Складывается такая картина, что примерно с 800-х до 1300-х годов (1200 л.н. и 700 л.н. соответственно) на Алтае существовал общий народ кыргызов, южных алтайцев, тубаларов и теленгитов (а может и других), либо на юге Алтая был народ с кыргызско-южно-алтайским компонентом, а на севере - с ичкиликско-тубаларско-теленгитским. Начало формирования этого народа или народов приходится примерно на 800-ые годы, то есть примерно совпадает с началом "Кыргызского Великодержавия". 
После победы на древними уйгурами в 840 году наступила кыргызская гегемония в регионе и они начали осваивать новые территории, в том числе и Алтай. Именно Енисейские кыргызы приходят на Алтай и смешиваются с местными (предположительно кимаками и может быть другими), формируется общность, которая станет ядром современного кыргызского народа и алтайских народов. Так как в отличие от минуссинской котловины, Алтай мало пригоден для земледения, то на новом месте кыргызы перешли к животноводству и кочевому образу жизни. На Алтае народ развивался несколько столетий уже как кочевой народ и в окружении кыпчакоязычных народов видимо перешел на кыпчакский язык. 
В монгольский период этот народ или народы возможно были относительно малочисленны, не воспринимались монголами как угроза, не были наказаны за восстания минуссинских кыргызов и в целом уцелели получше, хотя сообщается, что правитель Юаня Тэмур в 1295 году переселил неизвестное количество кыргызов из Алтая в Шаньдун. 

Гипотетически возможно что предок 40% кыргызов мигрировал в сторону Кыргызстана 2600 лет назад, жил в Кыргызстан с 0 по 500-ые годы и вернулся обратно на Алтай в 800-ые годы. 

Если рассмотреть найденные останки с YP1456, то некоторые из них в хронологическом порядке идут так
1) 3600 л.н. - Красноярск - R-YP1456*
2) 3066 л.н. - Северо-запад Монголии - R-YP1456*
3) 2750 л.н. - Тува - R-YP1456*
4) 2647-2154 л.н. - Восток Казахстана (13 погребений) - R-YP1456*, R-PH1397*, R-PH1397, R-YP1548* 
5) 2043 л.н. - Кыргызстан, Нарынская область, R-YP1547 (TianShan Saka), 
6) 1664 л.н. - Кыргызстан, Иссык-Куль, R-PH1397* (TianShan Hun), 
7) 1544 л.н. - Кыргызстан, Нарынская область, R-YP1456* (TianShan Hun),
😎 1250 л.н. - Крайний восток Казахстана, у южного подножья Алтая - R-YP1547

Также есть вот эти товарищи, которые кажутся мне боковыми ветвями:
1b) 2638-2550 - Восток Казахстана - Z21197
2b) 2278-1955 - Монголия (Запад и центр) - R-PH1397*

В принципе могла случиться такая миграция: Енисей > Монголия > Восточный Казахстан > Кыргызстан > Алтай 
    
YP1456 (4200) (1, 2, 3, 4, 5, 7)
    PH1397 (4100) (4, 5, 2b, 6)
        YP1548 (3400) (4)
            YP1540 (3400)
                YP1543 (3400)
                    YP1555 (3400)
                        YP1547 (3400) (5, 😎

Все эти гаплогруппы являются предковыми для 40% кыргызов и 30% алтайцев. Важно выяснить является ли кто-то из них "отцом", а не всего лишь "дядей". Гипотетически возможно что предки 40% кыргызов пришли в Кыргызстан 2000 лет назад, вернулись на Алтай 1250 лет назад и вернулись обратно 700-800 лет назад.
При этом важно отметить, что у 40% кыргызов 1250 лет назад был всего лишь один предок, то есть даже если это был возвращенец из Тенир-Тоо, вероятно он тогда погоду не делал и просто влился в кыргызский народ. 
Напомню что большая часть тубаларов и теленгитов родственны кыргызам ичкиликам. То есть, в те времена, когда жил предок 40% кыргызов он возможно был в составе народа, который в основном состоял из предков нынешних ичкиликов, тубаларов и теленгитов. 
C другой стороны возможно, что предки 40% кыргызов были давнишними потомками кыргызов, возможно они хранили свое самоназвание, вернулись на Алтай в количестве сотен или тысяч людей, но просто почти все кроме одного не оставили потомства. 
Но нужно еще раз подчеркнуть что путешествие в Кыргызстан 2000 лет назад и обратно на Алтай 1200 лет назад - это пока всего лишь гипотеза. 

Все находки в минуссинской котловине и неподалеку более родственны кыргызам и алтайцам, чем хакасам. 

