1. Я не знаю какая тут была выборка и не могу судить о репрезентативности. Но любой результат это результат. Близость каракалпаков к ногайцам хорошо согласуется с историей и этногенезом этих народов и не вижу в этом противоречий.
2. Популяционные генетики хорошо понимают связь выборки со всей популяцией (этносом) поэтому они соблюдают правила: тестировать не родственников, тех кто в двух-трех поколениях идентифицирует себя с исследуемым этносом, тех кто живет в этой местности и т.д. Т.е. если тестировали профессионалы или люди разбирающиеся в этом то результат можно примерно экстраполировать на весь этнос.
3. С учетом нашего разделения на роды и племена нужно соблюсти еще одно условие: выборка для исследования Y-хромосомной гаплогруппы представителей одного или неск. родов не будет считаться закономерной для всего этноса. Нельзя по результатам тестирования кытаев и кыпчаков судить о всех каракалпаках. Но в данных графиках данные по аутосомам поэтому это условие не обязательно