Серьезный знаток быта и культуры народов Центральной Азии, Балкис Халиловна опубликовала около 60 монографий и статей. Среди которых – «Кочевая степь Мавераннахра и ее население в конце XIX — начале XX века (по этнографическим данным)» (1980), «О торговле в восточных бекствах Бухарского ханства в начале XX в. В связи с хозяйственной специализацией (по этнографическим данным)» (1979), «Очерки этнической истории южных районов Таджикистана и Узбекистана (по этнографическим данным)» (1976), «К вопросу об украшениях из птичьих перьев у народов Средней Азии и Казахстана» (1989), «Среднеазиатские арабы» (1963), «Таджикско-узбекский народный географический термин вилаят» (1971), «Следы средневековых этнонимов и антропонимов в узбекских генеалогиях» (1978), «Архаическая символика в погребально-поминальной обрядности узбеков Ферганы» (1986), «К вопросу о культовом значении конных игр в Средней Азии» (1987), «Этническая история туркмен Среднеазиатского междуречья» (1989), «Узбеки племени кыргыз в Среднезеравшанской долине» (1997), «Этнические процессы у населения горной зоны Средней Азии в новое время» (1999), «Узбеки племени кыргыз в Среднезеравшанской долине» (1997), «Основные виды переносного жилища узбеков» (2000), «Этнографическое изучение народов Средней Азии и Казахстана в 1920-е годы (Полевые исследования Ф.А. Фиельструпа)» (1988), «От тропических лесов Амазонки до центральноазиатских степей: жизненный путь Ф.А. Фиельструпа» (1999).