Новости палеогенетики

[Koshoj]

Решил открыть новую тему для всяких мелких новостей из мира палеогенетики, чтобы не плодить кучу новых тем.

Анонсированы результаты полногеномного секвенирования черепной крышки из Салхита, палеолит Монголии. Оказалась женщина-сапиенс, генетически близка человеку из Тяньюаня:

https://www.eshe.eu/static/eshe/files/PESHE/PESHE_2019_OnlinePESHE.pdf

Genomic analyses of the 34,000-year-old Salkhit individual from Mongolia.

Diyendo Massilani1, Thibaut Devièse2, Mateja Hajdinjak1,SeonbokYi3, Jungeun Lee3, Damdinsuren Tseveendorj4,Byambaa Gunchinsuren4, Tom Higham2, Matthias Meyer1, Janet Kelso1, Ben Peter1, Svante Pääbo1, Laurits Skov1

1 - Max-Planck-Institute for Evolutionary Anthropology, Leipzig, Germany ·
2 - Oxford Radiocarbon Accelerator Unit, Research Laboratory for Archaeology and the History of Art, University of Oxford, Oxford, UK ·
3 - Seoul National University, Seoul,Korea ·
4 - Institute of History and Archaeology, Mongolian Academy of Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia

In recent years, the sequencing of many ancient early modern human genomes from West Eurasia has provided insights into the human population history in Europe [1]. In contrast, only four genomes from early modern humans in Siberia and one in East Asia have been generated, which limits our grasp of the genetic history of early East Eurasians [1]. Here, we present the genomic analyses of a hominin skull cap discovered in 2006 during mining operations in the Salkhit Valley, Northeastern Mongolia [2]. To our knowledge, the specimen remains the only Pleistocene hominin found so far in the country. Discovered outside any archeological context, the age and the ancestry of the specimen have been debated since its discovery and the presence of peculiar morphological features has led to potential affiliation to archaic hominin groups [3], [4]. We used a compound-specific radiocarbon dating approach to determine the age of the Salkhit individual to 34,950 - 33,900 Cal. BP (at 95% probability), placing the specimen in the Mongolian Early Upper Paleolithic period. We also determined its complete mitochondrial genome (mtDNA) and showed that it belongs to the modern human haplogroup N which is widespread in Eurasia today [5]. Nuclear analyses of the specimen show that the Salkhit individual was a female modern human. To investigate her relatedness to archaic hominin and ancient and present day modern humans, we used hybridization capture of 3.9 million single nucleotide polymorphisms across the nuclear genome. We use f3 and D statistics to show that she was closely related to the 40,000-year-old Tianyuan individual from China but shares more alleles with Western and North-Eastern Eurasians than does the Tianyuan individual. Using an admixture graph, the Salkhit individual is positioned as an ancient East Asian with some genetic contribution from West Eurasian. This scenario underlies an unexpected genetic link between East and West Eurasians after their major split. Using a new method to identify archaic introgressed DNA in ancient genome data, we estimate Neandertal ancestry in the Salkhit individual to∼2%, and show that this ancestry is contained in longer DNA tracks than those of present-day Eurasians – as expected given the age of the specimen. We also show that approximately 0.2-0.3% of the Salkhit genome is derived from Denisovans and identified longer tracts (>0.2 cM) of Denisovan ancestry in the Salkhit and other ancient East Eurasians genomes than in present-day East Eurasians genomes. This is the first evidence of Denisovan ancestry in Upper Pleistocene modern humans in East Eurasia. It is in sharp contrast to West Eurasia where we found no evidence for Denisovan introgression at the same resolution in early or later modern humans. The genome of the Salkhit individual provides further evidence for a complex population history of Pleistocene modern humans across Eurasia involving population substructure, migration and admixture. Those results emphasize the mosaic of events that shaped the genetic landscape of modern human since the Upper Pleistocene.

Статья про находку из Салхита: http://antropogenez.ru/single-news/article/761/

[asan-kaygy]

Круто

[Koshoj]

https://www.eurekalert.org/pub_releases/2019-11/uoo-ose112419.php

Странное дело, обычно на Eurekalert пишут об уже опубликованных исследованиях, а в этот написало ещё про незавершённое исследование. Вкратце, новозеландские палеогенетики изучают погребения из домонгольского Узбекистана, видимо где-то рядом с Термезом. Результаты будут опубликованы не ранее лета 2020.

