Древняя ДНК из "мавзолея Джучи" и других мавзолеев в Улытау

[olley]

По теме сравнения по аутосомам древнего и современного ДНК.

Сравнение древних и современных выборок по аутосомным SNP‑маркерам методологически допустимо и широко используется в археогенетике.  Только выводы должны формулироваться на популяционно‑генетическом уровне, а не в иных терминах. 

Авторы сформировали объединенный набор из 404 индивидов (328 древних и 76 современных) и для главных компонентов ( PCA) использовали референтную выборку из 997 современных евразийцев. Главные компоненты (PCA) рассчитываются по этой современной референсной выборке, а затем 404 индивида (328 древних и 76 современных) проецируются в полученное пространство. Эту проекцию читатели видят на PCA‑графике.

Сравнение аутосомных данных древней ДНК с современными популяциями методологически корректно при условии, что учтены источники возможных ошибок древнего материала ( повреждения после смерти, контаминация, высокая доля пропусков/низкое покрытие). В таких сравнениях обычно используют главные компоненты ( PCA) в режиме проекции, а также f‑статистики (outgroup f3/f4/D‑статистики), и другие тесты. 

Согласно радиоуглеродной датировке (даты, 95% ДИ):
CKZ001: 1726–1814, CKZ002: 1286–1398, CKZ003: 1286–139, CKZ004: 1300–1369 . При этом у CKZ001 отмечено высокое среднее покрытие, что согласуется с более поздним возрастом (1726–1814) образца и меньшим уровнем ДНК‑повреждений. 

В данном случае мы имеем дело с историческими геномами, а не с образцами из глубокой древности. Временной разрыв с современностью сравнительно небольшой, поэтому дрейф и последующие примеси (admixture), хотя и важны, не делают такие сравнения принципиально некорректными.

Некорректность возникает скорее на уровне интерпретации, когда статистическое сходство (особенно по PCA) ошибочно интерпретируют как прямую этническую или генеалогическую непрерывность. Правильнее говорить о сходстве в рамках то или иной модели, и проверять это сходство дополнительными тестами. Со временем протестируют и опубликуют больше похожих исследований.