот, быть реактивированной и приобрести совершенно новую функцию, способствуя эволюционным инновациям.
* Горизонтальный перенос генов: Особенно у микроорганизмов, горизонтальный перенос генов (передача генетического материала между организмами, не являющимися родителями и потомками) является мощным двигателем эволюции. Приобретенные гены могут быть поначалу неактивными ("спящими"), но при изменении условий могут активироваться и предоставить организму новые адаптивные возможности (например, устойчивость к антибиотикам).
Современный синтез и новые направления:
Классическая теория эволюции (Дарвинизм и современный синтез) фокусировалась в основном на случайных мутациях и естественном отборе. Однако последние десятилетия привели к расширению этого понимания, включив в него более сложные механизмы, такие как эпигенетика, фенотипическая пластичность, роль регуляторных элементов и скрытой генетической вариабельности.
Таким образом, "спящие гены адаптации" — это не просто фантазия, а часть признанного научного понимания того, как организмы адаптируются и эволюционируют, используя свои генетические ресурсы в динамичном взаимодействии с окружающей средой. Это активно исследуемая область, которая продолжает расширять наше представление о сложности и гибкости эволюционных процессов.

Вопрос к искусственному интеллекту.Признаёт ли научный консенсус существование спящих генов адаптации?

"Спящие гены адаптации" — это концепция, которая описывает гены, которые присутствуют в геноме организма, но в нормальных условиях не активны (или их активность сильно подавлена). Они могут "спать" в процессе эволюции, если перестают быть нужными, но способны "пробудиться" и активироваться при изменении условий окружающей среды, предоставляя организму новые или ранее использовавшиеся адаптивные черты.
Что такое спящие гены?
Более точный термин для таких генов — "латентные гены" или "скрытые гены". Они представляют собой последовательности ДНК, которые могут быть фенотипически неактивны (т.е. не проявляются в признаках организма), но могут быть реактивированы различными генетическими механизмами.
Важно понимать, что это не обязательно "сломанные" гены. Они могут быть полностью функциональными, но их экспрессия (процесс, при котором генетическая информация из гена преобразуется в функциональный продукт, такой как белок) подавлена или регулируется таким образом, что они включаются только при определенных условиях.
Как они работают (механизмы активации):
Активация спящих генов может происходить различными способами:
* Изменение экспрессии генов: Это наиболее распространенный механизм. Гены не изменяются сами по себе, но меняются условия, при которых они "читаются" и "переводятся" в белки.
   * Эпигенетические изменения: Это изменения в активности генов, которые не связаны с изменением самой последовательности ДНК. Например, метилирование ДНК или модификации гистонов могут "включать" или "выключать" гены, делая их "спящими" или "пробуждая" их.
   * Регуляция транскрипции/трансляции: Клетки могут контролировать, когда и как сильно ген экспрессируется, путем изменения активности белков, участвующих в процессе транскрипции (переписывания ДНК в РНК) и трансляции (синтеза белка по матрице РНК).
* Мутации: В некоторых случаях, "спящие" гены могут стать активными в результате мутации. Мутация может изменить регуляторную область гена, "включив" его, или изменить сам кодирующий участок, придав ему новую или восстановленную функцию.
   * Перемещающиеся элементы (транспозоны): Эти "прыгающие гены" могут перемещаться по геному, иногда встраиваясь в регуляторные области других генов и активируя их или изменяя их экспрессию.
* Дупликации генов: Если ген дуплицируется, одна из копий может оставаться "спящей" или менее активной, а затем активироваться при необходимости, или же одна из копий может свободно мутировать и приобретать новые функции, сохраняя при этом исходную функцию другой копии.
* Горизонтальный перенос генов: Особенно у бактерий, организмы могут обмениваться генами с другими видами. Полученные гены могут быть поначалу "спящими", но затем активироваться, если окажутся полезными.
Роль в адаптации и эволюции:
Спящие гены играют важную роль в способности организмов адаптироваться к изменяющимся условиям среды и в эволюционном процессе:
* Потенциал для быстрой адаптации: Вместо того, чтобы ждать возникновения случайных мутаций, которые могут оказаться полезными, организм уже имеет в своем "генетическом запасе" гены, которые могут быть активированы в ответ на стресс или новые условия. Это позволяет быстрее реагировать на изменения.
* Гибкость и устойчивость: Наличие таких "резервных" генов повышает генетическую гибкость популяции. В условиях, когда старые адаптации становятся неэффективными, организм может "включить" спящие гены, которые были полезны в прошлом или могут стать полезными в будущем.
* Эволюционный "буфер": Спящие гены могут накапливаться в геноме, не причиняя вреда организму (поскольку они неактивны). Это создает своего рода "банк" генетического материала, который может быть использован в будущем. Если условия изменятся, и какой-либо из этих генов станет полезным, он может быть активирован и подвергнуться отбору.
* Примеры:
   * У человека: Есть примеры "остаточных" генов, которые отвечают за признаки, давно утраченные человеком в ходе эволюции (например, густая шерсть, хвост). Хотя они обычно не активны, в редких случаях могут проявляться атавизмы, что указывает на их потенциальное существование.
   * У бактерий: Бактерии, живущие в нестабильных условиях, часто имеют спящие гены, которые позволяют им быстро переключаться между различными метаболическими путями для использования разных источников питания или устойчивости к антибиотикам.
   * У растений: Растения могут иметь спящие гены, которые активируются при засухе, засолении почвы или нападении вредителей, обеспечивая им устойчивость.
Таким образом, спящие гены адаптации представляют собой ценный генетический ресурс, который позволяет организмам проявлять фенотипическую пластичность и выживать в меняющемся мире, не дожидаясь появления новых полезных мутаций. Они являются важным элементом стратегии выживания и адаптации в эволюции.

В 09.06.2025 в 13:25, Лимфоцит сказал:

Теке ещё есть род,  внутри канлы , не знаю имеют ли они отношение к вашим , может быть тёзки 

 У нас есть племя арабачы,что переводится как тележники,как и канглы 

Нашёл опубликованную статью о генетике ойратских и тюркских групп на уровне всего генома. Статья опубликована в 2024г. 

Balinova N, Hudjašov G, Pankratov V, et al.
Gene pool preservation across time and space in Mongolian-speaking Oirats. Eur J Hum Genet. 2024;32:1150-1158. doi:10.1038/s41431-024-01588-w.

https://www.nature.com/articles/s41431-024-01588-w

Впервые проанализированы полногеномные генотипы 80 человек, а также митохондриальная ДНК (мтДНК) 453 человек, представляющих различные ойратские группы (калмыков и западных монголов), сарт-калмаков и ряд популяций Южной Сибири.

----

Ниже PCA график из статьи.   Метод основных компонент (PCA) является стандартным инструментом для визуализации аутосомной вариации и сравнительного анализа генетической близости популяций.

Левый график - по регионам, правый - по этносам.

Узбеки и уйгуры формируют отдельный кластер; кыргызы и казахи - свой, сарт-калмаки располагаются неподалёку на графике. Алтайцы тяготеют к тувинцам и бурятам.

Также представлена таблица генетических расстояний между популяциями на основе индекса фиксации (Fst). Позже я построю график многомерного шкалирования (MDS), который позволит наглядно визуализировать генетическое сходство и различия между популяциями. Табличка (Fst)
https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41431-024-01588-w/MediaObjects/41431_2024_1588_MOESM17_ESM.xlsx

PCA график