Якутский ДНК-проект

[offen]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,267.150.html

offen - якутский модальный гаплотип N1c1-M2019

(19, 389I, 389II, 390, 391, 392, 393, 385a,b, 438, 439, 437, 448, 456, 458, 635, GATA H4):

14-14-32-23-11-16-14-11,13-11-10-14-19-14-16-22-12

[asan-kaygy]

http://ru.rjgg.org/index.php/RJGGRE/article/view/137

Внутренняя структура якутской ветви гаплогруппы N1c1 Y-хромосомы

Дмитрий Семенович Адамов

 

Abstract

 

Проведен анализ генетических данных, полученных с помощью технологии NGS (Next Generation Sequencing). Гаплотипы шестнадцати образцов якутов-саха из панели данных HGDP маркируются однонуклеотидной мутацией M2019, которая отсутствует в других исследованных ветвях гаплогруппы N1c1. Якутская ветвь гаплогруппы N1c1 четко разделяется на две основные подветви, каждая из которых маркируется собственной мутацией – M1933 и M1991 соответственно. Существование у якутов-саха двух основных генеалогических линий подтверждается данными о быстро мутирующих Y-STR локусах.

[Samtat]

Не уверен, что данную статью нигде не постили, но:

 

Ethno-Territorial Groups of the Yakuts:Genetic Structure Characteristics

 

 

стр.59

http://ymj.ykt.ru/files/YMJ-2-2014-en.pdf

[Samtat]

Сегодня встретил русскоязычную версию

 

Этнотерриториальные группы якутов: особенности генетической структуры

 

стр.28

 

http://ymj.ykt.ru/files/YMJ-2-2014.pdf

[Samtat]

ИСТОРИЯ ЗАСЕЛЕНИЯ ЧЕЛОВЕКОМ СЕВЕРО-ВОСТОКА ЕВРАЗИИ: МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ РЕКОНСТРУКЦИИ

 

С. А. Федорова1, А. Д. Степанов1, А. Н. Алексеев2, Э. К. Хуснутдинова3

 

1Якутск, Северо-Восточный федеральный университет им. М. К. Амосова,

2Институт гуманитарных исследований и проблем малочисленных народов Севера СО РАН,

3Уфа, Институт биохимии и генетики УНЦ РАН

 

Проведено исследование генетической структуры и генетической истории народов Якутии (якуты, эвенки, эвены, юкагиры и долганы) с использованием гаплоидных систем митохондриальной ДНК (n = 701) и Y-хромосомы (n = 318), а также полногеномного анализа 600 тыс. аутосомных SNP-маркеров у 758 индивидов из 55 популяций. Установлено, что популяции Якутии входят в единый генетический континуум, охватывающий северо-восточную часть Евразии (территория Южной и Западной Сибири, Монголии, Дальнего Востока, Чукотки и Камчатки), который характеризуется преобладанием в генофонде восточноевразийского компонента, высоким содержанием гаплогрупп С и D мтДНК, гаплогрупп N и С Y-хромосомы. Подавляющее большинство линий (91 %) относится к азиатским кластерам: A, B, C, D, F, G, M7, M13a, Y, Z мтДНК, N1с, N1b, C3, C3c, C3d Y-хромосомы. Результаты филогеографического анализа линий мтДНК и Y-хромосомы, распространенных в Якутии, свидетельствуют об их южном происхождении.

 

Установлено тесное генетическое родство народов Якутии с народами Южной Сибири. На генетическом уровне Якутия является продолжением Южной Сибири, наиболее близкой ее производной. Наши результаты подтверждают сценарий, согласно которому территория Якутии заселялась главным образом из регионов Прибайкалья и Забайкалья, в то время как поток генов из Южно-Охотского региона и Камчатки был незначителен. Таким образом, предположения об исторических связях современных народов Якутии с древними племенами, населявшими Южную Сибирь, находят генетическое подтверждение.

 

По полиморфизму мтДНК и результатам полногеномного анализа наблюдаются глубокие генетические различия между народами Якутии и соседних регионов Чукотки и Камчатки. Генетический разрыв между Якутией, Чукоткой и Камчаткой сформировался, по-видимому, в результате относительной изолированности народов крайнего северо-востока Евразии начиная с эпохи позднего неолита, в течение 3–4 тыс. лет. Результаты анализа мтДНК древних образцов Кердюгенского погребения (гаплогруппы А4 и G2a), датированного радиоуглеродным методом временем позднего неолита Якутии, подтверждают наши предположения о том, что дистанцированность населения Якутии от предков современных палеоазиатов была характерна и для эпохи позднего неолита.

