Казахский ДНК-проект

[Zake]

51 минуту назад кылышбай написал:

не будем уходить от темы разговора. так какие у вас есть даты кроме 15 в.?

Местность/народ Аргу, аргон были известны гораздо ранее 15-16 веков. Читайте того же Тынышпаева напр., он выводил аргынов из карлуков.

[asan-kaygy]

4 часа назад Shymkent написал:

http://associirovan.kz/wp-content/uploads/2017/07/Доклад_06_2017-2.pdf

из 50 у 7 старкластер

Может я что-то там пропустил, но где там сказано, что старкластер у именно таракты?

По моему это просто фантазии.

Тем более учитывая что из всех тестированных таракты пока нет ни одного старкластера

[Курсант]

6 часов назад asan-kaygy написал:

Может я что-то там пропустил, но где там сказано, что старкластер у именно таракты?

По моему это просто фантазии.

Тем более учитывая что из всех тестированных таракты пока нет ни одного старкластера

я не писал что у таракты старкластер есть

  В 13.02.2018 в 19:08 Bas1 написал:
Таракты старкластер?

в последнои работе , выборке из южных областеи кз , у аргын присутствует старкластер , возможно они таракты

[asan-kaygy]

14 часов назад Shymkent написал:

я не писал что у таракты старкластер есть

  В 13.02.2018 в 19:08 Bas1 написал:
Таракты старкластер?

в последнои работе , выборке из южных областеи кз , у аргын присутствует старкластер , возможно они таракты

Ну так посмотрите опубликованную базу данных по таракты их мало но там старкластера нет

[кылышбай]

21 час назад Bas1 написал:

Не в курсе. Раньше говорили что онгуты связаны с уаками. Но у уаков солянка по гапло и алшинской гаплы там нет вроде.

по уакам точно известно:

1. они связаны с Еркокшке и Еркосаем, известными из эпосов. и скорее всего выходцы из Золотой орды

2. по ДНК у уаков мажорная субклада N1c-F4205 - общая с сыргели из Ст. жуза. время жизни общего предка уаков и сыргели с N1c расчитан и соответствует ок. 900-1000 лет назад

3. по шежире уаки тесно связаны с кереями, с ними рядом и обитают. но кроме подрода Сыргели другой связи с Сыргели из Ст. жуза у уаков по шежире нет

[Boris Suvorov]

Уважаемые форумчане!

Нужна  ли вам  информация  такого  характера?

В дальнейшем  усложняя будем различать  расчеты осуществляемые  в  ДНК -генеологии  и  попгенетиками.

Если  нет интереса не  буду  выкладывать  такие материалы.

 

Самая маленькая по размеру – мужская половая хромосома, названная Y-хромосомой. В ней содержится примерно 59 миллионов пар нуклеотидов, повторяющихся структурных единиц ДНК – вещества : А(аденин), Г(гуанин), Т(тимин) и Ц(цитозин), связанных  попарно А –Т  и  Г- Ц.

Некодирующая часть  Y-хромосомы NRY, как её часто называют, в  которой находится много повторов нуклеотидных цепочек, часть которых генетики и выбрали в качестве гаплотипов для ДНК-генеалогии. Копирование, или репликацию ДНК выполняет ДНК-зависимая ДНК- полимераза (в составе большого комплекса, реплисомы), которая иногда допускает ошибки, называемые мутациями.

 

МАРКЕР

также локус, сегмент, участок Y-хромосомы (в контексте данного рассмотрения), выбранный для определения числа повторов нуклеотидов для целей ДНК-генеалогии. Число повторов нуклеотидов в локусе называют «аллель». Маркеры нумеруют и присваивают им индексы, например, DYS19, то есть «DNA Y Segment, локус номер 19».

 

АЛЛЕЛЬ

число тандемных повторов определенных блоков нуклеотидов в маркерах.

