Не думаю, что это алтайцы. По родовому составу типичные кыргызы, по всей видимости, это осколки тех кыргызов, которые входили в состав джунгарской орды - есть данные, что многие кыргызские бии были "сипахсаларами", т.е. военачальниками в джунгарской орде на самых ранних этапах ее становления. Причем при этом они были мусульманами. Набор родов эминских кыргызов также очень близок кыргызскому: сарбагыс (сарыбагыш), мондуз (мундуз), барын (баарын), сарт (сарттар или сарт), нойман (найман), кытай (кытай), керей (керей), калмак (сарт-калмак, встречаются и кыпчак-калмаки), чотай (такого не помню, надо смотреть).
Вполне возможно они попали в состав джунгар при завоевании Тянь-Шаня джунгарами. Этим объясняется то, что они еще помнят мусульманское прошлое, праздники и т.д., переход в буддизм произошел вследствие долгого нахождения в составе джунгарской орды (что то вроде выбора престижной в этой среде религии), нынешний казахский язык объясняется тем, чтом проживает много казахов.
Кстати ту самую книгу о которой пишет Михаил Чертыков, с его позволения, я переслал Рысбеку Алимову, сейчас ждем ее перевод.