Казахский ДНК-проект

[asan-kaygy]

Анонсированы две презентации исследований игрек-хромосомы в Средней Азии на конференции ESHG 2017.


1. http://www.abstractsonline.com/Plan/ViewAbstract.aspx?sKey=d3a9b800-a5bb-4c52-afa7-94a4a0d2c056&cKey=e7aaedc4-ddad-45e1-a80c-b8fd45ba2f97&mKey=15a3630e-7769-4d64-a80a-47f190ac2f4f

The migrations and barriers that shaped the Central AsianY-chromosomal pool.

O. Balanovsky1,2, M. Zhabagin3, V. Zaporozhchenko1, I. Alborova4, O. Balaganskaya1, A. Agdzhoyan1,2, K. Dibirova2, Y. Yusupov5, Z. Sabitov6, M. Lavryashina7, P. Nymadawa8, Z. Isakova9, K. Mustafin4, C. Tyler-Smith10, E. Balanovska2

Abstract: Central Asia is a contact region in between all other parts of Eurasia, but its Y-chromosomal landscape is very understudied. To compensate for this bias, we first genotyped 5,295 Y-chromosomes from 64 populations representing Mongolia, Russia, Kazakhstan, Uzbekistan, Tajikistan, and Kirgizia. Analysis at the common level of phylogenetic resolution (50 Y-SNPs and 17 Y-STRs) revealed Mongol-Kazakh, Altaian-Uralic, and Persian clusters of populations. Cartographic analysis revealed that a core Central Asian Y-chromosomal pool (centered in Mongolia) spread westward as a narrow stream between the Tian-Shan and Altay mountains, and became much more pronounced in nomads from the lowlands than from the mountains. Thus mountain chains served as one important factor structuring the paternal lineage pool in Central Asia. In phase two of our study, we focused on the major Central Asian haplogroup C2 (formerly C3)-M217. We sequenced 62 Y-chromosomes (~11 Mb each) and constructed a detailed phylogenetic tree. Remarkably, six independent branches expanded simultaneously around 1,000 years ago, indicatingrapid male demographic growth on the eve of the Mongol expansion. We genotyped 1,490 M217-positive samples using 23 branch-defining SNPs discovered in our study, and reconstructed the complex picture of haplogroup C2 branch spread across Central Asia and Siberia. Finally, we observed that barriers between clans were more important for structuring the Central Asian Y-chromosomal pool than geographic barriers. This study was supported by the RSF grant 14-14-00827 (Y-chromosomal sequencing) and the Vavilov Institute for General Genetics theme 0112-2016-0006 (gene pool structure analysis). 

Основное внимание уделено исследованию гаплогруппы C-M217, что вполне обоснованно.


2. http://www.abstractsonline.com/Plan/ViewAbstract.aspx?sKey=d3a9b800-a5bb-4c52-afa7-94a4a0d2c056&cKey=c7a7e7c5-0f9c-41b8-b244-3ead4af0a73a&mKey=15a3630e-7769-4d64-a80a-47f190ac2f4f

The lack of relationship between genetic and geographic distances in the paternal lineages pool of Mawarannahr.

M. Zhabagin1, O. Balanovsky2,3, Z. Sabitov4, A. Agdzhoyan2,3, R. Skhalyakho3,2, S. Turdikulova5, E. Balanovska3

Abstract: Mawarannahr is a historical region of Central Asia, known in Roman sources as Transoxiana. Geographically, it lies in the basins of the two rivers - Amu Darya and Syr Darya. The riversides are densely populated by Kazakhs, Uzbeks, Karakalpaks, Kyrgyz and Turkmens. Culturally, it is region preserving the two distinct modes of subsistence with contrasting traditional cultures - settled agriculture and nomadic pastoralism. To determine the driving forces that shaped the Mawarannahr’s paternal pool, we genotyped 780 samples from 10 populations - 4 regional Kazakh populations, 3 regional Uzbek populations, Karakalpaks, Turkmens and Dungans - by 35 phylogenetically informative Y-chromosomal SNPs and 17 Y-STRs. AMOVA revealed that genetic differentiation between farmers and nomads was three times higher than between geographic groups of the same populations. This observation proves that in contrast to many other regions of the world, in Mawarannahr the cultural landscape shapes gene pool more evidently than geographic landscape. In additional, taking into consideration the fact that the key element of Mawarannahr‘s populations is the clan structure prevalent among nomadic populations, we studied a phylogenetic networks of each clans. Sayeds - a lineages within the Kozha and Sunak clans which are traditionally considered as descendants of the first Islamic missionaries - do not have a predominant paternal common ancestor. Instead, many separate individual haplotypes, or sometimes mini-clusters, can be observed. This study aims was devoted to the genetic landscape of Mawarannahr and supported by funding grants MES RK [[unable to display character: №]]0114[[unable to display character: Р]][[unable to display character: К]]00492 and Presidium RAS Programme “Gene pool dynamycs’ project 0112-2015-0007. 