 

Западноевразийские линии гаплогрупп H, U, HV1, T, W, J мтДНК и R1a, R1b, J, E1b1b1, I1, I2a Y-хромосомы встречаются в генофонде народов Якутии с низкой частотой – их суммарное содержание в общей выборке составляет ~ 9 % по обеим маркерным системам. Установлено двойственное происхождение европейских линий в генофонде народов РС(Я) – часть из них привнесена европейскими этносами, заселившими Якутию с XVII в., другие имеют намного более древнее происхождение, связанное с регионами Ближнего Востока, Средней Азии и Южной Сибири, и проникли в Якутию через степную зону Евразии, простирающуюся между Черным и Желтым морями. Древний европеоидный компонент представлен в большей степени в генофонде якутов и эвенков.

https://vk.com/doc2369257_437004165?hash=1d16390ae45da99aad&dl=44cc47e33887e24ee6

[Samtat]

Изучение генеалогических линий якутских родов методами ДНК-генеалогии

Адамов Д.С.

стр.41

http://relocation.pgpb.ru/rodoved/rodoved-1.pdf

[кылышбай]

В 26.03.2017 в 00:49, Samtat сказал:

Изучение генеалогических линий якутских родов методами ДНК-генеалогии

Адамов Д.С.

стр.41

http://relocation.pgpb.ru/rodoved/rodoved-1.pdf

наличие М2118 также у долганов, ханты и манси, эвенков, эвенов  и совсем малые проценты у расположенных южнее тюрков и монголов может говорить об автохтонности якутов по отцовской линии? конечно языковой аргумент, ЧХ в сказаниях и легенды о прадедах с юга просто так не уберешь, но ведь не может быть такое совпадение что эта жа линия есть и у соседних этносов на севере. хотя можно предположить что часть пришельцев с юга пошла дальше в Заполярье и к тунгусам

[Samtat]

ПРОИСХОЖДЕНИЕ ЯКУТОВ: МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ РЕКОНСТРУКЦИИ В СРАВНЕНИИ С ГИПОТЕЗАМИ ИСТОРИКОВ

С.А. Федорова

В обзоре представлены результаты исследований генетической истории якутов, проведенных учеными ЯНЦ комплексных медицин ских проблем и Северо-Восточного федерального университета им. М.К. Аммосова (Якутск, Россия) в сотрудничестве с коллегами из Института биохимии и генетики УНЦ РАН (Уфа, Россия) и Эстонского Биоцентра (Тарту, Эстония) за период 2002-2016 гг. в сравнении с реконструкциями других групп генетиков и с гипотезами историков и археологов об этногенезе народа саха.

стр.60

http://ymj.ykt.ru/files/YMJ-3-2017.pdf

Автор в обзоре использует старую номенклатуру, акцент на актуальные снипы исключён полностью.

 

 

[Samtat]

Г л а в а 2. Генетическая история населения Якутии
(Федорова С.А., Рейдла М., Степанов А.Д., Бермишева М.А., Томский М.И., Хуснутдинова Э.К., Виллемс Р.) . . . . . . . . 39
2.1. Особенности маркерных систем . . . . . . . . 43
2.2. Структура и происхождение митохондриального генофонда населения Якутии . . . . . . . . 48
2.3. Происхождение и особенности спектра линий Y-хромосомы в Якутии . . . . . . . . . . . . 54
2.4. Анализ аутосомных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в популяциях Якутии . . . . . . . 57
2.5. Якутия как производная Южной Сибири . . . . 60
2.6. Генетический разрыв между Якутией и Крайним Северо-Востоком Сибири . . . . . . . . . . . 63
2.7. Происхождение западно-евразийского генетического компонента в генофонде коренного населения Якутии . . . .. . . . . 65
2.8. Анализ линий древней митохондриальной ДНК... 68

https://www.s-vfu.ru/upload/рукопись монографии Генетическая история.pdf

[Samtat]

Ученые Якутского научного центра комплексных медицинских проблем уточнили происхождение народов Якутии

В этногеномных исследованиях, проведенныхЯкутским научным центром комплексных медицинских проблем, подведомственным ФАНО России, совместно с Эстонским биоцентром (Тарту, Эстония) и университетом Тулузы им. Поля Сабатье (Франция), впервые получены сведения по генетической истории коренного населения Якутии (юкагиров, эвенков, эвенов, якутов и долган). Впервые получены данные о древней ДНК населения Якутии на основе анализа палеоматериала из погребений эпохи средневековья и позднего неолита Якутии. Выявлены генетические особенности и состав компонентов генофонда якутов, эвенков, эвенов, юкагиров и долган, охарактеризованы генетические взаимоотношения между народами Якутии и соседних регионов. Показано, что народы Якутии генетически наиболее близки к народам Южной Сибири (тувинцы, буряты, алтайцы, хакасы, тофалары, монголы). 

