Современные уйгуры этнос с комбинированным происхождением, в принципе как и многие другие. В происхождении разных уйгурских юртов приняли участие разные этно-племенные группы. Если в происхождении кумульцев, турпанцев, карашарцев большую роль сыграли уйгурские племена Орхона, то в происхождении кашгарцев, яркендцев, они наврядли участвовали, там из тюрков приняли участие - карлуки, чигили, ягма и многие другие. Хотанцы же наверное, более менее чистые индо-тохары, т.е. в большей степени отюреченные (скорее всего в период Караханидов), даже антропологический тип у них самый европеоидный из всех уйгуров. В целом у уйгуров много этнических групп, как мы их называем юртами, есть даже отюреченные тибетцы в горах Черчена и Керии, где они живут наряду с мачинцами, происхождение коих тоже не совсем ясно, они до сих живут полукочевым образом жизни в горах и пустнынях, имеют более смешанный антропологический тип в отличие от своих соседей - хотанцев.
Но все они были объединенны одной культурой, а именно тюрко-мусульманской культурой городов Кашгарии которая родилась в Караханидскую эпоху и победила в конкурентной борьбе все иные местные культуры.