[Koshoj]

Планируется провести анализ ДНК останков найденных в средневековом подземном мавзолее Кёк-Таш в Нарынской области Кыргызстана:

http://journal.asu.ru/wv/article/view/6790

Результаты археологических раскопок на мавзолее Кёк-Таш в полевом сезоне 2017–2018 гг. в Кыргызстане

Результаты археологических раскопок на мавзолее Кёк-Таш в полевом сезоне 2017 г. нашли отражение в отдельной статье [Табалдиев, Акматов, 2019: 595-622]. Настоящая работа, наряду с итогами раскопок 2018 г., включает значительную часть аналитического раздела указанной статьи.

Статья боковой панели

 

Опубликован: ноя 28, 2019

DOI: https://doi.org/10.14258/nreur(2019)4–04

Ключевые слова:

мавзолей Кёк-Таш, Кочкорская долина, Средневековье, караха-нидское и монгольское время, архитектура, вещественные находки, антропологические материалы

Основное содержание статьи

К.Ш. Табалдиев

Кыргызско-Турецкий университет Манас

К.Т. Акматов

Кыргызско-Турецкий университет Манас

А. Ашык

Кыргызско-Турецкий университет Манас

К. Белек

Кыргызско-Турецкий университет Манас

Аннотация

Представлены основные результаты археологических раскопок мавзолея Кёк-Таш, расположенного в Кочкорской долине Кыргызской Республики. Исследования проводились в рамках совместного проекта Кыргызско-Турецкого университета Манас с управлением по сотрудничеству и развитию при аппарате премьер-министра Республики Турция (ТИКА). В результате проведенных работ полностью вскрыт первый известный на территории Кыргызстана подземный двухкамерный мавзолей. По своей планировке, строительному материалу, форме тромпов и арок он наиболее близок архитектурным сооружениям Средней Азии караханидского времени. Однако найденные в мавзолее отдельные вещественные находки и результаты радиоуглеродного анализа образца черепа подростка указывают на вторую половину XIII в. В мавзолее были обнаружены скелеты и отдельные кости трех человек, не сохранившие своего первоначального положения. Вероятно, исследуемый объект является семейной усыпальницей, где были погребены муж, жена и их ребенок. Однако окончательные выводы на этот счет могут быть сделаны после радиоуглердного и ДНК-анализов образцов человеческих костей из исследуемого мавзолея.

[asan-kaygy]

 

Цитата

 

Перепост. A massacre of early Neolithic farmers in the high Pyrenees at Els Trocs, Spain (2020) - https://www.nature.com/articles/s41598-020-58483-9

Y-DNA Table 1 https://www.nature.com/articles/s41598-020-58483-9#Tab1

https://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-7988029/Remains-Neolithic-immigrants-brutally-executed-territory-7-000-years-ago.html

В Испании археологи сообщили подробности открытия, сделанного в Пиренеях. В одной из пещер были найдены останки девяти человек, жестоко убитых около 7300 лет назад.

Отчет об открытии можно найти в журнале Nature Scientific Reports. Оно было сделано на высоте 1500 метров над уровнем моря в испанских Пиренеях, в живописной горной местности региона Уэска.

При проведении раскопок в пещере под названием Эль-Трокс археологи обнаружили останки девяти человек, умерших около 7300 лет назад. Из них четверо были детьми в возрасте от трех до семи лет, а остальные - взрослыми. Анализ останков показал, что эти люди, вероятно, были жестоко убиты.

Радиоуглеродное датирование, проведенное в Мангеймской лаборатории в Германии, показало, что их смерть наступила между 5326 и 5067 годами до нашей эры. Это как раз тот период времени, когда охотники-собиратели на территории Европы переходили к оседлому образу жизни.

Следы насилия были найдены на всех изученных человеческих останках. У взрослых, например, идентифицированы раны, нанесенные выстрелами из лука. Детские скелеты сохранили следы нанесения ударов тупыми предметами. Все это привело археологов к выводу, что обнаруженные люди стали жертвами расправы.