ГАПЛОТИП

набор аллелей, состоящий из определенного числа маркеров. Гаплотип отображается в виде последовательности чисел, которые и отражают число аллелей в каждом маркере.

ФОРМАТ FTDNA

– форма записи гаплотипов, принятая компанией Family Tree DNA (США). Установленный порядок маркеров в 12-, 25-, 37-, 67- и 111-маркерных гаплотипах (последовательность маркеров, или локуса DYS): DYS393 DYS390 DYS19 DYS391 DYS385 DYS426 DYS388 DYS439 DYS389i DYS392 DYS389ii DYS458 DYS459 DYS455 DYS454 DYS447 DYS437 DYS448 DYS449 DYS464 DYS460 Y-GATA-H4 YCAII DYS456 DYS607 DYS576 DYS570 CDY DYS442 DYS438 DYS531 DYS578 DYF395S1 DYS590 DYS537 DYS641 DYS472 DYF406S1 DYS511 DYS425 DYS413 DYS557 DYS594 DYS436 DYS490 DYS534 DYS450 DYS444 DYS481 DYS520 DYS446 DYS617 DYS568 DYS487 DYS572 DYS640 DYS492 DYS565 DYS710 DYS485 DYS632 DYS495 DYS540 DYS714 DYS716 DYS717 DYS505 DYS556 DYS549 DYS589 DYS522 DYS494 DYS533 DYS636 DYS575 DYS638 DYS462 DYS452 DYS445 Y-GATA-A10 DYS463 DYS441 Y-GGAAT-1B07 DYS525 DYS712 DYS593 DYS650 DYS532 DYS715 DYS504 DYS513 DYS561 DYS552 DYS726 DYS635 DYS587 DYS643 DYS497 DYS510 DYS434 DYS461 DYS435

ДЕРЕВО ГАПЛОТИПОВ

серия гаплотипов, рассортированная с помощью специальной компьютерной программы и представленная в виде круговой или линейной схемы. Эта диаграмма группирует гаплотипы по динамике их мутаций во всех маркерах, составляя таким образом наиболее точное филогенетическое древо, и таким образом представляет это дерево и его топологию в виде совокупности ветвей гаплотипов, соответствующих их предполагаемым ДНК-генеалогическим линиям - субкладам.

 

ГАПЛОГРУППА

совокупность гаплотипов, объединённая «групповой» необратимой мутацией SNP («снип»), присущей определённому человеческому роду с доисторических времен по прямой мужской линии. Эти мутации («снипы») выбирают по определённым критериям. Гаплогруппой также называют сам род в таких выражениях, как «гаплогруппа мигрировала шесть тысяч лет назад на восток», понимая, естественно, что мигрировали носители данной гаплогруппы. На сегодняшний день классификация включает 20 основных гаплогрупп, от А до Т в алфавитном порядке, и сотни «нисходящих» гаплогрупп и субкладов. Индекс гаплогруппы с надстрочным * (например, I*) показывает, что «нисходящих» мутаций у их носителей в классификации нет. Это – такие же прямые потомки данной гаплогруппы или субклада, но не обретшие своего субклада и снипа.

 

СУБКЛАД

подчинённая, «нижестоящая» гаплогруппа, ДНК- генеалогическая ветвь в пределах той же гаплогруппы, все члены которой имеют не только мутацию основной гаплогруппы, но и дополнительную мутацию, общую только для данной ветви. Например, гаплогруппа R имеет «подчинённые», или «дочерние» гаплогруппы R1 и R2; R1, в свою очередь, имеет гаплогруппу R1a и гаплогруппу R1b и так далее. Гаплогруппа R1b в настоящее время имеет более 100 «официальных» субкладов, утвержденных Международным обществом генетической генеалогии ISOGG.

МУТАЦИЯ

в ДНК-генеалогии ошибка при копировании последовательности Y-хромосомальной ДНК, в результате которой (ошибки) или меняется число аллелей в определённом локусе (STR мутации, от Short Tandem Repeats), или происходит модификация гаплогруппы (SNP мутации, от Single Nucleotide Polymorphism).

