Этнические связи каракалпаков с монголами
Традиционно этногенез каракалпаков связывают с племенами, выделившимися из состава Ногайской Орды[10]. Как полагает К. Мамбетов, в этногенезе каракалпаков решающая роль принадлежит крупному племени мангытов. Кроме них основу каракалпакского народа также составили племена конгыратов[4].
По мнению Ю. А. Евстигнеева, мангыты и конгыраты в составе каракалпаков представляли собой тюркизировавшиеся монгольские племена[11]. В составе каракалпаков также упоминаются такие племена, как китай, кенегес, усюн, кият (хиад)[12], нукус, жалаир, калмак и др[13].
Присутствие гаплогруппы C у представителей каракалпаков, по мнению исследователей, связано с массивом монгольских племён XIII века, распространивших эту гаплогруппу по территории Монгольской империи[13][14].
Антропология
Черты смешения европеоидов и монголоидов, причём монголоидность выражена сильнее, чем у узбеков, и слабее, чем у казахов. Меньшая монголоидность у каракалпаков Ферганы. У Приаральских каракалпаков отмечена примесь долихоцефального компонента (Гинзбург, Трофимова, 1972)[15].
По данным популяционных генетиков, у каракалпаков наиболее распространены Y-хромосомные гаплогруппы C3 (26 %), O3a2c1 (14 %), J2 (12 %), N1c1 (8 %), R1b1a2 (8 %), Q1a (6 %), R1a1a (R1a1a1b1a1-M458*) (4 %), R2 (4 %), G2a (1 %) I2a (1 %)[16].