Думаю, что внешнеполитические шаги главы кыргызской орды Мухаммед кыргыза, который осаждал города Средней Азии без ведома своего сюзерена могольского хана Султан-Саида, не позволяют говорить о "ханстве" Мухаммед кыргыза. Если он и объявлял себя ханом (лично не представляю, как он мог, будучи не из корня Чингиз-хана, это сделать), то это было очень скоротечно. Султан-Саид разбил кыргызское войско и пленил Мухаммед кыргыза в битве при Барскооне, скорее всего сразу же после того, как могольский хан узнал о происшествии с узбекским Кучкунчи-ханом, которого пленил и отпустил Мухаммед кыргыз.
Первым кыргызским ханством можно назвать период 4-летнего правления Султан-Халиля, чингизида, родного брата будущего могольского хана Султан-Саида. Тогда кстати и сам будущий хан долго прожил среди кыргызов. Однако это сложно доказать.