Результаты анализов древних ДНК

[Курсант]

 

http://science.sciencemag.org/content/early/2018/05/08/science.aar7711
 

Обсуждение:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,9955.msg419494.html#msg419494

[asan-kaygy]

Та статья никак его глупый тезис не доказывает

[asan-kaygy]

Кстати был сделан третий ботаец, который изучался группой Джансугуровой.

Результат не могу пока сказать.

Но он отличается от того результата который сделали они

[Samtat]

А-а-а-а-А !  Зачем тогда дразните ! 

[Samtat]

Хотя бы намекните какая гаплогруппа ! 

[asan-kaygy]

Точно не О ))

По гаплогруппе третий совпал с одним из двух первых

[asan-kaygy]

Но качество там не сильное. Может еще раз пересеквенируют

[asan-kaygy]

 

Цитата

https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/16/322347

The genetic prehistory of the Greater Caucasus

Chuan-Chao Wang, Sabine Reinhold Reinhold, Alexey Kalmykov, Antje Wissgott, Guido Brandt, Choongwon Jeong, Olivia Cheronet, Matthew Ferry, Eadaoin Harney, Denise Keating, Swapan Mallick, Nadin Rohland, Kristin Stewardson, Anatoly R. Kantorovich, Vladimir E. Maslov, Vladimira G. Petrenko, Vladimir R. Erlikh, Biaslan C. Atabiev, Rabadan G. Magomedov, Philipp L. Kohl, Kurt W. Alt, Sandra L. Pichler, Claudia Gerling, Harald Meller, Benik Vardanyan, Larisa Yeganyan, Alexey D. Rezepkin, Dirk Mariaschk, Natalia Y. Berezina, Julia Gresky, Katharina Fuchs, Corina Knipper, Stephan Schiffels, Elena Balanovska, Oleg Balanovsky, Iain Mathieson, Thomas Higham, Yakov B. Berezin, Alexandra P. Buzhilova, Viktor Trifonov, Ron Pinhasi, Andrej B. Belinskiy, David Reich, Svend Hansen, Johannes Krause, Wolfgang Haak

doi: https://doi.org/10.1101/322347

Abstract

Archaeogenetic studies have described the formation of Eurasian 'steppe ancestry' as a mixture of Eastern and Caucasus hunter-gatherers. However, it remains unclear when and where this ancestry arose and whether it was related to a horizon of cultural innovations in the 4th millennium BCE that subsequently facilitated the advance of pastoral societies likely linked to the dispersal of Indo-European languages. To address this, we generated genome-wide SNP data from 45 prehistoric individuals along a 3000-year temporal transect in the North Caucasus. We observe a genetic separation between the groups of the Caucasus and those of the adjacent steppe. The Caucasus groups are genetically similar to contemporaneous populations south of it, suggesting that - unlike today - the Caucasus acted as a bridge rather than an insurmountable barrier to human movement. The steppe groups from Yamnaya and subsequent pastoralist cultures show evidence for previously undetected Anatolian farmer-related ancestry from different contact zones, while Steppe Maykop individuals harbour additional Upper Palaeolithic Siberian and Native American related ancestry. 

Археогенетические исследования описывают формирование евразийского «степного генетического компонента» как смесь восточноевропейских и кавказских охотников-собирателей. Однако остается неясным, когда и где возник этот генетический компонент, и был ли он связан с горизонтом культурных инноваций в 4-м тысячелетии до нашей эры, которые впоследствии способствовали развитию скотоводческих обществ, вероятно, связанных с распространением индоевропейских языков. Для решения этой проблемы мы секвенировали широкогеномные данные 45 доисторических людей по 3000-летнему временному разрезу на Северном Кавказе. Мы наблюдаем генетическое разделение между группами Кавказа и прилегающей степи. Кавказские группы генетически похожи на современное население к югу от него, что говорит о том, что в отличие от сегодняшнего дня Кавказ выступал как мост, а не непреодолимый барьер для человеческого движения. Степные группы Ямной и последующих скотоводческих культур свидетельствуют о наличии ранее незамеченного Анатолийского земледельческого компонента из разных зон контакта, в то время как у степных майкопских особей есть дополнительный верхнепалеолитический компонент связанный с Сибирью и Америкой.

