Нет, там не было религиозного противостояния. Тот же Султан-Саид известен своими успешными походами - газзаватом - в Тибет. Однако против кыргызов такого не было. Мухаммед-кыргыз был заключен в тюрьму за то, что пленив узбекского султана, с почестями отпустил его. Т.е. он стал играть свою скрипку. Позже пошло сильное сближение с казахами Тахира, которое закончилось выдворением моголов с Тянь-Шаня. За это он был /брошен в зиндан?/находился в почетном плену?/ второй раз. Думаю, что с Тянь-Шаня ушла знать, рядовые моголы могли остаться и влиться в состав кыргызов. С учетом того, что моголы были близки кыргызам в культурном плане, прошла быстрая ассимиляция. Остатки моголов в уйгурском народе - это лобнорцы, которые также близки кыргызам..