Я попробую выдвинуть свою версию почему так происходит. Дыбо, вообщем-то, отчасти выходит за рамки лингвистики, занимаясь не только лингвистическими вопросами, но и делает попытки реконструировать историю и выяснить происхождение тюркских народов.
А так как этимологии того или иного слова часто имеют несколько вариантов, то ученые склоняются к тому или иному варианту часто не по лингвистическим причинам (кстати, исторические и географические аргументы также учитываются при этимологии. Нахождение правильной этимологии - это не только лингвистическая задача). Я как понимаю, Дыбо считает ,что у ранних тюрков была то ли иранская верхушка, то ли наоборот, и у неких иранских народов, впоследствии отюречившихся, была тюркская верхушка. Ну вот Дыбо и тяготеет к иранских версиям этимологий тюркских титулов(например, ябгу или тархан)- кстати, по чисто историческим причинам( ну не могло ведь у кушанского правителя быть титул тюркского происхождения).
Поэтому дело не в матчасти, А. Дыбо прекрасно знает, что тюркское "кан" легко выводится из "каган" (тут на самом деле все хуже- древнетюркское "каган" закономерно превращается в последущее "хан"), но то ли ей китайская этимология слова "хан" больше по душе(чиновник, управляющий), то ли по каким-то другим, но схожим причинам исторического характера(некоторые ее работы призваны доказать всеобъемлющее влияние китайской цивилизации на тюрков), но она ,вообщем-то отрицает очевидные лингвистические доводы в угоду ,вероятно, историческим.
Да, и вот еще одну вещь хотелось бы обозначить. Человеку, хорошо знакомому с матчастью, гораздо легче защитить неправильную теорию, придав ей некую нужную наукообразность, чем непрофессионалу.