Султан Мурат мог и врать, как Абулхаир брать его слова за 100 % нельзя. И да, опять нет никаких фактов что МЖ подчинялся каракалпакам кроме его сомнительных слов (и то речь шла не о всем жузе а лишь о малой часте если вникнуть в контекст), да и это в таком случае не подчинение каракалпакам а чингизиду из ветви Шейбанида (маловероятно). Также можно вспомнить что в тоц таблице которую вы давали, Кучук хан тоже не указан как хан казахов и каракалпаков. Про версию из выделения из ногайцев есть проблемка, она в последнее время трещит по швам просто из за того что жузовая система скорее всего появилась в 16 веке о чем есть упоминания, немало ногайцев вошли в состав КХ но не составляли костяк будущего МЖ.