ДНК-проект: общие вопросы

[asan-kaygy]

13 часов назад, кылышбай сказал:

если был бы R1a или N1c то был бы ожидаемый результат, а тут ...

Почему

У них немецкая кровь по генеалогии

Петр 3 по отцу был немцем

[кылышбай]

1 час назад, asan-kaygy сказал:

Почему

У них немецкая кровь по генеалогии

Петр 3 по отцу был немцем

это я перепутал. это ж не местная а немецкая династия

[asan-kaygy]

http://генофонд.рф/?page_id=28594

Кто и зачем собирает генетический материал россиян – страхи и реальность

[asan-kaygy]

Интерью О.П.Балановского телеканалу «Дождь» (о проблеме изучения и вывоза генетическихобразцов).

http://генофонд.рф/?page_id=28594

[asan-kaygy]

Песков раскрыл детали получения Путиным данных о сборе биоматериала россиян

https://m.news.yandex.ru/yandsearch?cl4url=ria.ru%2Fsociety%2F20171031%2F1507903377.html&lang=ru&from=main_portal&stid=p3tDu2h-8VJsKhZov0_e&lr=54&msid=1509448137.31696.22896.31788&mlid=1509447792.glob_225.f7805bcc&turbo_url=https%3A%2F%2Fwww.gazeta.ru%2Fsocial%2Fnews%2F2017%2F10%2F31%2Fn_10759484.shtml

[asan-kaygy]

Планируют запретить вывоз биоматериалов
https://russian.rt.com/russia/article/44460...erial-rossiyane
Совфед подключился: http://www.ntv.ru/novosti/1946383/
 

[asan-kaygy]

В Пентагоне прокомментировали сбор биоматериала россиян
https://news.mail.ru/society/31502547/?frommail=1

[asan-kaygy]

https://ria.ru/society/20170720/1498864548.html?inj=1

Путин поддержал идею снять серию фильмов об этносах России

[Samtat]

12 минут назад, asan-kaygy сказал:

Путин поддержал

Появилась тема о биологических образцах. Уже готовится  законопроект в формате "безопасности".  Т.е. на днк тестирование в зарубежных лаботориях могут внести ограничение, зная нашу специфику.

[asan-kaygy]

32 минуты назад, Samtat сказал:

Появилась тема о биологических образцах. Уже готовится  законопроект в формате "безопасности".  Т.е. на днк тестирование в зарубежных лаботориях могут внести ограничение, зная нашу специфику.

ч думаю запретят

[кылышбай]

теор. можно на основе этих соплей в Хьюстоне клонировать человека со 100% повторением генетики?

[asan-kaygy]

3 часа назад, кылышбай сказал:

теор. можно на основе этих соплей в Хьюстоне клонировать человека со 100% повторением генетики?

очень мало материала будет наверное. Там для сиквенса не всегда хватает

 

[Le_Raffine]

Кошку вроде бы не смогли клонировать, сделав точную копию. Получилась и цветом и характером другая.

[asan-kaygy]

23 минуты назад, Le_Raffine сказал:

Кошку вроде бы не смогли клонировать, сделав точную копию. Получилась и цветом и характером другая.

ссылку можно? Когда это было?

[asan-kaygy]

https://www.nature.com/articles/s41598-017-14761-7

The genetic variation in the R1a clade among the Ashkenazi Levites’ Y chromosome

[Le_Raffine]

16 минут назад, asan-kaygy сказал:

ссылку можно? Когда это было?

Rainbow the cat is a typical calico with splotches of brown, tan and gold on white. Cc, her clone, has a striped gray coat over white. Rainbow is reserved. Cc is curious and playful. Rainbow is chunky. Cc is sleek. Wayne Pacelle of the Humane Society might be inclined to say: I told you so. But then, so would cc’s creators at Texas A&M University. Sure, you can clone your favorite cat. But the copy will not necessarily act or even look like the original.

http://www.nbcnews.com/id/3076908/ns/health-cloning/t/year-later-cloned-cat-no-copycat/

[asan-kaygy]

10 минут назад, Le_Raffine сказал:

Rainbow the cat is a typical calico with splotches of brown, tan and gold on white. Cc, her clone, has a striped gray coat over white. Rainbow is reserved. Cc is curious and playful. Rainbow is chunky. Cc is sleek. Wayne Pacelle of the Humane Society might be inclined to say: I told you so. But then, so would cc’s creators at Texas A&M University. Sure, you can clone your favorite cat. But the copy will not necessarily act or even look like the original.

http://www.nbcnews.com/id/3076908/ns/health-cloning/t/year-later-cloned-cat-no-copycat/

рахмет

[кылышбай]

P.Balaresque et all. Y-chromosome descent clusters ...