 

[asan-kaygy]

Цитата

Sample Site Age, BP Culture mtDNA Y-DNA

AY2001.A0101.TF1.1 Aygurskiy 2 5271.5 Steppe Maykop T2e
AY2003.A0101.TF1.1 Aygurskiy 2 5455.5 Steppe Maykop H2a1
MK3003.A0101 Marinskaya 3 4476.5 Catacomb U4a2
MK5012.A0101 Marinskaya 5 4663.5 Catacomb U5a1b1e ?
RK4002.B0101 Rasshevatskiy 4 4610.0 Catacomb U4d3 R1b1a2
RK4001.A0101 Rasshevatskiy 4 4277.0 Catacomb U5a1i R1b1a2
SA6003.B0101 Sharakhalsun 6 4292.5 Catacomb U2e3a R1b1a2
I6278 Shepsi 5200.0 Dolmen BA T1a2 ..
I6281 Shepsi 5200.0 Dolmen BA U2e1 ..
I2051 Marchenkova Gora, D13 3260.0 Dolmen LBA H6a1a2a J
I2055 Unakozovskaya 6533.0 Eneolithic Caucasus R1a J
I2056 Unakozovskaya 6477.5 Eneolithic Caucasus R1a J2a
I1722 Unakozovskaya 6403.5 Eneolithic Caucasus R1a
PG2001 Progress 2 6207.0 Eneolithic steppe I3a R1b1
PG2004 Progress 2 6090.0 Eneolithic steppe H2 R1b1
VJ1001 Vonyuchka 1 6242.0 Eneolithic steppe T2a1b
ARM001.A0101 Kaps 5329.5 Kura-Araxes R1a1
ARM002.A0101; ARM003 Kaps 5148.0 Kura-Araxes K3 G2b
VEK006.A0101 Velikent 4850.0 Kura-Araxes U4a2
VEK007.A0101; VEK009 Velikent 4850.0 Kura-Araxes U4a2 J1
VEK008.A0101 Velikent 4850.0 Kura-Araxes U4a2 ?
MK5008.B0101 Marinskaya 5 5185.5 Late Maykop T1a2 ?
MK5004 Marinskaya 5 5171.0 Late Maykop T2al L
MK5001 Marinskaya 5 5141.5 Late Maykop K1a4 L
SIJ003.A0101 Sinyukha 5174.0 Late Maykop U4c1
SIJ002.A0101 Sinyukha 5173.5 Late Maykop U4c1 L
SIJ001.A01(SA6002.A01) Sinyukha 5125.5 Late Maykop U4c1
KBD001 Kabardinka 4036.5 Late North Caucasus I4a R1b1a2
KBD002.A0101 Kabardinka 4057.0 Late North Caucasus W1+119
NV3001 Nevinnomiskiy 3 3970.5 Lola R1b Q1a2
I1720 Baksanenok 5300.0 Maykop HV ?
MK5007.B0101 Marinskaya 5 5455.0 Maykop U5a1b1
OSS001.A0101 Nogir 3 5570.0 Maykop J2a1
I6268 Klady 5564.0 Maykop Novosvobodnaya R1a J2a1
I6267 Klady 5438.0 Maykop Novosvobodnaya T2c1
I6270 Klady 5434.0 Maykop Novosvobodnaya U1b ?
I6266 Klady 5200.0 Maykop Novosvobodnaya X2f J2a1
I6272 Dlinnaya Polyana 5200.0 Maykop Novosvobodnaya U1b1 G2a2a
KDC001.A0101 Kudachurt 3823.5 MBA North Caucasus X2i J2b
KDC002.A0101 Kudachurt 3734.5 MBA North Caucasus HV1a1
BU2001.A0101 Beliy Ugol 2 4674.0 North Caucasus R1b1a2a2
GW1001.A0101 Goryachevodskiy 2 4726.0 North Caucasus U2e1b R1b1a2a2
I1723 Goryachevodskiy 2 4702.0 North Caucasus U5b2a1a R1b1a1a2a
LYG001.A0101 Lysogorskaya 6 4672.0 North Caucasus H13a1a2 R1b1a2
MK5009.A0101 Marinskaya 5 4710.0 North Caucasus R1a1a R1b1a2
PG2002.A0101 Progress 2 4362.5 North Caucasus U1a1a3
RK1003.C0101 Rasshevatskiy 1 4750.5 North Caucasus R1a1a
SA6001.A0101 Sharakhalsun 6 5444.0 Steppe Maykop U7b
SA6004 Sharakhalsun 6 5170.5 Steppe Maykop U7b Q1a2
IV3002.A0101 Ipatovo 3 5206.5 Steppe Maykop outlier X1'2'3 ?
SA6013.B0101 Sharakhalsun 6 5180.0 Steppe Maykop outlier I5b R1
RK1007.A0101 Rasshevatskiy 1 5123.0 Yamnaya Caucasus T2a1
RK1001.C0101 Rasshevatskiy 1 4726.0 Yamnaya Caucasus U5a1d R1b1a2
SA6010.A0101 Sharakhalsun 6 4731.5 Yamnaya Caucasus U5a1g ?
ZO2002.C0101 Zolotarevka 2 4850.0 Yamnaya Caucasus U5a1+@16192