О ее причинах можно только догадываться. Кстати, ранее подобных свидетельств массовой расправы в этих местах не находили. Однако подобные сюжеты встречались в пиренейской наскальной живописи. Они изображают батальные сцены между враждующими группами людей, причем в руках у них видны луки со стрелами. "На вопрос о виновниках этого "преступления" нельзя ответить прямо, - пишут исследователи. - Археологически они почти ничего не оставили после себя. Однако на основе общего контекста можно описать альтернативные сценарии и оценить их вероятность". Ученые предполагают, что поводом для расправы мог послужить территориальный спор или, например, кража скота или женщин из соседнего племени. Кстати, генетический анализ показал, что убитые могли быть представителями первой волны мигрантов неолита. Считается, что около 10 тысяч лет назад переселенцы с Ближнего Востока распространились по всей Европе. Поэтому ученые не исключают, что они нашли следы одного из первых массовых межнациональных конфликтов. Открытие в пещере Эль-Трокс, которое сами исследователи называют ужасающим, тем не менее оказалось очень важным. Оно подтверждает гипотезу о том, что преднамеренное "коллективное насилие" появилось в эпоху неолита, на заключительной стадии первого этапа развития земледельческой культуры, то есть в конце шестого - начале тысячелетия до н.э. Кроме того, по своему масштабу события в Эль-Троксе не имеют археологических аналогов в Европе. Еще одной необычной особенностью является удаленное географическое расположение пещеры - она значительно удалена от путей миграции раннего неолита на Пиренейском полуострове.К слову, в пещере также были обнаружены остатки керамических изделий и каменных орудий труда, кости убитых домашних и диких животных.

 

CET 1 5–6 n.d. f J1c3 (-) BFT Phase I 5311–5218 (MAMS 16159) a,bHaak et al. 2015 aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 2  > 20 m? m J1c1b I2a1a Phase II 3933–3709 (MAMS 16160) aSzécsényi-Nagy et al. 2017 cVillalba-Mouco et al. 2019

CET 3 30–50 m m pre-T2c1d2 R1b1 Phase I 5294–5066 (MAMS 16161) a,bHaak et al. 2015 aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 4 3.5–4.5 n.d. m K1a2a F* BFT Phase I 5294–5068 (MAMS 16162) a,bHaak et al. 2015 aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 5 30–50 m m N1a1a1 I2a1b1 Phase I 5310–5080 (MAMS 16164) a,bHaak et al. 2015 aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 6 25–40 m? m U3a1 I2a1a Phase II 3946–3767 (MAMS 16165) aSzécsényi-Nagy et al. 2017 cVillalba-Mouco et al. 2019

CET 7 3–4 n.d. f V (-) BFT Phase I 5303–5075 (MAMS 16166) a,bHaak et al. 2015 aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 8 6–8 n.d. n.d. H1 n.d. Phase III 3350–3101 (MAMS 16167) aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 9  > 30 n.d. n.d. n.d. n.d. post Phase III assigned stratigraphically

CET 10 50–70 f n.d. K n.d. AHT and BFT peri and post Phase I 5310–5078 (MAMS 16168) aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 11 6–7 f? n.d. n.d. n.d. BFT peri and post Phase I 5312–5219 (MAMS 16163)

CET 12 30–50 m n.d. T2 n.d. BFT peri and post Phase I 5218–5034 (MAMS 40100) aSzécsényi-Nagy et al. 2017

CET 13  > 20 n.d. n.d n.d. n.d. AHT and BFT peri and post Phase I assigned stratigraphically

CET-F22580  > 20 n.d. n.d. n.d. n.d. AHT peri Phase I assigned stratigraphically

CET-F22567  > 20 n.d. n.d. n.d. n.d. AHT peri Phase I assigned stratigraphically

 

 

[asan-kaygy]

 

Цитата

https://www.nature.com/articles/s41467-020-14523-6

Article
Open Access
Published: 24 February 2020

Genetic history from the Middle Neolithic to present on the Mediterranean island of Sardinia

Joseph H. Marcus, Cosimo Posth, Harald Ringbauer, Luca Lai, Robin Skeates, Carlo Sidore, Jessica Beckett, Anja Furtwängler, Anna Olivieri, Charleston W. K. Chiang, Hussein Al-Asadi, Kushal Dey, Tyler A. Joseph, Chi-Chun Liu, Clio Der Sarkissian, Rita Radzevičiūtė, Megan Michel, Maria Giuseppina Gradoli, Patrizia Marongiu, Salvatore Rubino, Vittorio Mazzarello, Daniela Rovina, Alessandra La Fragola, Rita Maria Serra, Pasquale Bandiera, Raffaella Bianucci, Elisa Pompianu, Clizia Murgia, Michele Guirguis, Rosana Pla Orquin, Noreen Tuross, Peter van Dommelen, Wolfgang Haak, David Reich, David Schlessinger, Francesco Cucca, Johannes Krause & John Novembre

Nature Communications volume 11, Article number: 939 (2020) Cite this article
Abstract

