Вполне возможно, что он настоящий чингизид. А вот Шайхим султан и Барак хан, правившие каракалпаками в 16 веке, скорее всего самозванцы (даты жизни настоящих носителей этих имен не совпадают), или источники передают неправильную информацию со слов различных мелких групп каракалпаков того периода, которые управлялись своими военачальниками, но локализовали себя именами давно умерших шейбанидов, кому их отцы служили, например,"мы люди Шайхим султана", или "мы люди Барак хана".
С другой стороны, в "Таварихе" Сейфи Челеби говорится об обращении казахского Тауекель хана к Барак хану с просьбой дать войско против Калмаков, причем Тауекель называет Барак (Науруз) хана таким же чингизидов как он сам. Но, здесь не совпадают их даты жизни, ибо при правлении Барак хана, Тауекель ещё не родился. Значит, некий Барак хан (или самозванец) параллельно с Тауекелем все же был.
Я тоже считаю Абдал Гаффара настоящим, ибо он объединил все мелкие каракалпакские "ханства", которые существовали сами по себе разрозненно, примыкая то к одному, то другому чингизиду. Это понятно, ибо шло формирование каракалпакского самосознания, где-то раньше, где-то позже. А когда Абдал Гаффар объединил всех, оказалось, что у них нет собственной территории, которую нужно было завоевать, что он и сделал.