1)Не только Юнусалиев,но и Батман и Малов ..У кого-то их них даже подробная таблица дается на язык древних кыргызов..т.е. какой(тувинский,хакасский,алтайский,кыргызсккий)из них ближе..
2)По поводу топонимов : посмотрите видео где Конкобаев дает схожесть топонимов Юж.Сибири и Кыргызстана
3)По ДНК,в каой-то теме читал пост asan-kaygy (не помню в какой) где он пишет,что есть связь кыргызов с хакасами..Балаганская наибольшую связь кыргызов(Памир,Нарын,Талас) видит с шорцами(самый большой % схожести),а затем с др.народами Юж.Сибири..
4)По крайне мере Мокрынин,Кляшторный,Ауэзов,Бернштам и др. отождествляли Манаса с ен.кыргызами..Если не согласны с ними,следовало бы написать рецензии на их статьи..
По поводу противоречий :
1)Имело быть место взаимствовании,и это обычная практика в истории кочевников..(наглядный пример соседние хазарейцы).
2)Думаю исламская религия внесла свои коррективы в образовании схожести в культуре с перечисленными народами..(наглядный пример тому тувинцы)..