1. Если выразиться по вашему, то и ханов, так называемых, этнических казахов тоже не было. Кучум был сибирским ханом родом каракалпак (по С. Есипову), поддерживаемый главным образом каракалпаками, прибывшими вместе с ним из Бухарского ханства из района расселения небольшого племени под названием Алтыаулы. Он умер на Родине, но почти до середины 17 века, его потомки вели борьбу с русским государством в попытках вернуть Сибирь, а Средняя Азия оставалась одним из запасных районов Кучумовичей, то есть военно-политическую активность до поры до времени в этом регионе они не проявляли. С убийством Абдал Гаффара в каракалпакском сообществе произошел естественный раскол. Ведь, был заговор, а среди высокопоставленных приближенных Абдал Гаффара были как сторонники Шибанидов, в том числе Кучумовичи, так и проказахски настроенные племена, поверившие слухам, что царь не настоящий. Кучумовичи в Средней Азии активизировались только со времён Кучук хана с 1670-ых годов (по Б. Пазухину), когда уже стало понятно, что русских уже не одолеть, но и он также временами совершал набеги на русские поселения используя башкирские восстания, и по документам убит башкирами во времена очередного восстания, ибо у башкир были не только противники РИ, но были и сторонники присоединения. Последние набеги на русские территории Кучумовичи вместе с каракалпаками совершили в 1709 году, поэтому вы и не слышали о каракалпакских ханах, так как столкновения с казахами в период 17 века были минимальные, почти отсутствовали из-за того, что у Кучумовичей были более важные заботы. И это не означает, что они подчинялись казахским ханам.
2. Кто об этом говорил? Ссылку, если можно. Карты расселения племен до конца 19 века могут быть только приблизительными, ибо ситуация в степях постоянно менялась, и племена постоянно двигались. Так что, кто бы не говорил, не факт, что Каракалпакское ханство входило в состав Казахского ханства. Возможно речь об отдельных каракалпакских группах в составе казахов, в частности, родственники Сайман ханум, а также жалаиры, и некоторые раздробленные рода мангытов, кенегесов и прочие туристы.
3. Буду крутить и дальше, ибо доказать правду очень сложно. Буду объяснять каждому персонально, так как книгу написать, не имея учёного звания, не могу, а такое удовольствие оставлю профессионалам.