Накопленные данные по частотам микросаттелитных гаплотипов Y-хромосомы позволили исследователям обнаружить 11 крупных родословных кластеров в Азии. Их основателей можно считать отцами-основателями современной азиатской популяции, наряду с Чингисханом (Тимучином) и Гиочангом. Авторы работы предполагают, что сверхвысокий репродуктивный успех отдельных мужчин, ведущий к распространению их Y-хромосомы, был связан с кочевым образом жизни.\

 

имхо: DC8 - C2-F4002, DC1 - C2-M48, DC10 - O2-M122,  у кого какие варианты касательно этих и ост. кластеров? 

 

[asan-kaygy]

http://elementy.ru/novosti_nauki/433155/V_chelovecheskom_neokortekse_est_redkiy_tip_neyronov_otsutstvuyushchiy_u_shimpanze_i_gorill

[asan-kaygy]

The genetic variation in the R1a clade among the Ashkenazi Levites’ Y chromosome

 

Doron M. Behar, Lauri Saag, Monika Karmin, Meir G. Gover, Jeffrey D. Wexler, Luisa Fernanda Sanchez, Elliott Greenspan, Alena Kushniarevich, Oleg Davydenko, Hovhannes Sahakyan, Levon Yepiskoposyan, Alessio Boattini, Stefania Sarno, Luca Pagani, Shai Carmi, Shay Tzur, Ene Metspalu, Concetta Bormans, Karl Skorecki, Mait Metspalu, Siiri Rootsi & Richard Villems.

 

Abstract

 

Approximately 300,000 men around the globe self-identify as Ashkenazi Levites, of whom two thirds were previously shown to descend from a single male. The paucity of whole Y-chromosome sequences precluded conclusive identification of this ancestor’s age, geographic origin and migration patterns. Here, we report the variation of 486 Y-chromosomes within the Ashkenazi and non-Ashkenazi Levite R1a clade, other Ashkenazi Jewish paternal lineages, as well as non-Levite Jewish and non-Jewish R1a samples. Cumulatively, the emerging profile is of a Middle Eastern ancestor, self-affiliating as Levite, and carrying the highly resolved R1a-Y2619 lineage, which was likely a minor haplogroup among the Hebrews. A star-like phylogeny, coalescing similarly to other Ashkenazi paternal lineages, ~1,743 ybp, suggests it to be one of the Ashkenazi paternal founders; to have expanded as part of the overall Ashkenazi demographic expansion, without special relation to the Levite affiliation; and to have subsequently spread to non-Ashkenazi Levites.

 

https://www.nature.com/articles/s41598-017-14761-7

 

[asan-kaygy]

Мнение генофонда

http://генофонд.рф/?page_id=28925

[asan-kaygy]

https://www.nature.com/articles/s41598-017-17124-4?WT.feed_name=subjects_population-genetics

[asan-kaygy]

https://docs.google.com/spreadsheets/d/1jE0w48zwP3H2XV-2FBL3UBic84xQz-qBmdAl2-wJXOY/edit?ts=574acf68#gid=1934392066

[asan-kaygy]

Between Lake Baikal and the Baltic Sea: genomic history of the gateway to Europe
https://bmcgenet.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12863-017-0578-3