[МураТТ]

Значит С2 (С3) стартовала с Монголии, а не с Могулистана ? В какое интересно время и с кем она связана ?

По Оловинцеву-АксКерБорж получается они манчжуры ?

[Peacemaker]

  В 13.05.2017 в 19:23, МураТТ сказал:

Значит С2 (С3) стартовала с Монголии, а не с Могулистана ? В какое интересно время и с кем она связана ?

По Оловинцеву-АксКерБорж получается они манчжуры ?

Показать  

АКБ сам получается маньчжурам.И Елбасы тоже.

[АксКерБорж]

  В 13.05.2017 в 19:23, МураТТ сказал:

По Оловинцеву-АксКерБорж получается они манчжуры ?

Показать  

 

Мерген-Турист-Markus -Vlad2018-Marhas-Бадма-МураТТ мой горячий поклонник.   

 

[Samtat]

  В 12.05.2017 в 22:41, asan-kaygy сказал:

600056
Mr. Erjigit I-M253   
13   23   14   10   14-14   11   14   11   12   11   28

Показать  

Редкий гаплотип ? Турист?

[МураТТ]

  В 14.05.2017 в 03:59, АксКерБорж сказал:

 

Мерген-Турист-Markus -Vlad2018-Marhas-Бадма-МураТТ мой горячий поклонник.   

 

Показать  

Ваши идеи с Оловинцовым различаются ? Вы же здесь писали, что Монголии не было. А генетика с С2, вашей совместной работе противоречит. А с учётом только вашей персональной версии "экспансии манчжуров", С2 должно быть с ними связано, но спецы должны уточнить даты. 

[МураТТ]

  В 14.05.2017 в 01:50, Peacemaker сказал:

АКБ сам получается маньчжурам.И Елбасы тоже.

Показать  

У шапырашты тамга типичных древних кыргызов !

[кылышбай]

  В 13.05.2017 в 18:58, asan-kaygy сказал:

Анонсированы две презентации исследований игрек-хромосомы в Средней Азии на конференции ESHG 2017.


1. http://www.abstractsonline.com/Plan/ViewAbstract.aspx?sKey=d3a9b800-a5bb-4c52-afa7-94a4a0d2c056&cKey=e7aaedc4-ddad-45e1-a80c-b8fd45ba2f97&mKey=15a3630e-7769-4d64-a80a-47f190ac2f4f

The migrations and barriers that shaped the Central AsianY-chromosomal pool.

O. Balanovsky1,2, M. Zhabagin3, V. Zaporozhchenko1, I. Alborova4, O. Balaganskaya1, A. Agdzhoyan1,2, K. Dibirova2, Y. Yusupov5, Z. Sabitov6, M. Lavryashina7, P. Nymadawa8, Z. Isakova9, K. Mustafin4, C. Tyler-Smith10, E. Balanovska2

Abstract: Central Asia is a contact region in between all other parts of Eurasia, but its Y-chromosomal landscape is very understudied. To compensate for this bias, we first genotyped 5,295 Y-chromosomes from 64 populations representing Mongolia, Russia, Kazakhstan, Uzbekistan, Tajikistan, and Kirgizia. Analysis at the common level of phylogenetic resolution (50 Y-SNPs and 17 Y-STRs) revealed Mongol-Kazakh, Altaian-Uralic, and Persian clusters of populations. Cartographic analysis revealed that a core Central Asian Y-chromosomal pool (centered in Mongolia) spread westward as a narrow stream between the Tian-Shan and Altay mountains, and became much more pronounced in nomads from the lowlands than from the mountains. Thus mountain chains served as one important factor structuring the paternal lineage pool in Central Asia. In phase two of our study, we focused on the major Central Asian haplogroup C2 (formerly C3)-M217. We sequenced 62 Y-chromosomes (~11 Mb each) and constructed a detailed phylogenetic tree. Remarkably, six independent branches expanded simultaneously around 1,000 years ago, indicatingrapid male demographic growth on the eve of the Mongol expansion. We genotyped 1,490 M217-positive samples using 23 branch-defining SNPs discovered in our study, and reconstructed the complex picture of haplogroup C2 branch spread across Central Asia and Siberia. Finally, we observed that barriers between clans were more important for structuring the Central Asian Y-chromosomal pool than geographic barriers. This study was supported by the RSF grant 14-14-00827 (Y-chromosomal sequencing) and the Vavilov Institute for General Genetics theme 0112-2016-0006 (gene pool structure analysis). 
 