На сайте ancientdna (1) есть три находки в минуссинской котловине на берегу Енисея, еще несколько рядом. 
1) S23592 - 3540 лн - Minusinsk Basin, Potroshilovo II (найден на правом берегу Енисея, в 20 км к северу от Абакана, столицы Хакассии, возник 4400 лн, "дед" кыргызско-алтайского YP1456), 
2) S23592 - 3463 лн - Minusinsk Basin, Ust-Bir IV (на правом берегу Енисея, в 50 км к северу от Абакана), 
3) Z2124 - 2850 лн - Siberia, Tungus & Eastern Steppe (на левом берегу Енисея, в 110 км к северу от Абакана, 4500 лн, "пра-пра-дед" YP1456),
4) Y46 - 2248 лн - Sabinka 2 (к северу от западных Саян, в 60 км к югу-западу от Абакана, 3500 лн, "троюродный брат" YP1456), 
5) Y73758 - 3100 лн - Arban 1 (тоже к северу от западных Саян, в 120 км к юго-западу от Абакана, 4400 л.н., "дядя" YP1456), 
в 10 км севернее Хакассии есть захоронение Orak burial place, 3600 лн (у одного 3493 лн), там найдены
6) один YP1456, 
7) два S23592, 
😎 четыре FGC56408 (4400 лн, "отец" YP1456),
Уже вне минуссинской котловины, но все еще неподалеку есть еще три находки: 
9) YP1456 - 2750 лн - I0577, Tuva (в 70 км к северо-западу от Кызыла, столицы Тувы), 
10) Z2125 - 2550 лн - ARZ-T28 - Bai-Dag 8-1-2, (в 3 км к северу от Кызыла, "прадед" YP1456), 
11) Z2124 - 3328 лн - Kytmanovo (в 220 км к западу от Хакассии).  

Что касается Хакасов, то их основной гаплогруппой является Y43850. 
Согласно источнику (2), у хакасов есть следующие подгруппы Z93: 
- Y62155 (По словам одного из соавторов изучения ДНК хакасов В. Г. Волкова, субклад Y62155 - это подветвь Y43850), 
- Y43109 (он же Y41571, является потомком Y43850), 
- и собственно Y43850. 
То есть все они относятся к Y43850, также известному как Y39884. 

Если представить все захоронения перечисленные в виде дерева получится вот что: 
R1a (22800 лет назад)
    Z93 (5000)
        Z94 (4500)
            Z2124 (4500)                         < находки номер 3, 11 (2 человека)
                Z2125 (4400)                    < находка номер 10 (1 чел)
                    S23592 (4400)                 < находки номер 1, 2, 7 (4 чел)
                        FGC56408 (4400)            < находка номер 8 (4 чел) 
                            YP1456 (4200)         < находки номер 6, 9 (2 чел) (кыргызско-алтайская группа)
                        Y73758 (4400)             < находка номер 5 (1 чел)
                    Z2123 (4400) 
                        Y47 (4100)
                            Y46 (3500)             < находка номер 4 (1 чел)
        R-FGC82884 (4500)
            Y39884/Y43850 (3700)                 < основная хакасская группа 

На сайте yfull, есть один хакас с Y41571, ему родственны три кыргыза, но они разделились 3300 лет назад. На сайте  theytree хакасов я не нашел, в ветке Y41571 есть три кыргыза и один алтаец, о которых я писал выше когда сравнивал алтайцев и кыргызов. 

На ancientdna останки носителей хакасской гаплогруппы Y43850 найдены на северо-западе Монголии, на севере Казахстана (ближе к Уралу) и около Алматы.

Необходимо отметить, что пока рано делать выводы. Чтобы говорить о гаплогруппе собственно Енисейских кыргызов нужно найти именно их захоронения, то есть захоронения датируемые между 2 веком до нашей эры и 13 веком нашей эры. Сейчас такое время, что одно археологическое открытие может многое поставить под вопрос. 

1) https://ancientdna.info/slideshow.php?decrement=1000&accumulate=true&searchcolumn=FTDNA_Y_Haplotree&searchfor=>z93>&latlong=39.7,17.6&zoom=3
2) https://sciencejournals.ru/view-article/?j=genrus&y=2020&v=56&n=7&a=GenRus2007007Kharkov

Некоторые ичкилики кыргызов родственны большинству тубаларов, теленгитов и некоторым хакасам, шорцам, алтайцам и тувинцам. 

