ДНК-проект: общие вопросы

[asan-kaygy]

Цитата

The horse Y chromosome as an informative marker for tracing sire lines

https://www.nature.com/articles/s41598-019-42640-w

Sabine Felkel, Claus Vogl, Doris Rigler, Viktoria Dobretsberger, Bhanu P. Chowdhary, Ottmar Distl, Ruedi Fries, Vidhya Jagannathan, Jan E. Janečka, Tosso Leeb, Gabriella Lindgren, Molly McCue, Julia Metzger, Markus Neuditschko, Thomas Rattei, Terje Raudsepp, Stefan Rieder, Carl-Johan Rubin, Robert Schaefer, Christian Schlötterer, Georg Thaller, Jens Tetens, Brandon Velie, Gottfried Brem & Barbara Wallner

Abstract

Analysis of the Y chromosome is the best-established way to reconstruct paternal family history in humans. Here, we applied fine-scaled Y-chromosomal haplotyping in horses with biallelic markers and demonstrate the potential of our approach to address the ancestry of sire lines. We de novo assembled a draft reference of the male-specific region of the Y chromosome from Illumina short reads and then screened 5.8 million basepairs for variants in 130 specimens from intensively selected and rural breeds and nine Przewalski’s horses. Among domestic horses we confirmed the predominance of a young’crown haplogroup’ in Central European and North American breeds. Within the crown, we distinguished 58 haplotypes based on 211 variants, forming three major haplogroups. In addition to two previously characterised haplogroups, one observed in Arabian/Coldblooded and the other in Turkoman/Thoroughbred horses, we uncovered a third haplogroup containing Iberian lines and a North African Barb Horse. In a genealogical showcase, we distinguished the patrilines of the three English Thoroughbred founder stallions and resolved a historic controversy over the parentage of the horse ‘Galopin’, born in 1872. We observed two nearly instantaneous radiations in the history of Central and Northern European Y-chromosomal lineages that both occurred after domestication 5,500 years ago.

 

[Мадьяр]

походу первыми кроманьонцами Европы которые столкнулись с неандертальцами были люди из Y-гаплогруппы С1a и С1b.  Довольно не мало таких палеобразцов . 

из английского вики:

"Y-ДНК гаплогруппы C-V20 также была обнаружена у небольшого числа современных европейцев, [6] алжирских берберов, [7] армян, [8] и непальцев [9]. Он включает в себя множество образцов Y-ДНК, связанных с самой старой из известных в настоящее время популяцией анатомически современных людей в Европе (кроманьонцы), и считается носителем культуры верхнего палеолита ориньяк, возникшей 40 000 лет назад [10]."

 

 

[кылышбай]

4 часа назад, Мадьяр сказал:

походу первыми кроманьонцами Европы которые столкнулись с неандертальцами были люди из Y-гаплогруппы С1a и С1b.  Довольно не мало таких палеобразцов . 

из английского вики:

"Y-ДНК гаплогруппы C-V20 также была обнаружена у небольшого числа современных европейцев, [6] алжирских берберов, [7] армян, [8] и непальцев [9]. Он включает в себя множество образцов Y-ДНК, связанных с самой старой из известных в настоящее время популяцией анатомически современных людей в Европе (кроманьонцы), и считается носителем культуры верхнего палеолита ориньяк, возникшей 40 000 лет назад [10]."

неудивительно. С очень древняя в сравнении с др. гаплами

[asan-kaygy]

 

[asan-kaygy]

Перепост:

 

Цитата

https://nplus1.ru/news/2019/10/02/ancient-strain

В Поволжье обнаружили древнейшего возбудителя средневековой пандемии чумы

В Поволжье обнаружили древнейший штамм чумной палочки, которая стала виновницей средневековой пандемии в Европе, говорится в Nature Communications. Палеогенетики получили геном этой бактерии из останков, найденных в городе Лаишево в Татарстане. Она дала начало линиям, которые распространились в Европе и неоднократно вызывали вспышки заболевания в разных частях континента. По мнению авторов, говорить о точном происхождении возбудителя Черной смерти пока рано, и нужны дополнительные исследования.

https://www.nature.com/articles/s41467-019-12154-0

Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes

    Maria A. Spyrou, Marcel Keller, Rezeda I. Tukhbatova, Christiana L. Scheib, Elizabeth A. Nelson, Aida Andrades Valtueña, Gunnar U. Neumann, Don Walker, Amelie Alterauge, Niamh Carty, Craig Cessford, Hermann Fetz, Michaël Gourvennec, Robert Hartle, Michael Henderson, Kristin von Heyking, Sarah A. Inskip, Sacha Kacki, Felix M. Key, Elizabeth L. Knox, Christian Later, Prishita Maheshwari-Aplin, Joris Peters, John E. Robb, Jürgen Schreiber, Toomas Kivisild, Dominique Castex, Sandra Lösch, Michaela Harbeck, Alexander Herbig, Kirsten I. Bos & Johannes Krause - Show fewer authors