МУТАЦИЯ В ГАПЛОТИПЕ, ТАНДЕМНАЯ МУТАЦИЯ

изменение числа аллелей в маркере. Происходит в среднем примерно раз в 500 поколений, хотя для каждого маркера своя скорость мутаций, которая для первых 37 маркеров варьируется от одного раза в 1100 поколений (примерно 28 тысяч лет) до одного раза в 28 поколений (примерно 700 лет).

 

Т.е  как я  сам понял  генетики  используют ту часть ДНК, которая  не передает наследственную  информацию человека, они  используют  как бы отходы(мусор) в которую сбрасывались  мутации  и  ошибки  в течение жизни  многих поколений людей.

[Курсант]

27 минут назад Boris Suvorov написал:

 

 

Т.е  как я  сам понял  генетики  используют ту часть ДНК, которая  не передает наследственную  информацию человека, они  используют  как бы отходы(мусор) в которую сбрасывались  мутации  и  ошибки  в течение жизни  многих поколений людей.

как понять используют ,,мусор,,?

[Курсант]

у кого из казахов старкластеру по  тмсра 1800лет?

[asan-kaygy]

13 минут назад Shymkent написал:

у кого из казахов старкластеру по  тмсра 1800лет?

Это разные форматы те трое делали в Пекине полный сиквенс а остальные в ФТДНА поэтому форматы могут не сходится и давать разные субклады так как глубина прочтения разная.

[Курсант]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,915.270.html

[Курсант]

халха  13 25 15 10 12-12 11 14  10 13 11 29 18 8-8 11 12 25 14 20 26 11-11-12-16 10 10 22-23 15 13 17 16 33-35  11  10 

албан 13 25 15 10 11-12  11 16  11 13 11 29 18 8-8 11 11 26 14 22 27 11-11-11-16 10 10 22-23  16 13 17 16 33-35 11 10

При разнице более 4 шагов между двумя 25-маркёрными гаплотипами оценочная величина ВБОП превышает генеалогически значимые величины - требуется продление длины гаплотипа как минимум до 37 маркёров

37-маркёрные гаплотипы
1 шаг на 37 маркёрах - не менее 6 поколений
2 шага на 37 маркёрах - не менее 11 поколений
3 шага на 37 маркёрах - не менее 17 поколений
4 шага на 37 маркёрах - не менее 24 поколений
5 шагов на 37 маркёрах - не менее 30 поколений
6 шагов на 37 маркёрах - не менее 36 поколений
7 шагов на 37 маркёрах - не менее 43 поколений
8 шагов на 37 маркёрах - не менее 50 поколений

 

http://forum.molgen.org/index.php/topic,10657.msg407376.html#msg407376

разница 8 шагов при  37 маркерах?

 

[asan-kaygy]

30 минут назад Shymkent написал:

халха  13 25 15 10 12-12 11 14  10 13 11 29 18 8-8 11 12 25 14 20 26 11-11-12-16 10 10 22-23 15 13 17 16 33-35  11  10 

албан 13 25 15 10 11-12  11 16  11 13 11 29 18 8-8 11 11 26 14 22 27 11-11-11-16 10 10 22-23  16 13 17 16 33-35 11 10

При разнице более 4 шагов между двумя 25-маркёрными гаплотипами оценочная величина ВБОП превышает генеалогически значимые величины - требуется продление длины гаплотипа как минимум до 37 маркёров

37-маркёрные гаплотипы
1 шаг на 37 маркёрах - не менее 6 поколений
2 шага на 37 маркёрах - не менее 11 поколений
3 шага на 37 маркёрах - не менее 17 поколений
4 шага на 37 маркёрах - не менее 24 поколений
5 шагов на 37 маркёрах - не менее 30 поколений
6 шагов на 37 маркёрах - не менее 36 поколений
7 шагов на 37 маркёрах - не менее 43 поколений
8 шагов на 37 маркёрах - не менее 50 поколений

 

http://forum.molgen.org/index.php/topic,10657.msg407376.html#msg407376

разница 8 шагов при  37 маркерах?

