Это действительно два разных, но родственных народа. Основной, главный этнический компонент тяньшанских кыргызов - енисейские кыргызы. Бурутами нас называли китайцы и исключительно монголоязычные народы. Указанные вами племена мундуз, солто и т.д. - одни из основных кыргызских племен. Начало 16 века, т.е. первые десять лет, написано сочинения "Маджму ат-Таварих". Там присуствует список кыргызов - "Затем приехали, признав (Мир Джалила) своим наставником, и стали его приверженцами сыновья Бул(а)гачи: Бостон, Теит, Джоо Кисек, Доолос, Хыдыр-шах, Кангды. Потом приехали, признав (Мир Джалила) своим наставником, и стали его приверженцами сыновья Отуз Огула: Адине, Мунгкуш, Кара Багыш, Тагай. Прибыл и стал приверженцем Ку Огул, с ним шесть сыновей: Басыз, Лалым Кушчи, Ай-Баш Мундуз, Чонг Багыш, Сару(у), Сунджек Хытай". Как мы видим Ай-Баш Мундуз присутствует. В этот период еще не сформировалось собственно Джунгарское ханство, вся его история впереди.
Данные ДНК надо интерпретировать очень осторожно. Особенно это важно для кочевых обществ в прошлом. А то сейчас уже наблюдается тенденция признавать "чистыми" кыргызами исключительно потомков R1a. Я про то, что это лишь вспомогательный инструмент, довольно специфичный.