Есть кыргызские кыпчаки, они прибыли в Ферганскую долину с востока. Они, вместе с чонбагышами в середине 17 века принимали участие в походах могольского Абдаллах-хана на Ош. По генеалогиям прибыли в Баткен из местности Кёк-Дёбё Каркыра. Из них был знаменитый молдо Алымкул. Мажорная гапла С М217.
Есть узбекские кыпчаки, племен очень много. Судя по всему они вышли из казахской орды и под давлением джунгар ушли на юг. Кытай-кыпчаки заняли Зерафшанскую долину. Те, что стали ферганскими кыпчаками заняли предгорья Ферганской долины (высокогорья были заняты кыргызами, реавнины оседлым населением). Крупные племена - кулан, ящик, етти-кашка. Мажорная гапла, если не ошибаюсь, R1b, как у казахских кыпчаков.
Последние, джети-кашка, упоминаются в "Маджму ат-Таварих" как родичи каркаринских кыпчаков, из которых был батыр Манас. Там также фигурирует местность или орда Ульмас Кулан. У ферганских кыпчаков это отдельные племена ульмас и кулан.
Было конечно же смешение, особенно во время резни кыпчаков Худояр-ханом, многие ушли к кыргызам, но многие остались. У Мусульманкула-аталыка супруга была кыргызкой.
Возможно единственные рода, которые есть и у кыргызских и у ферганских кыпчаков (в том числе и у казахов) — торыайгыр и таз.