 

9 мутаций, но при подсчете для двух только гаплотипов доверительный интервал огромен, поэтому считают для сотен гаплотипов время жизни первого предка

[Boris Suvorov]

21 час назад Shymkent написал:

как понять используют ,,мусор,,?

Некодирующая часть  Y-хромосомы NRY, как её часто называют, в  которой находится много повторов нуклеотидных цепочек, часть которых генетики и выбрали в качестве гаплотипов для ДНК-генеалогии.

По Y  хромосоме  генетики работает с маркерами (участками ДНК), которые не влияют на активность каких-либо важных генов, ничего не меняют в фенотипе, следовательно, не участвуют в процессе  естественного  отбора

Удивительным  образом, но именно эти участки ДНК  оказались  менее  подвержены сильным  изменениям  и  оказались пригодными для использования в виде информационного  источника  по исследованию  картины  миграций  человеческих популяций.

Хотя  и в этом вопросе  достаточно  относительных положений, особенно  базовых от которых  определяются какая  гаплогруппа  старше,  скорость мутаций,  расчеты производимые  различными группами  генетиков.

[Курсант]

2 минуты назад Boris Suvorov написал:

Некодирующая часть  Y-хромосомы NRY, как её часто называют, в  которой находится много повторов нуклеотидных цепочек, часть которых генетики и выбрали в качестве гаплотипов для ДНК-генеалогии.

По Y  хромосоме  генетики работает с маркерами (участками ДНК), которые не влияют на активность каких-либо важных генов, ничего не меняют в фенотипе, следовательно, не участвуют в процессе  естественного  отбора

Удивительным  образом, но именно эти участки ДНК  оказались  менее  подвержены сильным  изменениям  и  оказались пригодными для использования в виде информационного  источника  по исследованию  картины  миграций  человеческих популяций.

Хотя  и в этом вопросе  достаточно  относительных положений, особенно  базовых от которых  определяются какая  гаплогруппа  старше,  скорость мутаций,  расчеты производимые  различными группами  генетиков.

если правильно вас , то это еще не аксиома ( до совершенство не довели ) , выводы генетиков ? какая  гаплогруппа  старше,  скорость мутаций,  расчеты производимые  различными группами  генетиков.

[Boris Suvorov]

По  мне  так  эта  область науки все еще  слишком  молода  в  смысле   накопления  общей статистической  базы  по прямым  мутациям  и  более  точного определения  обратных  мутаций.  

[Boris Suvorov]

23 минуты назад Shymkent написал:

если правильно вас , то это еще не аксиома ( до совершенство не довели ) , выводы генетиков ? какая  гаплогруппа  старше,  скорость мутаций,  расчеты производимые  различными группами  генетиков.

По  дереву  гаплогрупп  в целом  вроде есть согласие,  хотя обнаруживаются  новые ветки  не совсем  вписывающиеся в  первоначально определенное дерево, а  вот  по расчетам  идет  жестокий  спор.

Лично  же  по  мне  изменение  связки  и местоположения  всего  четырех  химических веществ: - А(аденин), Г(гуанин), Т(тимин) и Ц(цитозин), связанных  попарно А –Т  и  Г- Ц.   в  цепочке ДНК  людей, которое  определяют  как  SNP  и по  совпадению которых  люди  и разделены на  гаплогруппы  в некоторых  случаях  может  подвергаться  изменениям (обратным процессам)  -  естественно  это может  привести  и  к  изменению  определяемой  гаплогруппы.   В принципе  такие  же  изменения  могут  происходить  и  в  тандемных  повторах  STR  так,  что  и субклады  могут  подвергаться  изменениям.  И если,  этот человек  оказался   "альфачом" , тогда  он  вносит  огромную  ошибку  в фактическую  историю  группы  человеческих существ.

