Думаю, в шейбанидских движениях везде участвовали каракалпаки, в том числе, позднее вместе с Кучумом часть каракалпаков ушла и в Сибирь. Поэтому и они фиксируются на огромной территории одновременно.
Нет, после Актабана, то есть, после нападения джунгар в 1723 году каракалпаки никуда не уходили. Верхние сразу приняли джунгарское подданство еще до начала войны, Средние во главе с Ишим ханом сражались против джунгар, но потерпели поражение, а после гибели Ишим хана джунгары приостановили дальнейшее продвижение на запад к Нижним каракалпакам, и скорее всего благодаря хану Верхних каракалпаков Султан Мурату, который планировал присоединить Нижних каракалпаков под свою власть.
В той войне самыми несчастными оказались Средние каракалпаки (Центр под резиденцией Ишим Мухаммеда), которые пришли в полное опустошение, и возможно часть из них бежала по направлению Зарафшана.
Если Вы прочитали предпоследний пост Кыпчака, то там говорится, что по преданиям, в древности каракалпаки проживали в Хорезме, кстати, Гладышеву Нижние каракалпаки тоже говорили об этом же. А если в древности они все-таки жили в Хорезме, то какая-та часть всеравно остается на месте. А по рассказам Ережеп бия, на рубеже 18-19 веков, по прибытию в дельту Амударьи они нашли в Хорезме своих сородичей (аральцев).
Все что говорят и пишут каракалпаки в основном взято из народных преданий, которых очень тяжело перепроверить, так как, из-за отсутствия письменности документальная база сильно хромает. Но предания не врут, будьте уверены. Тем более, документы с горем пополам уже появляются и фактически не расходятся с устными преданиями.