В 1550-х годах в стране начался джут. Более половины населения погибло, а часть была вынуждена откочевать на Северный Кавказ. В связи с этим, а также из-за присоединения казанцев и астраханцев к Московскому княжеству, правитель Ногайской Орды признал себя вассалом царя Ивана Грозного. Страна раскололась на части: Малая Ногайская Орда, не пожелавшая признать власть России, перебралась в Крым и на Кубань, а Большая Ногайская Орда продолжала кочевать по берегам Яика и Волги. А затем она почти полностью была уничтожена калмыками. В результате кто-то из ногайцев был ассимилирован татарами, кто-то осел среди башкир, кто-то стал каракалпаками. А основная масса ногайцев влилась в Казахское ханство и сыграла важную роль в этногенезе казахов младшего жуза, в частности адайцев.