Похоже вы правы. Я просмотрел таблицы к статье и там указано что в кластере Nogai1 - 8 человек и все они были опубликованы ранее в другой статье, а в кластере Nogai2 тринадцать человек и все они секвенированы впервые в данной статье. В списке что вы привели 16 человек, но 3 указаны как Nogai_OL, а согласно таблицами _OL означает что по разным причинам эти образцы были исключены из рассмотрения. Тогда остаётся 13 человек. Значит и ставропольские и астраханские ногайцы попадают в кластер Nogai2 и генетически близки каракалпакам и казахам.
Теперь остаётся загадка, а кто такие Nogai1? В дополнительных материалах толком не указано из какой статьи были взяты эти данные. У меня есть предположение, но я не могу стопроцентно гарантировать что это так.
Я предполагаю что я Nogai1 - это ногайцы из статьи The Genetic Legacy of the Expansion of Turkic-Speaking Nomads across Eurasia, https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1005068 , там в статье исследовались кубанские ногайцы.