Petr Triska, Nikolay Chekanov, Vadim Stepanov, Elza K. Khusnutdinova, Ganesh Prasad Arun Kumar, Vita Akhmetova, Konstantin Babalyan, Eugenia Boulygina, Vladimir Kharkov, Marina Gubina, Irina Khidiyatova, Irina Khitrinskaya, Ekaterina E. Khrameeva, Rita Khusainova, Natalia Konovalova, Sergey Litvinov, Andrey Marusin, Alexandr M. Mazur, Valery Puzyrev, Dinara Ivanoshchuk, Maria Spiridonova, Anton Teslyuk, Svetlana Tsygankova, Martin Triska, Natalya Trofimova, Edward Vajda, Oleg Balanovsky, Ancha Baranova, Konstantin Skryabin, Tatiana V. Tatarinova and Egor Prokhortchouk

Abstract



Background

The history of human populations occupying the plains and mountain ridges separating Europe from Asia has been eventful, as these natural obstacles were crossed westward by multiple waves of Turkic and Uralic-speaking migrants as well as eastward by Europeans. Unfortunately, the material records of history of this region are not dense enough to reconstruct details of population history. These considerations stimulate growing interest to obtain a genetic picture of the demographic history of migrations and admixture in Northern Eurasia.


Results

We genotyped and analyzed 1076 individuals from 30 populations with geographical coverage spanning from Baltic Sea to Baikal Lake. Our dense sampling allowed us to describe in detail the population structure, provide insight into genomic history of numerous European and Asian populations, and significantly increase quantity of genetic data available for modern populations in region of North Eurasia. Our study doubles the amount of genome-wide profiles available for this region.

We detected unusually high amount of shared identical-by-descent (IBD) genomic segments between several Siberian populations, such as Khanty and Ket, providing evidence of genetic relatedness across vast geographic distances and between speakers of different language families. Additionally, we observed excessive IBD sharing between Khanty and Bashkir, a group of Turkic speakers from Southern Urals region. While adding some weight to the “Finno-Ugric” origin of Bashkir, our studies highlighted that the Bashkir genepool lacks the main “core”, being a multi-layered amalgamation of Turkic, Ugric, Finnish and Indo-European contributions, which points at intricacy of genetic interface between Turkic and Uralic populations. Comparison of the genetic structure of Siberian ethnicities and the geography of the region they inhabit point at existence of the “Great Siberian Vortex” directing genetic exchanges in populations across the Siberian part of Asia.

Slavic speakers of Eastern Europe are, in general, very similar in their genetic composition. Ukrainians, Belarusians and Russians have almost identical proportions of Caucasus and Northern European components and have virtually no Asian influence. We capitalized on wide geographic span of our sampling to address intriguing question about the place of origin of Russian Starovers, an enigmatic Eastern Orthodox Old Believers religious group relocated to Siberia in seventeenth century. A comparative reAdmix analysis, complemented by IBD sharing, placed their roots in the region of the Northern European Plain, occupied by North Russians and Finno-Ugric Komi and Karelian people. Russians from Novosibirsk and Russian Starover exhibit ancestral proportions close to that of European Eastern Slavs, however, they also include between five to 10 % of Central Siberian ancestry, not present at this level in their European counterparts.


Conclusions

Our project has patched the hole in the genetic map of Eurasia: we demonstrated complexity of genetic structure of Northern Eurasians, existence of East-West and North-South genetic gradients, and assessed different inputs of ancient populations into modern populations.


Статья в свободном доступе.

[asan-kaygy]

Копипаст с молгена

 

Цитата

https://www.nature.com/articles/nature25173

Terminal Pleistocene Alaskan genome reveals first founding population of Native Americans

    J. Víctor Moreno-Mayar, Ben A. Potter, Lasse Vinner, Matthias Steinrücken, Simon Rasmussen, Jonathan Terhorst, John A. Kamm, Anders Albrechtsen, Anna-Sapfo Malaspinas, Martin Sikora, Joshua D. Reuther, Joel D. Irish, Ripan S. Malhi, Ludovic Orlando, Yun S. Song, Rasmus Nielsen, David J. Meltzer & Eske Willerslev

    doi:10.1038/nature25173

Received:    29 March 2017
Accepted:    26 November 2017
Published online:    03 January 2018

