В 17-18 веках ни один из тюркских народов (казахи, каракалпаки, узбеки, кыргызы, уйгуры и др.) не называл их джунгарами, только в русских переписках они иногда упоминались как зюнгорцы. Это с приходом просвещения в 20 веке в фильмах и в литературе казахи стали называть "жоңғар", вероятно также и каракалпаки. Сможете привести письменное сочинение 17-19 веков на казахском, каракалпакском или кыргызском языках, в которых было бы название "джунгар-жонгар-зонгар"?
Это Ваше предположение или Вам достоверно известно? Дело в том, что письменных источников этого периода на каракалпакском языке как раз и нет, думаю, у казахов то же самое. Документы в русских архивах хранятся на русском языке, документы хивинского архива относительно каракалпаков очень противоречивые, к тому же часть архива, переданная каракалпакам, уничтожена во время затопления города Турткуль, бывшей столицы ККАССР (нынешний Турткуль - возрожденный город). В китайских архивах, документ от 1758 года написан каракалпаками на чагатайском языке. Теперь Вы опять зададите вопрос - откуда тогда слово Зонгар у каракалпаков?!
Я это слово знаю, когда еще был ребенком, старики, когда собирались вместе, вечно судачили о каких-то коварных зонгарах. Скажу, что эти старики, Царство им Небесное, были сплошь неграмотными, книг не читали, телевизор не смотрели, компьютеров не было, жили в каком-то своем мире, но знали слово Зонгар. Теперь наоборот, нынешнему поколению каракалпаков это слово как раз и незнакомо. Из сказанного следует, что Зонгары (зюнгарцы) все же существовали.