[wozaixuexi]

Поздравляю с днем защитника отечества Жаксылык!

На повестке у нас 6 тестов Байулы.

Пожелаем удачного улова. 

 

[asan-kaygy]

4 часа назад wozaixuexi написал:

Поздравляю с днем защитника отечества Жаксылык!

На повестке у нас 6 тестов Байулы.

Пожелаем удачного улова. 

 

Спасибо, на днях их всех оплачу

[asan-kaygy]

14 часов назад Shymkent написал:

если правильно вас , то это еще не аксиома ( до совершенство не довели ) , выводы генетиков ? какая  гаплогруппа  старше,  скорость мутаций,  расчеты производимые  различными группами  генетиков.

Все уже более менее известно, спорят уже о мелких частностях

[Boris Suvorov]

5 часов назад asan-kaygy написал:

Все уже более менее известно, спорят уже о мелких частностях

Если,  расчеты отличаются между ДНК генеалогией  и  попгенетиками  до  разницы  в  2,5  -  3  раза, это  очень много.  Даже  отличие  на 20%  или в  0,2  раза  может составлять  от тысячи  лет 200  лет, что может  развалить  любое  предполагаемое  построение. Ведь  точно  рассчитать  в принципе невозможно,  по крайней  мере  на  основе  тех  достижений,  которые имеются  в настоящее  время.  Точность  в пределах  10 -  15  %  считается  уже  великолепной.

 

[asan-kaygy]

4 минуты назад Boris Suvorov написал:

Если,  расчеты отличаются между ДНК генеалогией  и  попгенетиками  до  разницы  в  2,5  -  3  раза, это  очень много.  Даже  отличие  на 20%  или в  0,2  раза  может составлять  от тысячи  лет 200  лет, что может  развалить  любое  предполагаемое  построение. Ведь  точно  рассчитать  в принципе невозможно,  по крайней  мере  на  основе  тех  достижений,  которые имеются  в настоящее  время.  Точность  в пределах  10 -  15  %  считается  уже  великолепной.

 

Это Клесовские мантры. Сейчас уже все считают по другому, на основе СНП-маркеров или в том случае когда уверены что гаплотипы из одного субклада. А то получится как у Клесова, которые путая два разных субклада в итоге давал неверный возраст ветви, которая на самом деле состоит из двух ветвей

[Boris Suvorov]

1 час назад asan-kaygy написал:

Это Клесовские мантры. Сейчас уже все считают по другому, на основе СНП-маркеров или в том случае когда уверены что гаплотипы из одного субклада. А то получится как у Клесова, которые путая два разных субклада в итоге давал неверный возраст ветви, которая на самом деле состоит из двух ветвей

Я  не сторонник  бредовых  идей Клесова о славянской гаплогруппе (также, как подобных идей Гумбатова о тюркской гаплогруппе). Но  Клесов действительно  видный специалист  в области химии (биохимии), преподающий в университетах США  и он прекрасно описывает  химические  процессы в цепочках ДНК. Думаю он в  этом разбирается  лучше нас многих  и не только. Просто, я  к этому подхожу  с  чисто  практической  точки зрения  и  стараюсь  получить  от его трудов  максимум знаний, к тому же  в школе очень любил  химию  и  физику, но физика победила. С  другой  стороны  также  читаю  труды  Балановских, но  ни  тех  ни других  не считаю  носителями  истины  в  последней   инстанции.  Мне  важно  самому  понять  какие  есть  слабости  в  теории  и расчетах  обеих  сторон. Генетика  не вера,  а  молодая,  развивающаяся наука -  что - то может  меняться  вместе  с будущими  революционными методами  исследования (возможно  не просто  химическими, а на ядерном  уровне).  Время  покажет.