The island of Sardinia has been of particular interest to geneticists for decades. The current model for Sardinia’s genetic history describes the island as harboring a founder population that was established largely from the Neolithic peoples of southern Europe and remained isolated from later Bronze Age expansions on the mainland. To evaluate this model, we generate genome-wide ancient DNA data for 70 individuals from 21 Sardinian archaeological sites spanning the Middle Neolithic through the Medieval period. The earliest individuals show a strong affinity to western Mediterranean Neolithic populations, followed by an extended period of genetic continuity on the island through the Nuragic period (second millennium BCE). Beginning with individuals from Phoenician/Punic sites (first millennium BCE), we observe spatially-varying signals of admixture with sources principally from the eastern and northern Mediterranean. Overall, our analysis sheds light on the genetic history of Sardinia, revealing how relationships to mainland populations shifted over time.

Остров Сардиния на протяжении десятилетий представляет особый интерес для генетиков. Современная модель генетической истории Сардинии описывает остров как место, где проживает население, происходящее в основном из неолитических народов южной Европы и оставшееся изолированным от более поздних экспансий бронзового века на материке. Для оценки этой модели мы генерируем данные древней ДНК по всему геному для 70 человек из 21 археологического памятника Сардинии, охватывающих период от среднего неолита вплоть до средневековья. Самые ранние особи демонстрируют сильное сродство с неолитическими популяциями западного Средиземноморья, за которым следует длительный период генетической непрерывности на острове до нурагического периода (второе тысячелетие до нашей эры). Начиная с особей из финикийских/пунических поселений (первое тысячелетие до н.э.), мы наблюдаем пространственно-изменяющиеся сигналы примеси с источниками, главным образом, из восточного и северного Средиземноморья. В целом, наш анализ проливает свет на генетическую историю Сардинии, выявляя, как со временем менялись взаимоотношения с материковыми популяциями.

 

[asan-kaygy]

https://www.nature.com/articles/s41598-020-60194-0

[asan-kaygy]

Economic Diversification Supported the Growth of Mongolia’s Nomadic Empires

• Shevan Wilkin, 
• Alicia Ventresca Miller, 
• Bryan K. Miller, 
• Robert N. Spengler III, 
• William T. T. Taylor, 
• Ricardo Fernandes, 
• Richard W. Hagan, 
• Madeleine Bleasdale, 
• Jana Zech, 
• S. Ulziibayar, 
• Erdene Myagmar, 
• Nicole Boivin & 
• Patrick Roberts 

Scientific Reports volume 10, Article number: 3916 (2020) Cite this article

 

Abstract

Populations in Mongolia from the late second millennium B.C.E. through the Mongol Empire are traditionally assumed, by archaeologists and historians, to have maintained a highly specialized horse-facilitated form of mobile pastoralism. Until recently, a dearth of direct evidence for prehistoric human diet and subsistence economies in Mongolia has rendered systematic testing of this view impossible. Here, we present stable carbon and nitrogen isotope measurements of human bone collagen, and stable carbon isotope analysis of human enamel bioapatite, from 137 well-dated ancient Mongolian individuals spanning the period c. 4400 B.C.E. to 1300 C.E. Our results demonstrate an increase in consumption of C₄ plants beginning at c. 800 B.C.E., almost certainly indicative of millet consumption, an interpretation supported by archaeological evidence. The escalating scale of millet consumption on the eastern Eurasian steppe over time, and an expansion of isotopic niche widths, indicate that historic Mongolian empires were supported by a diversification of economic strategies rather than uniform, specialized pastoralism.

[Rust]

Скачал саму статью, она во вложении.

Economic Diversifcation Supported the Growth of Mongolia’s Nomadic Empires.pdf

[asan-kaygy]

Еще не читал, приложения очень важны могут

[Koshoj]

Ну раз они изотопы сделали, то значит рано или поздно генетику тоже сделают.