Показать  

зная "метод Балановских" строить эти "кластеры" на основе больших гаплогрупп, при этом не углубляясь в субклады, предположу что:

Урало-Алтайский кластер: мажорные N1c, N1b, R1a, R1b

Казахо-Монгольский кластер: мажорная С2

Персидский кластер: J2, R1a?

ждем саму статью или обзор

[asan-kaygy]

  В 14.05.2017 в 12:09, кылышбай сказал:

зная "метод Балановских" строить эти "кластеры" на основе больших гаплогрупп, при этом не углубляясь в субклады, предположу что:

Урало-Алтайский кластер: мажорные N1c, N1b, R1a, R1b

Казахо-Монгольский кластер: мажорная С2

Персидский кластер: J2, R1a?

ждем саму статью или обзор

Показать  

В статье обещают больше 5000 образцов из Центральной Азии

Плюс по гаплогруппе С будет 62 полных сиквенса У-хромосомы, особенно меня интересует старкластер которых там будет более 25-30 человек.

[asan-kaygy]

  В 14.05.2017 в 07:11, Samtat сказал:

Редкий гаплотип ? Турист?

Показать  

черт его знает, здесь кстати может быть ошибка предикции. Пока их два таких

[кылышбай]

  В 14.05.2017 в 12:17, asan-kaygy сказал:

В статье обещают больше 5000 образцов из Центральной Азии

Плюс по гаплогруппе С будет 62 полных сиквенса У-хромосомы, особенно меня интересует старкластер которых там будет более 25-30 человек.

Показать  

кроме старкластера может вылезут близкие линии к нашим алшынам и конгратам

[asan-kaygy]

  В 14.05.2017 в 12:23, кылышбай сказал:

кроме старкластера может вылезут близкие линии к нашим алшынам и конгратам

Показать  

В основном там делали калмыков С3с плюс С3с тунгусо манчжур

[Samtat]

  В 14.05.2017 в 12:18, asan-kaygy сказал:

здесь кстати может быть ошибка предикции. Пока их два таких

Показать  

В этой поп.работе у жалаиров указан гаплотип I-M253:

СВЯЗЬ ИЗМЕНЧИВОСТИ Y-ХРОМОСОМЫ И РОДОВОЙ СТРУКТУРЫ: ГЕНОФОНД СТЕПНОЙ АРИСТОКРАТИИ И ДУХОВЕНСТВА КАЗАХОВ

[asan-kaygy]

  В 14.05.2017 в 15:01, Samtat сказал:

В этой поп.работе у жалаиров указан гаплотип I-M253:

СВЯЗЬ ИЗМЕНЧИВОСТИ Y-ХРОМОСОМЫ И РОДОВОЙ СТРУКТУРЫ: ГЕНОФОНД СТЕПНОЙ АРИСТОКРАТИИ И ДУХОВЕНСТВА КАЗАХОВ

Показать  

Если там это есть то это факт, так как в той статье снипы проверяли

[Samtat]

  Цитата

600056
Mr. Erjigit I-M253   
13   23   14   10   14-14   11   14   11   12   11   28

Показать  

Гаплотип близок  к татарскому:

258615

Ramazanov

13

23

14

10

14-14

11

14

12

12

11

28

 

[asan-kaygy]

http://atr.ua/ru/news/2887/v-turcii-nacalis-issledovania-biomatreialov-vzatyh-iz-bahcisarajskogo-
В Турции начались исследования биоматреиалов, взятых из бахчисарайского мавзолея-дюрбе Хаджи Герая

[asan-kaygy]

Протестироовали 4 ногай-казахов, жалко не было уйсуна среди них.

[кылышбай]

  В 19.05.2017 в 16:42, asan-kaygy сказал:

Протестироовали 4 ногай-казахов, жалко не было уйсуна среди них.

Показать  

да, жаль конечно. а эти какого подрода?

[asan-kaygy]

  В 19.05.2017 в 17:12, кылышбай сказал:

да, жаль конечно. а эти какого подрода?

Показать  

Кояс, Костанбалы, Казанкулак

[asan-kaygy]

Еще одного казаха каракипшака протестировали. Колденен

[Shamyrat]

  В 02.06.2017 в 16:55, asan-kaygy сказал:

Еще одного казаха каракипшака протестировали. Колденен

Показать  

А какой процент у кара кипчаков Rb,а какой процент C?

[asan-kaygy]

  В 02.06.2017 в 18:44, Shamyrat сказал:

А какой процент у кара кипчаков Rb,а какой процент C?

Показать  

C почти нет, R1b1a1 за 80 %

[Le_Raffine]

скорее всего С там кирме.

[Асхат]

Салам всем! Весь форум не читал. Что можете сказать про поводу "дулатовские гаплогруппы"? В частности Дулат ботпай шагатай.

[Асхат]

Насколько я понял примерно 80%-C2    15%-J2     R1a-5%