 

Установлено, что заселение территории Якутии происходило, в основном, с регионов Забайкалья и Прибайкалья. Судя по генетическому разрыву между жителями Якутии и соседних Чукотки и Камчатки, народы Якутии и крайнего Северо-Востока Евразии жили изолированно друг от друга в течение 3-4 тысяч лет. Показано, что европейские линии в генофонде жителей Якутии связаны не только с приходом европейцев в XVII веке, часть из них имеет более древнее происхождение и связано с регионами Ближнего Востока, Средней Азии и Южной Сибири. 

 

Полученные данные позволили расширить и уточнить существующие представления о происхождении коренных народов Якутии и получить однозначную генетическую оценку по некоторым спорным вопросам этногенеза. Впервые получено доказательство генетических связей юкагиров с нганасанами, результаты ДНК-анализа демонстрируют, что по генетическим характеристикам юкагиры ближе к урало- и алтаеязычным этносам Сибири, чем к соседним палеоазиатским народам Чукотки и Камчатки. Получены генетические аргументы в пользу гипотезы об относительно недавнем появлении тунгусов на территории Якутии. У эвенков Якутии обнаружен «гаплотип Чингис-хана», с высокой частотой встречающийся у народов, бывших под властью чингизидов. Показаны генетические различия между тунгусоязычными эвенами и эвенками Якутии. Эвены, которые до недавнего времени рассматривались историками не как отдельная народность, а как этнографическое подразделение эвенков, по своим генетическим характеристикам более близки не к эвенкам, а к юкагирам. 

 

Результаты генетического анализа указывают на то, что предки якутов происходят с Восточно-Саянского региона и некоторое время проживали в регионе оз. Байкал, прежде чем мигрировали на север в бассейн р. Лены. Центр плодотворно сотрудничает с ведущими научными институтами России, а также с зарубежными коллегами из Арктического университета Тромсе (Норвегия), Центра арктической медицины (Оулу, Финляндия), НИИ мозга (Ниигата, Япония), Эстонского биоцентра (Тарту, Эстония), университета Тулузы им.Поля Сабатье (Франция). ФГБНУ «Якутский научный центр комплексных медицинских проблем» показал высокую эффективность по своему направлению среди научных учреждений, подведомственных ФАНО России.

https://fano.gov.ru/ru/press-center/card/?id_4=38931

[asan-kaygy]

https://rg.ru/2017/10/24/reg-dfo/potomkov-chingishana-uchenye-nashli-v-iakutii.html

В Якутии нашли потомков Чингисхана

Жалко нет научной статьи пока

[кылышбай]

В 24.10.2017 в 23:18, Samtat сказал:

Ученые Якутского научного центра комплексных медицинских проблем уточнили происхождение народов Якутии

В этногеномных исследованиях, проведенныхЯкутским научным центром комплексных медицинских проблем, подведомственным ФАНО России, совместно с Эстонским биоцентром (Тарту, Эстония) и университетом Тулузы им. Поля Сабатье (Франция), впервые получены сведения по генетической истории коренного населения Якутии (юкагиров, эвенков, эвенов, якутов и долган). Впервые получены данные о древней ДНК населения Якутии на основе анализа палеоматериала из погребений эпохи средневековья и позднего неолита Якутии. Выявлены генетические особенности и состав компонентов генофонда якутов, эвенков, эвенов, юкагиров и долган, охарактеризованы генетические взаимоотношения между народами Якутии и соседних регионов. Показано, что народы Якутии генетически наиболее близки к народам Южной Сибири (тувинцы, буряты, алтайцы, хакасы, тофалары, монголы). 

а как же наличие М2118 у долганов, ханты, манси, эвенков, эвенов?

[кылышбай]

В 25.10.2017 в 09:46, asan-kaygy сказал:

https://rg.ru/2017/10/24/reg-dfo/potomkov-chingishana-uchenye-nashli-v-iakutii.html

В Якутии нашли потомков Чингисхана

Жалко нет научной статьи пока

нашли F4002 или просто старкластер?

[asan-kaygy]

14 минут назад, кылышбай сказал:

нашли F4002 или просто старкластер?

