Уважаемый Kamal, я всего лишь любитель, не профессионал в этом вопросе. Судя по этой выборке мажорными гаплогруппами у каракалпаков, как Вы правильно заметили, являются С3 и R1а.
С3 заметно больше у Он Торт Уру, R1а у конгыратов. Интересен заметный % гаплогруппы G2a1-L293, она представлена преимущественно у Он Торт Уру.
Ещё интересно, что "северный спектр": гаплогрупп N1c1,N1b,Q явно заметнее представлен у конгыратов, а у он торт уру "южный спектр" :G,J2,J(xJ2.
Сравнить данные гаплотипы с базой ФТДНА сложновато, по причине отсутствия значения некоторых локусов, в частности локуса 385а-б