 

[asan-kaygy]

Перепост с молгена от Кошоя

Цитата

https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/23/327122

Characterizing the genetic history of admixture across inner Eurasia

View ORCID ProfileChoongwon Jeong, Oleg Balanovsky, Elena Lukianova, Nurzhibek Kahbatkyzy, Pavel Flegontov, Valery Zaporozhchenko, Alexander Immel, Chuan-Chao Wang, Olzhas Ixan, Elmira Khussainova, Bakhytzhan Bekmanov, Victor Zaibert, Maria Lavryashina, Elvira Pocheshkhova, Yuldash Yusupov, Anastasiya Agdzhoyan, Koshel Sergey, Andrei Bukin, Pagbajabyn Nymadawa, Michail Churnosov, Roza Skhalyakho, Denis Daragan, Yuri Bogunov, Anna Bogunova, Alexandr Shtrunov, Nadezda Dubova, Maxat Zhabagin, Levon Yepiskoposyan, Vladimir Churakov, Nikolay Pislegin, Larissa Damba, Ludmila Saroyants, Khadizhat Dibirova, Lubov Artamentova, Olga Utevska, Eldar Idrisov, Evgeniya Kamenshchikova, Irina Evseeva, Mait Metspalu, Martine Robbeets, Leyla Djansugurova, Elena Balanovska, Stephan Schiffels, Wolfgang Haak, David Reich, Johannes Krause

doi: https://doi.org/10.1101/327122

Abstract

The indigenous populations of inner Eurasia, a huge geographic region covering the central Eurasian steppe and the northern Eurasian taiga and tundra, harbor tremendous diversity in their genes, cultures and languages. In this study, we report novel genome-wide data for 763 individuals from Armenia, Georgia, Kazakhstan, Moldova, Mongolia, Russia, Tajikistan, Ukraine, and Uzbekistan. We furthermore report genome-wide data of two Eneolithic individuals (~5,400 years before present) associated with the Botai culture in northern Kazakhstan. We find that inner Eurasian populations are structured into three distinct admixture clines stretching between various western and eastern Eurasian ancestries. This genetic separation is well mirrored by geography. The ancient Botai genomes suggest yet another layer of admixture in inner Eurasia that involves Mesolithic hunter-gatherers in Europe, the Upper Paleolithic southern Siberians and East Asians. Admixture modeling of ancient and modern populations suggests an overwriting of this ancient structure in the Altai-Sayan region by migrations of western steppe herders, but partial retaining of this ancient North Eurasian-related cline further to the North. Finally, the genetic structure of Caucasus populations highlights a role of the Caucasus Mountains as a barrier to gene flow and suggests a post-Neolithic gene flow into North Caucasus populations from the steppe. 

Коренные народы внутренней Евразии, огромного географического региона, охватывающего центральную евразийскую степь и северную евразийскую тайгу и тундру, обладают огромным разнообразием в своих генах, культурах и языках. В этом исследовании мы сообщаем о новых данных генома для 763 человек из Армении, Грузии, Казахстана, Молдовы, Монголии, России, Таджикистана, Украины и Узбекистана. Кроме того, мы приводим данные о геноме двух энеолитических людей (~ 5400 лет до настоящего времени), связанных с ботайской культурой в Северном Казахстане. Мы находим, что внутренние евразийские популяции структурированы в три отдельных генетических градиента, простирающиеся между различными западными и восточными евразийскими предками. Это генетическое разделение хорошо отражено географией. Древние геномы Ботая предполагают еще один слой примеси во внутренней Евразии, в котором участвуют мезолитические охотники-собиратели в Европе, южные сибиряки верхнего палеолита и восточные азиаты. Моделирование смешения древних и современных популяций предполагает стирание этой древней структуры в Алтае-Саянском регионе миграциями западных степных скотоводов, но частичное сохранение этого древнего северноевразийского градиента дальше к северу. Наконец, генетическая структура популяций Кавказа подчеркивает роль кавказских гор как барьер для потока генов и предполагает, что пост-неолитический генный поток поступает в северокавказские популяции из степи.

Ещё два ботайца:
 

Код: [Выделить]

Sex mtDNA Y-DNA
TU45 M K1b2 R1b1a1 
BKZ001 F Z1

 

 

[asan-kaygy]

Цитата

Northwest Caucasians (e.g. Adygei and Ossetians) are closer to East Asians than Northeast or South Caucasians are. We speculate that these results may suggest at least two layers of gene flow into the North Caucasus region: an older layer related to the ANE- or WSH-related ancestries and the younger layer related to East Asians. The former may have involved an interaction with Iron Age nomads, such as Scythians or Sarmatians. The latter most strongly affected Northwest Caucasians and might be related to historical movements of Turkic populations with some East Asian ancestry into the Caucasus.