Видимо старкластер

[кылышбай]

05.08.2018 в 21:20, Курсант сказал:

 Nimissin

Образец каракалпака (Каракалпакстан, Узбекистан), предположительно, относится к гаплогруппе N-M2019, к ветви DYS385=10,13. 17-локусный Y-STR гаплотип в формате 19, 389I, 389II, 390, 391, 392, 393, 385a,b, 438, 439, 437, 448, 456, 458, 635, GATA H4: 
14   14   31   23   11   16   14   10   13   11   10   14   19   13   16   22   12.
Ветвь DYS385=10,13, по расчетам из работы Adamov (2015) The European Relatives of the Yakuts, наиболее близка к ветви якутов-саха N-M1982. 
https://www.researchgate.net/.../299561051_The_European_Relatives_of_the_Yakuts
Возраст ближайшего общего предка двух ветвей оценивается в 1700 +/- 600 лет.

 

эти субклады относится к M2118, который нашли также у казахов и караногайцев. еще одно доказательство, что предки саха ушли из Центральной Азии ок. 1000 лет назад или позже

[Курсант]

17.09.2018 в 18:52, кылышбай сказал:

эти субклады относится к M2118, который нашли также у казахов и караногайцев. еще одно доказательство, что предки саха ушли из Центральной Азии ок. 1000 лет назад или позже

Отюреченные потомки авар ?

[asan-kaygy]

9 часов назад, Курсант сказал:

Отюреченные потомки авар ?

фантазировать не надо

[Samtat]

О происхождении отцовских линий популяции саха: сравнительный анализ данных популяционной генетики / древней ДНК, археологических и исторических исследований

Д.Г. Тихонов, C. Gurkan, K.D. Demirdov, E. Beyoglu 

 

АННОТАЦИЯ

      Саха (якуты) являются самым северным и многочисленным тюркоязычным народом Северо-Восточной Сибири. Согласно широко распространенным среди саха легендам, прародителями народа являются Эллэй и Омогой, прибывшие на Среднюю Лену из азиатской степи. Археологические находки и исследования древних ДНК позволяют констатировать: персонажи Эллэя и Омогоя – реальные исторические личности, тесно связанные с этногенезом саха. Цель настоящего исследования – определение генетической «подписи» (биомаркеров) родовых линий популяции саха, в том числе легендарных Эллэя и Омогоя по их отцовским линиям. В данном исследовании впервые определены гаплогруппа и гаплотип STR-локусов Y-хромосомы родовой линии Эллэя на основе исследования его вероятного прямого потомка, генеалогия которого установлена по достоверным архивным документам и опубликованным источникам научных исследований.
      Анализ 367 гаплотипов STR-локусов Y-хромосомы популяции саха, собранные из литературных и других источников с использованием поисковых инструментов Y-chromosome STR Haplotype Reference Database (YHRD), показал, что отцовские линии саха состоят из 6 основных кластеров расширения, каждый из которых соответствует древнему клану. Среди современной популяции саха наиболее распространенный гаплотип действительно был представлен линией вероятного потомка легендарного Эллэя. В настоящей работе представлены данные, подтверждающие его киданьское происхождение. Как было показано ранее, отцовские линии саха оказались очень гомогенными и демонстрировали признаки сильного узкого места в популяции. Генетические и археологические данные хорошо согласуются с историческими повествованиями саха, в которых, по крайней мере, с точки зрения отцовской линии, только несколько человек, возможно, прибыли из степей Азии и имели репродуктивный успех среди автохтонного населения, что привело к сегодняшнему разнообразию Y-хромосомы популяции.

https://siberes.ru/yakut/

https://siberes.ru/gallery/10. эллэй.pdf

[asan-kaygy]

рахмет

[Samtat]

Если честно, я сомневаюсь в объективности результатов работы без снипов.  СТР маркеры сами по себе интересны, но только  для предварительного анализа.

[asan-kaygy]

https://www.researchgate.net/publication/334273699_Gaplogruppa_igrek-hromosomy_C-M48_u_akutov-saha

[asan-kaygy]

Цитата

Вышла работа Kilinc et al. (2021) Human population dynamics and Yersinia pestis in ancient northeast Asia
https://advances.sciencemag.org/content/7/2/eabc4587.full?fbclid=IwAR27bzSqkQzsNrp9cUclvLmCKJb9oDmFo3ffNNoQzG_9AbPK90LoROjJuDI
Обсуждение здесь:
https://forum.molgen.org/index.php/topic,13237.msg509660/topicseen.html#msg509660

Есть три древних образца N-L708(xL392)
brn008   2.3967   XY      N-L708*(xL392)   N1c1a1   Trans-Baikal   Mesolithic
brn003   3.84508   XY      N-L708*(xL392)   N1c1a1   Trans-Baikal   Neolithic
N4b2DR   3.50908   XY      N-L708*(xL392)   N1c1a1   Yakutia   Late Neolithic

Возраст образцов из Забайкалья:
brn008 7324-7461 лет до н.в., мезолит,
brn003 6469-6640 лет до н.в., неолит.