Nature Communications volume 10, Article number: 4470 (2019) | Download Citation

Abstract

The second plague pandemic, caused by Yersinia pestis, devastated Europe and the nearby regions between the 14th and 18th centuries AD. Here we analyse human remains from ten European archaeological sites spanning this period and reconstruct 34 ancient Y. pestis genomes. Our data support an initial entry of the bacterium through eastern Europe, the absence of genetic diversity during the Black Death, and low within-outbreak diversity thereafter. Analysis of post-Black Death genomes shows the diversification of a Y. pestis lineage into multiple genetically distinct clades that may have given rise to more than one disease reservoir in, or close to, Europe. In addition, we show the loss of a genomic region that includes virulence-related genes in strains associated with late stages of the pandemic. The deletion was also identified in genomes connected with the first plague pandemic (541–750 AD), suggesting a comparable evolutionary trajectory of Y. pestis during both events.

 

[asan-kaygy]

 

Цитата

 

Теперь BAM - это отдельный продукт за US $99,00.

Y67 можно приобрести только как апгрейд.

Снимают Y25 и mtDNA Plus.
 

Цитировать

 

 

11/1/2019

Product Changes

Big Y – BAM File Now Separate Product

The Big Y test and Big Y BAM file are now two separate products.

Note: The Big Y .VCF file download is still available to all Big Y customers for free.

BAM File Price

The Big Y BAM file product price is $99.

New Big Y Customers

Once the customer’s Big Y test is batched, the BAM file is available for purchase on the customer’s Add Ons & Upgrades page Upgrades tab.

Once the customer’s Big Y test is posted, a purchase BAM file button is available on their Big Y - Results page.

Current Big Y Customers

There are no changes for current Big Y customers. These customers will be able to download their BAM file as usual.

Y-67 – Now Available as Upgrade Only

The Y-67 test is no longer available as a stand-alone test (nor available in bundles); however, it is still an available upgrade for customers who have tested at the Y-12, Y-25, or Y-37 level.

Current Y-67 customers are not affected and will continue to see their Y-67 results; and they can still upgrade to a higher-level Y test.

Y-25 – Product Obsolete

The Y-25 test is no longer available as a stand-alone test (nor available in bundles).

Current Y-25 customers are not affected and will continue to see their Y-25 results; and they can still upgrade to a higher-level Y test.

mtDNA Plus – Product Obsolete

The mtDNA Plus test is no longer available as a stand-alone test (nor available in bundles).

Current mtDNA Plus customers are not affected and will continue to see their mtDNA Plus results; and they can still upgrade to an mtFull Sequence test.

[asan-kaygy]

Начались скидки. Наиболее ценные: Family Finder ------------------------------------------ $79 $59
Y-37 ------------------------------------------------------- $169 $99
Big Y-700 ------------------------------------------------ $649 $399
Upgrades
Y-12 to Big Y-700* ------------------------------------- $629 $359
Y-25 to Big Y-700* ------------------------------------- $599 $349
Y-37 to Big Y-700* ------------------------------------- $569 $319
Y-67 to Big Y-700* ------------------------------------- $499 $259
Y-111 to Big Y-700* ------------------------------------ $449 $229
Бам-файл стоит отдельно 99 долларов

[Samtat]

МЕЖДУНАРОДНЫЙ КОНГРЕСС «VII СЪЕЗД ВАВИЛОВСКОГО ОБЩЕСТВА ГЕНЕТИКОВ И СЕЛЕКЦИОНЕРОВ, ПОСВЯЩЕННЫЙ 100-ЛЕТИЮ КАФЕДРЫ ГЕНЕТИКИ СПБГУ, И АССОЦИИРОВАННЫЕ СИМПОЗИУМЫ» 18-22 июня 2019 г., Санкт-Петербург, Россия

СБОРНИК ТЕЗИСОВ

http://www.spsl.nsc.ru/FullText/konfe/VIIСъезд ВОГиС.pdf

[Samtat]

Жаль , что тезисы в большинстве своём малоинформативны.

[Samtat]

Нарезал некоторые :

https://docs.google.com/document/d/1aRUFVlKkBQm0s8u0I2IlJdu2NhNJSFJ1keHINXqwevw/edit?usp=sharing

 

[Samtat]

Вроде бы сделал доступным для всех.

[Rust]

Сейчас все ок.