Северо-западные кавказцы (например, адыгейцы и осетины) ближе к восточным азиатам, чем северо-восточные или южные кавказцы. Мы предполагаем, что эти результаты позволяют предполагать, по крайней мере, два слоя генного потока в Северокавказский регион: более старый слой, связанный с популяциями родственными ANE или WSH, и более молодой слой, связанный с восточными Азиатами. Первое могло быть связано с взаимодействием с кочевниками железного века, такими как скифы или сарматы. Последнее наиболее сильно затронуло Северо-Западный Кавказ и может быть связано с историческими перемещениями тюркских популяций с некоторым восточноазиатским происхождением на Кавказ.

 

[asan-kaygy]

Перепост

 

Цитата

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/ajpa.23607

New genetic evidence of affinities and discontinuities between bronze age Siberian populations

Clémence Hollard, Vincent Zvénigorosky, Alexey Kovalev, Yurii Kiryushin, Alexey Tishkin, Igor Lazaretov, Eric Crubézy, Bertrand Ludes, Christine Keyser

First published: 14 June 2018
https://doi.org/10.1002/ajpa.23607

 Abstract

Objectives

This work focuses on the populations of South Siberia during the Eneolithic and Bronze Age and specifically on the contribution of uniparental lineage and phenotypical data to the question of the genetic affinities and discontinuities between western and eastern populations.

Materials and Methods

We performed molecular analyses on the remains of 28 ancient humans (10 Afanasievo (3600–2500 BC) and 18 Okunevo (2500–1800 BC) individuals). For each sample, two uniparentally inherited systems (mitochondrial DNA and Y‐chromosome DNA) were studied, in order to trace back maternal and paternal lineages. Phenotype‐informative SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) were also analyzed, along with autosomal STRs (Short Tandem Repeats).

Results

Most of the Afanasievo men submitted to analysis belonged to a single sub‐haplogroup, R1b1a1a, which reveals the predominance of this haplogroup in these early Bronze Age populations. Conversely, Okunevo individuals carried more diverse paternal lineages that mostly belonged to Asian/Siberian haplogroups. These differences are also apparent, although less strongly, in mitochondrial lineage composition and phenotype marker variant frequencies.

Discussion

This study provides new elements that contribute to our understanding of the genetic interactions between populations in Eneolithic and Bronze Age southern Siberia. Our results support the hypothesis of a genetic link between Afanasievo and Yamnaya (in western Eurasia), as suggested by previous studies of other markers. However, we found no Y‐chromosome lineage evidence of a possible Afanasievo migration to the Tarim Basin. Moreover, the presence of Y‐haplogroup Q in Okunevo individuals links them to Native American populations, as was suggested by whole‐genome sequencing.

 

[Samtat]

Похоже, что те же самые образцы, что и в зарубежной публикации 2014 года .

[asan-kaygy]

Видимо да

[Samtat]

Просмотрел номера образцов -они идентичные.

[кылышбай]

итого Таримские R1b могут быть не связаны с Сибирью?

[Курсант]

2 часа назад, кылышбай сказал:

итого Таримские R1b могут быть не связаны с Сибирью?

тохары в армии Чх были 

[asan-kaygy]

16 часов назад, Курсант сказал:

тохары в армии Чх были 

Звучит бредово

Тохары жили в другую эпоху

[Samtat]

Если речь о гаплогруппах Таримских мумий,  то у них R1а. И по неподтверждённым данным R1а не азиатская.

[кылышбай]

24 минуты назад, Samtat сказал:

Если речь о гаплогруппах Таримских мумий,  то у них R1а. И по неподтверждённым данным R1а не азиатская.

т.е. с андроновцами и ко могут быть только "сестрами" но никак не переселенцы с Сибири?

[Samtat]

Вероятно. Трудно судить на основании лишь комментариев авторов, без самой научной статьи. И это при условии, что со временем у андроновцев не найдут другие линии  R1а кроме азиатских.

[Курсант]

1 час назад, asan-kaygy сказал:

Звучит бредово

Тохары жили в другую эпоху

армянин их отмечает 

[asan-kaygy]

Только что, Курсант сказал:

армянин их отмечает 

это он так неправильно татар записал

[Samtat]

R1b-2103 у афанасьевцев.

[asan-kaygy]

 

Цитата

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Rja6ZyjQrz3UK7_HTagkzczoOFjwcXOGdNOm9FC3Rik/htmlview

У Кангюев два субклада

https://yfull.com/tree/T-Y13279/

https://yfull.com/tree/R-S23592/