Образец из Центральной Якутии возрастом 4091-4348 лет до нашего времени, поздний неолит.
Это образец Кёрдюген 1, ымыяхтахская культура.
Теперь стало известно, что Кёрдюгенский воин имел игрек-хромосому гаплогруппы N-L708(xL392). Интрига в том, что ветвь 90 % современных мужчин саха N-M1982 также относится к этой гаплогруппе. В настоящее время структура гаплогруппы N-L708 выглядит следующим образом:
https://www.yfull.com/tree/N-L708/
N-L708 делится на две ветви: N-Y9022 ("ананьинская ветвь", см. https://forum.molgen.org/index.php/topic,3976.285.html) и N-M2126/P298.
В составе ветви N-M2126/P298 подходит только ветвь N-M2019/2118, так как в образце Кёрдюген 1 нет мутаций уровня L392 и ветвь N-L1026 отпадает.
Современные образцы игрек-хромосомы N-M2019/2118 имеют ближайшего общего предка, жившего около 3700 лет назад. Получается, этот предок жил после Кёрдюгенского воина. Поэтому мы можем проверить только наличие совпадений более древних мутаций на дереве большой якутской ветви М2019.
Надо будет проверить степень родства по сырым данным, которые пока еще не выложены в базах данных ENA и NCBI. Будем ждать.
Может оказаться, что образец Кёрдюгенского воина не относится ни к ананьинской, ни к большой якутской ветви, а к какой-то третьей, вымершей.

 

[Samtat]

ERS474354	HGDP00945	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474355	HGDP00946	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474356	HGDP00947	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474357	HGDP00948	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474358	HGDP00949	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474359	HGDP00950	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474361	HGDP00952	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474362	HGDP00953	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474363	HGDP00954	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474367	HGDP00958	NorthAsia	Yakut	Siberia	C2b1a1a1a1	F3850	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474369	HGDP00960	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474370	HGDP00961	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474371	HGDP00962	NorthAsia	Yakut	Siberia	C2b1a1a1a1	F3850	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474373	HGDP00964	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474374	HGDP00965	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474377	HGDP00968	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474378	HGDP00969	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
LP6005443-DNA_D02	HGDP00951	NorthAsia	Yakut	Siberia	N1a1a1a	L708	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
GS000014333-ASM	YakS8	NorthAsia	Yakutian	Russia	N1a1a1a	L708	Karmin et al. 2015
GS000020490-ASM	YakK3	NorthAsia	Yakuts	Russia	N1a1a1a	L708	Karmin et al. 2015
GS000022076-ASM	YakM1	NorthAsia	Yakuts	Russia	N1a1a1a	L708	Karmin et al. 2015
GS000022441-ASM	YakK4	NorthAsia	Yakuts	Russia	N1a2b2a1c~	L665	Karmin et al. 2015

[кылышбай]

07.02.2021 в 01:00, Samtat сказал:

ERS474367	HGDP00958	NorthAsia	Yakut	Siberia	C2b1a1a1a1	F3850	HGDP (Bergstrom et al. 2020)
ERS474371	HGDP00962	NorthAsia	Yakut	Siberia	C2b1a1a1a1	F3850	HGDP (Bergstrom et al. 2020)

 

M407, общая ветка с казахскими коныратами, бурятами-булагатами, эхиритами и ойратами

[asan-kaygy]

Цитата

 

С форума Anthrogenica:
 

Цитировать

I6365; 814-783 BC; Uushigiin uvur, slab grave 1, Burentogtoh sum, Khuvsgul aimag, Mongolia; Slab Grave_LBA/EIA; N1c1a-TAT>F1419>L708>M2126>pre-M2019


M2019 level: M2019+ G>A (1A); M2054+ A>T (1T); M2118+ A>G (1G); M2027+ G>T (1T); M2119+ T>C (5C); FGC65415+ T>C (3C-1T); FGC65412- T>A (3T); Y28043- C>G (1C); M2023- C>A (1C)


He also has M1992+ T>C (1C) at M2058 level (directly below M2019), but it is likely a false positive, given the three ancestral SNPs at M2019 level.

 

Плиточник из этой работы
https://forum.molgen.org/index.php/topic,12613.90.html