В этот период каракалпаки занимали очень разбросанную территорию от Поволжья до Сырдарьи. Они разделились на несколько группы, которые находились на разных политических условиях. Можно выделить четыре группы каракалпаков:
1) Волго-Уральские каракалпаки. Они были тесно связаны с ногаями. По мнению каракалпакских исследователей эти каракалпаки образовали здесь Алтыулскую орду, основу которого заложили шесть каракалпакских арысов (Конырат, Муйтен, Кытай, Кыпшак, Кенегес и Мангыт).
2) Уллытауские каракалпаки. Согласно народным преданиям они состояли из 40 каракалпакских племен. Во главе каждого стоял свой собственный бий, а также был главный бий, которому подчинялись все остальные. Память обитания каракалпаков на Уллытау осталось в уране племени кытай (Уллытау).
3) Сырдарьинские каракалпаки, которые в народе именуются Туркестанскими каракалпаками. В первое время они считались поддаными Бухарского ханства, но с ослаблением центральной власти в Бухаре каракалпаки начинают вести свою самостоятельную политику. Провозглашали у себя ханов, которые считаются самозванцами.
4) Хорезмские каракалпаки. Часть каракалпаков, по данным «Шежире» Бердаха, по фольклорным данным и археологическим исследованиям (городища Калмак-кала) жила в районе Старого Ургенча и Ак-калы (Адак). Они, по данным исторического фольклора, в XVI-XVII вв. переселились на правобережье Амударьи.
1598 году умирают бухарский хан Абдуллахан, сибирский хан Кучумхан, казахский Таукел хан. Каракалпаки воспользовавшись таким моментом (политический кризис в центральноазиатских ханствах) провозгласили у себя ханом некого Абдал Гаффара. Он во главе каракалпаков начинает войну против казахов за господство Туркестанским регионом. Каракалпаки выиграли войну с казахами, разгромив их в решающем 12-дневнем сражении и завледили Туркестаном, Ташкентом и частью Ферганской долины. Военную мощь каракалпаков можно обьяснить тем, что видимо все остальные группы каракалпаков спотились вокруг Сырдарьинских каракалпаков. Можно сказать, что образовалось Каракалпакское ханство на больших территориях.