[asan-kaygy]

18 минут назад Boris Suvorov написал:

Я  не сторонник  бредовых  идей Клесова о славянской гаплогруппе (также, как подобных идей Гумбатова о тюркской гаплогруппе). Но  Клесов действительно  видный специалист  в области химии (биохимии), преподающий в университетах США  и он прекрасно описывает  химические  процессы в цепочках ДНК. Думаю он в  этом разбирается  лучше нас многих  и не только. Просто, я  к этому подхожу  с  чисто  практической  точки зрения  и  стараюсь  получить  от его трудов  максимум знаний, к тому же  в школе очень любил  химию  и  физику, но физика победила. С  другой  стороны  также  читаю  труды  Балановских, но  ни  тех  ни других  не считаю  носителями  истины  в  последней   инстанции.  Мне  важно  самому  понять  какие  есть  слабости  в  теории  и расчетах  обеих  сторон. Генетика  не вера,  а  молодая,  развивающаяся наука -  что - то может  меняться  вместе  с будущими  революционными методами  исследования (возможно  не просто  химическими, а на ядерном  уровне).  Время  покажет.

1. Он не преподает в США. Он был приглашенным профессором а это не равно постоянному профессору

2. У Клесова главная ошибка игнорирование субкладов и он получает фантомные возрасты, как было по кыргызам, у которых две ветви которые разощлись 4000 лет назад, а по его данным возраст ветки 1800 лет

[Boris Suvorov]

1 минуту назад asan-kaygy написал:

1. Он не преподает в США. Он был приглашенным профессором а это не равно постоянному профессору

2. У Клесова главная ошибка игнорирование субкладов и он получает фантомные возрасты, как было по кыргызам, у которых две ветви которые разощлись 4000 лет назад, а по его данным возраст ветки 1800 лет

То,  что  Клесов  специалист  в  области химии наверное  трудно отрицать.  

В  субкладах  он  тоже  разбирается.   А  то, что человек  может  ошибаться  это нормально.

Хотя  определения  некоторых, не  совсем  понятных  субкладов  основаны  на  предположениях в свою очередь  основанных  на  исторических  источниках (или  каких - то устных  легендах) как я  понял.

В  любом  случае  и  те  и  другие  имеют  дело  с  четырьмя  попарными  веществами  -   их  местоположением ( SNP — замена А на Т в определенной позиции, которая встречается у множества людей)  и  тандемными  повторами STR  в  цепочке  ДНК.    Изменения числа STR происходят чаще, чем точечные мутации, порождающие SNP. Поэтому с помощью STR обычно изучают современные родственные связи, а также не слишком древние — в пределах последних 4000 лет, со снипами же удобно работать и на бо́льших временных расстояниях.

 

[asan-kaygy]

13 часов назад Boris Suvorov написал:

То,  что  Клесов  специалист  в  области химии наверное  трудно отрицать.  

В  субкладах  он  тоже  разбирается.   А  то, что человек  может  ошибаться  это нормально.

Хотя  определения  некоторых, не  совсем  понятных  субкладов  основаны  на  предположениях в свою очередь  основанных  на  исторических  источниках (или  каких - то устных  легендах) как я  понял.

В  любом  случае  и  те  и  другие  имеют  дело  с  четырьмя  попарными  веществами  -   их  местоположением ( SNP — замена А на Т в определенной позиции, которая встречается у множества людей)  и  тандемными  повторами STR  в  цепочке  ДНК.    Изменения числа STR происходят чаще, чем точечные мутации, порождающие SNP. Поэтому с помощью STR обычно изучают современные родственные связи, а также не слишком древние — в пределах последних 4000 лет, со снипами же удобно работать и на бо́льших временных расстояниях.

1. Только не надо включать его пластинку что ДНК-геналогия это химическая кинетика

2. Не особо разбирается иначе таких больших ляпов не делал бы. Определение субкладов сделано на основе научных статей

3. По СТР генетики всегда сначала проверяют это один кластер или несколько и потом только считают возраст, а Клесов сразу считает возраст и поэтому у него получаются такие ошибки