Согласно theytree внутри R-YP1510 есть 5 кыргызов в ветке YP1509 (причем трое из Таджикистана, вероятно ичкилики из Муграба) и три алтайца и один телеут в другой соседней ветке (YP1518). При этом алтайцы обозначены словом "Altaians" и не совсем понятно откуда они именно. 
Согласно источнику (1) у тубаларов доминирует YP1509, туда же входят пять вышеназванных кыргызов. Эта группа возникла 1150 лет назад, при этом среди кыргызов последний предок жил 720 лет назад. Когда именно кыргызы отделились от тубаларов пока не ясно. 
В той же ссылке, у теленгитов 58% - это YP1518. Общий предок YP1518 и YP1509 жил 1150 лет назад и общий предок всех YP1518 на сайте theytree жил 550 лет назад. 
Таким образом видимо наши ичкилики находились в составе одного народа вместе с предками большинства тубаларов и теленгитов начиная с 900-1000 годов и отделились примерно 700 лет назад. 

Согласно работе (2), у тувинцев среди 419 наблюдений R1a составил 12%. Пять тувинцев входят в YP1456 (YP1542, YP1556) вместе с 30% алтайцев и 40% кыргызов. 27 тувинцев относятся к Y43109, возникшему 3600 лет назад, но более точных данных нет. 
17 тувинцев относятся к YP1509, там, напомню есть пять кыргызов (три из них из Таджикистана, то есть вероятно ичкилики) и эта гаплогруппа доминирует среди тубаларов. В данной работе написано, что 9 из этих тувинцев "очень близки к этому варианту у хакасов сеоков харга и шорцев сеока карга и челей и одному телеуту". А 8 других тувинцев близки к теленгитам и алтайцам. То есть, можно сделать вывод, что, помимо тубаларов и теленгитов, наши ичкилики родственны еще и неизвестному проценту хакасов, шорцев, алтайцев, одному телеуту и примерно 4 процентам тувинцев.

1) Генетический ландшафт народов Алтая по гаплогруппам Y-хромосомы (Владимир Николаевич Харьков, Лариса Витальевна Валихова, Фаина Анисимовна Лузина, Вадим Анатольевич Степанов)
https://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskiy-landshaft-narodov-altaya-po-gaplogruppam-y-hromosomy/viewer
2) "Структура и происхождение генофонда тувинцев по данным аутосомных SNP и гаплогрупп Y-хромосомы"
https://sites.icgbio.ru/vogis/download/07_Stepanov.pdf

40% кыргызов и 30% южных алтайцев имеют общего предка. 

У алтай-кижи преобладает гаплогруппа R1a1a1b2a2a3b1a1~ (YP1542) (30%). 
https://cyberleninka.ru/article/n/geneticheskiy-landshaft-narodov-altaya-po-gaplogruppam-y-hromosomy/viewer
Генетический ландшафт народов Алтая по гаплогруппам Y-хромосомы (Владимир Николаевич Харьков, Лариса Витальевна Валихова, Фаина Анисимовна Лузина, Вадим Анатольевич Степанов)

YP1542 входит в подгруппу YP1456, куда входит около 40% кыргызов. При этом если рассмотреть YP1456 на сайте yfull, то там 1 кыргыз находится вне YP1542, а 20 кыргызов внутри YP1542. На сайте theytree в YP1456 соотношение кыргызов вне и внутри YP1542 равно 1/32.То есть, если рассматривать только YP1456, то 30% алтайцев родственны примерно 38-40% кыргызов. 

По информации на yfull, есть один алтаец носитель YP1542, общий предок этого алтайца и 20 кыргызов был 1250 лет назад, общий предок 20 кыргызов жил 850 лет назад. По информации theytree общий предок 2 алтайцев и 32 кыргызов был 1250 лет назад, общий предок 32 кыргызов - 700 лет назад. 
Одним из потомков того самого общего предка 32 кыргызов, найденных на theytree, вероятно является Тагай бий, он же возможно Мухаммед Кыргыз, под предводительством которого в 16 веке кыргызы изгнали моголов из Кыргызстана. По всей видимости, на сегодняшний день его потомство насчитывает миллионы людей. 

Кроме того на theytree в ветке R-FT77919 есть один кыргыз и один алтаец (не ясно южный или нет) с общим предком 1210 лет назад. Также в ветке неподалеку есть два кыргыза с общим предком 420 лет назад, но общий предок этих двух веток был довольно давно - 3660 лет назад. Эти ветки потомки Y41571. 

На сайте theytree у всех алтайцев (без уточнения серверные или южные) внутри Z93 есть родственники кыргызы на расстоянии ~1200 лет. По всей видимости, общий народ кыргызов и алтайцев начал формироваться 1200 лет назад, позже кыргызы разошлись с алтайцами примерно 700-800 лет назад.