[Samtat]

Р.А. Схаляхо (Москва) ПОИСК СВЯЗИ ФАМИЛИЙ И ГАПЛОТИПОВ Y-ХРОМОСОМЫ

Исследование поддержано грантам РФФИ № 16-06-00364, РНФ 16-14-10354 Схаляхо Р.А.1 , Теучеж И.Э.2 , Кагазежева Ж.А.3 , Романов А. Г.1 , Жабагин М.К.4 , Юсупов Ю.М.5 , Дибирова Х.Д. 1 , Балановская Е.В.1 , Балановский О.П. 6,1 Почешхова Э.А.3 1 ФГБУ «Медико-генетический научный центр», Москва, Россия 2 ФГОУ ВПО «Московский физико-технический институт (государственный университет), Москва, Россия 3 ГБОУ ВПО «Кубанский государственный медицинский университет», Краснодар, Россия 4Центр наук о жизни, Назарбаев Университет, Астана, Казахстан 5 ГАНУ Институт стратегических исследований Республики Башкортостан, Центр социальной культурологии и антропологии, Уфа, Россия 6ФГБУН «Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН», Москва, Россия

Анализ связи фамилий (родов, кланов) и Y-хромосомы является актуальным направлением в популяционно-генетических исследованиях. Гаплогруппы и STR гаплотипы Y-хромосомы позволяют прослеживать «отцовские» линии в истории популяции. Поскольку и фамилии, и Y-хромосома наследуются по отцовской линии, эти маркеры позволяют изучить связь между фамилиями и генофондом. Одно из направлений таких исследований – определение степени генетического родства однофамильцев, не знающих о своем родстве. У носителей одинаковых фамилий 13 народов Кавказа исследованы 17 STR гаплотипы Yхромосомы: 668 однофамильцев, относящихся к 217 блокам фамилий. Для каждой группы однофамильцев рассчитаны индексы монофилетичности (I) и построены филогенетические сети.

Для тюрков Кавказа ожидалась полная полифилетичность (I=0). Однако она характерна лишь для трети тюркских фамилий, а две трети тюркских фамилий выявлена неслучайная связь фамилий с гаплотипами Y-хромосомы: средний индекс монофилетичности фамилий тюрков Кавказа (I=0.22) лишь в два раза меньше, чем для русских фамилий. Но связь фамилий и Y-хромосомы максимальна лишь у карачаевцев и караногайцев (I=0.29), а у других тюрков Кавказа связь мала, как и у армян (I=0.02). Максимальная связь между фамилиями и генетическим родством обнаружена у адыгейцев (в среднем I=0.70): целый ряд однофамильцев происходит от единого основателя. Средний индекс монофилетичности для абхазо-адыгских фамилий Западного Кавказа (I=0.50) оказался в два раза выше, чем у тюрков Кавказа. У абхазских, кабардинских, черкесских однофамильцев показатель монофилетичности высок (около I=0.50), у абазин ниже (I=0.19).Тесная связь фамилий и Y-хромосомы обнаружена также у осетин (I=0,49).

Полученные данные указывают на высокую эффективность использования фамилий как квазигенетического маркера у адыгов, абхазов и осетин, среднюю у карачаевцев, караногайцев и абазин, практически отсутствующую – у всех остальных изученных народов Кавказа ( армян, азербайджанцев, балкарцев, ногайцев, кумыков).

https://elibrary.ru/download/elibrary_27128733_59859750.pdf

[asan-kaygy]

https://ria.ru/20150910/1241756016.html?fbclid=IwAR1ZeuPEeuTtUy0oq7lc5zSV8R0FEA_fTnyuzb89ODhwp6MnpX0FvzZS5yI

[Samtat]

Если судить по научным публикациям и коммерческим проектам из тюркских народов наиболее активно изучаются  казахи, башкиры и карачаи с балкарами.

[asan-kaygy]

татары еще и кыргызы

[Samtat]

Но если только после вышеуказанных . У татар с научными публикациями полный провал. Не думаю, что у кыргызов с этим делом лучше.

[Samtat]

Только по ФТДНА у татар более-менее подвижки, благодаря частным исследователям-любителям.   

[Rust]

1 минуту назад, Samtat сказал:

Только по ФТДНА у татар более-менее подвижки, благодаря частным исследователям-любителям.   

По кыргызам сейчас публикуется похоже только Жаксылык, за что ему большая благодарность.

[asan-kaygy]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,11299.0.html

[Samtat]

Российскую генетику доверили Игорю Сечину

https://www.finanz.ru/novosti/aktsii/rossiyskuyu-genetiku-doverili-igoryu-sechinu-1028963346

[asan-kaygy]

Хорошо он на госзаказах заработает

[Rust]

Сообщения удалены. Политика на форуме запрещена.

[кылышбай]

Forbes.kz Генетическая «модернизация» непредсказуема. Специалисты по биоэтике, ученые и юристы из 11 стран в Женевском заявлении о редактировании наследственного генома человека указали, что последствия могут быть достаточно серьезными

[asan-kaygy]

Хорошая ссылка