Скорее всего не завоёвано, а ликвидировано (уничтожено) китайцами. Поэтому, Верхние каракалпаки хоть и были подданными джунгар, но они принимали подданство вопреки своей воли, и рассматривались китайцами как освобождённые народы, которые были вольны устраивать свои отношения с Китаем по своему желанию.
Но, судьба Верхних каракалпаков совсем неизвестна нам, в документах 1742 года все ещё живы, и Шайбак, и Бабыт, и Султан Мурат, а потом сведения резко обрываются. Они (Верхние) никак не могли бы объединиться с Нижними, так как приняли подданство разных государств, а присяга и преданность данному слову для каракалпаков прежде всего. Честность и преданность это хорошие качества человека, но времена были не джентльменские, чего каракалпаки напрочь отказывались признавать, отсюда и все беды. В источниках есть сведения, что Верхние приглашали Нижних к себе в джунгарское подданство, но те отказались, объявив им, что присягали Российской империи, и клятву свою не нарушат. Посему предполагаю, что Верхние каракалпаки, присягавшие в свою очередь джунгарам, в основной своей массе погибли в той резне, устроенной Цинской Армией против джунгар, ведь, преданность Присяге предусматривает стоять насмерть. А Кучук Ходжа скорее всего принял под свое крыло тех, кто уцелел, надеялся на поддержку Китая, но получилось то, что получилось, и его маленькое население со временем исчезло, растворившись среди соседних народов.
А к 1758 году объединяться с Нижними было уже поздно, во-первых, у последних шла война с казахами, а у Кучук Ходжи не было воинов, все погибли в битвах с Цинской Армией, а без боевой охраны они вряд ли смогли бы пробиться к своим соплеменникам, никто бы их не пустил для усиления воюющей стороны, во-вторых, Китай в то время был ближе, чем территория Нижних, которые сместились далеко на юго-запад, на самую границу с Хивой. И в-третьих, точно неизвестно, может быть те каракалпаки даже смогли уйти в пределы китайских границ, по крайней мере появляются кое-какие сведения и о китайских каракалпаках.