[Koshoj]

Древние мтДНК с Тибета, от 5200 до 300 лет назад

 

https://royalsocietypublishing.org/doi/abs/10.1098/rspb.2019.2968?af=R&

Ancient mitogenomes show plateau populations from last 5200 years partially contributed to present-day Tibetans

Manyu Ding†, Tianyi Wang†, Albert Min-Shan Ko†, Honghai Chen, Hui Wang, Guanghui Dong, Hongliang Lu, Wei He, Shargan Wangdue, Haibing Yuan, Yuanhong He, Linhai Cai, Zujun Chen, Guangliang Hou, Dongju Zhang, Zhaoxia Zhang, Peng Cao, Qingyan Dai, Xiaotian Feng, Ming Zhang, Hongru Wang, Melinda A. Yang and Qiaomei Fu

Published:18 March 2020

https://doi.org/10.1098/rspb.2019.2968

Abstract

The clarification of the genetic origins of present-day Tibetans requires an understanding of their past relationships with the ancient populations of the Tibetan Plateau. Here we successfully sequenced 67 complete mitochondrial DNA genomes of 5200 to 300-year-old humans from the plateau. Apart from identifying two ancient plateau lineages (haplogroups D4j1b and M9a1a1c1b1a) that suggest some ancestors of Tibetans came from low-altitude areas 4750 to 2775 years ago and that some were involved in an expansion of people moving between high-altitude areas 2125 to 1100 years ago, we found limited evidence of recent matrilineal continuity on the plateau. Furthermore, deep learning of the ancient data incorporated into simulation models with an accuracy of 97% supports that present-day Tibetan matrilineal ancestry received partial contribution rather than complete continuity from the plateau populations of the last 5200 years.

[asan-kaygy]

 

Цитата

 

Vladimir Gen Volkov

25 мин. · 

 

О палеогенетике древнего населения и связи с современным населением. Прошу не обращать внимание на фразу на заставке. Как всегда редакторы что-то свое некорректное добавили.

 

 

 

[asan-kaygy]

https://22century.ru/popular-science-publications/homo-antecessor-homo-erectus-proteom?fbclid=IwAR1keVsEjI3XRdMJ46xQJ9Nv97qiH2kZ4TnZFt7b4cBPh8K8hHeXGFda4-A

[asan-kaygy]

https://www.pnas.org/content/early/2020/03/30/1920051117/tab-figures-data

[asan-kaygy]

https://www.yfull.com/paper/list/

[asan-kaygy]

https://sovet-ekspertov.ru/paleogenetika-i-proishozhdenie-bashkir-doklad-v-volkova/?fbclid=IwAR2_rddS5zp9Qftpo-YLFPsrzGC9M2mtmcfNubE12qNzSSyNb6pPx7QUMk4

[asan-kaygy]

http://xn--c1acc6aafa1c.xn--p1ai/?page_id=32387

[asan-kaygy]

 

Цитата

Mitochondrial genomes from Bronze Age Poland reveal genetic continuity from the Late Neolithic and additional genetic affinities with the steppe populations
Митохондриальные геномы Польши бронзового века обнаруживают генетическую преемственность позднего неолита и дополнительные генетические связи со степными популяциями.

Полные древние митохондриальные геномы были получены для 80 особей бронзового века современной Польши. Результаты популяционного генетического анализа указывают на близкую материнскую генетическую близость между популяциями, связанными с культурами Mierzanowice, Trzciniec и Corded Ware. Это в отличие от генетически более отдаленных людей из Стшижова, которые проявляли более близкое материнское генетическое отношение к степным популяциям, связанным с предшествующей ямной культурой и культурой катакомб, а также с более поздними скифами. Потенциальные родственные родственные связи были выявлены в погребениях популяций Mierzanowice и Trzciniec, проанализированных в этом исследовании.

 

[asan-kaygy]

https://drive.google.com/file/d/1rrfL3ZXEeFyGNggiM9hck7NiQEG4sP2e/view?fbclid=IwAR10bZ6ZC0zSp2s0blq_VStr2xfr2sY3LEvgvOW7CrrOasIGjaxrHM6Mmug

[кылышбай]

https://tengrinews.kz/science/vyihodtsyi-prikaspiyskih-stepey-genetiki-vyiyasnili-399776/

"Выходцы из прикаспийских степей". Генетики выяснили происхождение европейцев

[Карай]

01.05.2020 в 16:32, кылышбай сказал:

https://tengrinews.kz/science/vyihodtsyi-prikaspiyskih-stepey-genetiki-vyiyasnili-399776/

"Выходцы из прикаспийских степей". Генетики выяснили происхождение европейцев

В статье говорится о Причерноморско-Прикаспийских степях... жаль. что даже здесь в названии статьи хоть немножко, но "передернули".

В принципе, это то, о чем я написала ранее о миграции ИЕ на восток.

[asan-kaygy]

Цитата

Похоже Беле III сделали полный секвенс Y-хромосомы:

https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA490697

 

[ARS]

33 минуты назад, asan-kaygy сказал:

 

https://yfull.com/tree/R-Y2632/

он?

[asan-kaygy]

субклад еще не смотрел