Abstract

Despite broad agreement that the Americas were initially populated via Beringia, the land bridge that connected far northeast Asia with northwestern North America during the Pleistocene epoch, when and how the peopling of the Americas occurred remains unresolved1,2,3,4,5. Analyses of human remains from Late Pleistocene Alaska are important to resolving the timing and dispersal of these populations. The remains of two infants were recovered at Upward Sun River (USR), and have been dated to around 11.5 thousand years ago (ka)6. Here, by sequencing the USR1 genome to an average coverage of approximately 17 times, we show that USR1 is most closely related to Native Americans, but falls basal to all previously sequenced contemporary and ancient Native Americans1,7,8. As such, USR1 represents a distinct Ancient Beringian population. Using demographic modelling, we infer that the Ancient Beringian population and ancestors of other Native Americans descended from a single founding population that initially split from East Asians around 36 ± 1.5 ka, with gene flow persisting until around 25 ± 1.1 ka. Gene flow from ancient north Eurasians into all Native Americans took place 25–20 ka, with Ancient Beringians branching off around 22–18.1 ka. Our findings support a long-term genetic structure in ancestral Native Americans, consistent with the Beringian ‘standstill model’9. We show that the basal northern and southern Native American branches, to which all other Native Americans belong, diverged around 17.5–14.6 ka, and that this probably occurred south of the North American ice sheets. We also show that after 11.5 ka, some of the northern Native American populations received gene flow from a Siberian population most closely related to Koryaks, but not Palaeo-Eskimos1, Inuits or Kets10, and that Native American gene flow into Inuits was through northern and not southern Native American groups1. Our findings further suggest that the far-northern North American presence of northern Native Americans is from a back migration that replaced or absorbed the initial founding population of Ancient Beringians.

Несмотря на широкое согласие с тем, что Америка первоначально была заселена через Берингию, наземный мост, соединявший крайнюю Северо-Восточную Азию с северо-западной Северной Америкой в эпоху плейстоцена, когда и как происходило заселение Северной и Южной Америки, остается нерешенным. Анализ человеческих останков из позднеплейстоценовой Аляски имеет важное значение для решения вопросов датировку и путей расселения этих популяций. Останки двух младенцев были обнаружены на археологическом памятнике Upward Sun River(USR), их возраст был определён как примерно 11,5 тыс. лет назад(тлн). Здесь, путем секвенирования генома USR1 со средним покрытием примерно 17, мы показываем, что USR1 наиболее тесно связан с коренными американцами, но является базальным для всех ранее секвенированных современных и древних коренных американцев. Таким образом, USR1 представляет собой особое древнее берингийское население. Используя демографическое моделирование, мы делаем вывод о том, что древняя берингийская популяция и предки других коренных американцев произошли от одной начальной популяции, которое изначально отдеолилась от восточных азиатов примерно 36 ± 1,5 тлн, при этом поток генов сохранялся до 25 ± 1,1 тлн. Генный поток от древних северных евразийцев ко всем коренным американцам имел место 25-20 тлн, а древние берингийцы отделились от 22 до 18,1 тлн. Наши результаты подтверждают долгосрочную генетическую структуру у коренных индейцев, согласующуюся с берингийской «моделью застоя". Мы показываем, что базальные северные и южные индейские ветви, к которым относятся все другие коренные американцы, разошлись в районе 17,5-14,6 тлн и что это, вероятно, произошло к югу от североамериканских ледниковых щитов. Мы также показываем, что после 11,5 тлн некоторые из северных популяций индейцев получали поток генов из сибирской популяции, наиболее тесно связанной с коряками, но не с палео-эскимосоми, инуитами или кетами, и что индейские гены, попавшие к инуитам, проходили через северные а не через южные индейские группы. Наши результаты далее свидетельствуют о том, что северное североамериканское присутствие северных коренных американцев происходит от обратной миграции, которая заменила или поглотила первоначальную популяцию древних берингийцев.

Исследовались останки двух младенцев обнаруженных на Аляске несколько лет назад. Уже была статья про их мтДНК(C1b и B2): http://www.pnas.org/content/112/45/13833.abstract , и были сообщения в российских СМИ: https://www.vesti.ru/doc.html?id=2680107&cid=2161

Теперь удалось сделать полные геномы, но: 1) оба ребёнка оказались девочками, так что Y-хромосом нет, 2) хорошо отсеквенировать удалость только первого ребёнка, покрытие 17, у второго качество гораздо хуже.