С гагаузами вопрос снимается. Их язык это диалект турецкого, сами же они прибыли как переселенцы в 19 веке. Были бы они муслимами (как остальные тюрки), затем перешедшими в христианство, турки бы их давно перерезали как вероотступников.
По аутосомам ближайшие к каракалпакам это казахи, узбеки, киргизы, уйгуры, хазарейцы.
PS. http://verenich.wordpress.com/2012/11/25/%D0%B3%D0%B0%D0%B3%D0%B0%D1%83%D0%B7%D1%8B-alder-%D0%B0%D0%BD%D0%B0%D0%BB%D0%B8%D0%B7/
http://polit.ru/article/2009/04/30/mudrak/
“Самые поздние деления. Вот делятся между собой язык гагаузский и язык турецкий. Гагаузы живут на территории Молдавии, Добруджи, Добруджа – это устье Дуная и сопредельные территории в северо-западном углу Черного моря. Про гагаузов, в том числе и у них самих, существует много разных легенд. Свое название они этимологизируют как «голубые» или «синие огузы», что, по-видимому, правильно. Но они считают, что они появились еще с тех времен, когда существовали печенеги, что они являются прямыми наследниками тех кочевых народов, про которых говорили и писали древнерусские летописи и византийские хроники. Это не так. При некоторой натяжке можно говорить, что гагаузский является просто диалектом турецкого языка. Его глубина очень мала и соотносима с глубиной голландского по отношению к африкаанс. Африкаанс – это язык голландских колонистов, попавших в Южную Африку. Оказалось, что все эти узлы ложатся на некоторые значимые исторические даты. Время распада гагаузского и турецкого – 1610-е годы плюс минус 10 лет.