Я бы хотел попытаться внести ясность в вопрос формирования современных уйгуров. Попробую проследить хронологию процесса:
1. Уйгуры - кочевой народ, проживавший на территории Большой Монголии (вкл. современный АРВМ), создавший несколько каганатов. Родственный тюркам-тукюе и кёк-тюркам. Антропологически - типичные монголоиды, вроде статуи Кюль-Тегина. Вроде вот этих парней:
В 840 году в результате внутренних распрей между яглакарами и эдизами гибнет последний Уйгурский каганат, который громят енис. кыргызы. Основная часть уйгуров бежит в Ганьсу, в Турфан, к шивеям и, по всей видимости, на запад к кимакам. Те, кто бежал к шивеям настигаются енис. кыргызами и бегут к собратьям в Турфан. Часть остается в Сибири как будущий компонент совр. тувинцев, шорцев, сев. алтайцев и хакасов (уйгурские языки).
2. Государство в Турфане, или идыкутство Кочо. Ко времени прихода в Восточный Туркестан кочевых уйгуров, там жило местное оседлое население. Есть предположение, что это потомки тохаров, может это согдийцы, они большей частью или уже все были тюркизированы доуйгурскими волнами тюркских народов. В ВТ образуется два массива - "западный" это Караханиды, состоящие из оседлого населения и кочевников, вроде карлуков, ягма, чигилей, канглов и наверное кочевых уйгуров. В этом "западном" массиве преобладал карлукский тип тюркского языка, значит собственно уйгуров было мало. Эта часть была мусульманской. В "восточном" массиве преобладает уйгурский тип тюркских языков. В "восточной" части также было оседлое население и кочевники. По всей видимости именно кочевники уйгуры и передали язык местному оседлому населению. По религии все буддисты.
3. В 14 веке после монгольского нашествия образуется Чагатайский улус. Получается, что две части ВТ - "западная" и "восточная" впервые объединяются. Происходит смешение различных частей двух массивов. Образуется кочевая часть - тюркизированные монголы, есть оседлая часть, по всей видимости говорящая на карлукском типе и уйгурских типах, есть отдельно кочевые уйгуры. Сначала про оседлых. Смешение приводит к ассимиляции "западным" массивом "восточного" массива. Это следствие исламизации, давления на буддизм. Возможно уйгурский тип языка как условно "буддийский" стал изгоем, в результате оседлое население полностью карлукизировалось по языку. По кочевникам все сложнее на мой взгляд. На каком языке говорили моголы - неизвестно Юдин пишет, что язык был кыпчакским. Возможно он был карлукским.
4. В итоге основная часть кочевых могулов была ассимилирована местным карлукоговорящим оседлым населением, эта общность в 20 веке и приняла автоэтноним "уйгур". К этому времени этот термин был уже утерян.
Это очень общее понимание. Приветствуются замечания. Попрошу обсуждать тему спокойно в нормальном ключе.