Казахский ДНК-проект

[asan-kaygy]

Это ошибочная запись

[asan-kaygy]

http://sc.edu.gov.kz/ru/about/organization/institut-molekulyarnoi-biologii-i-biohimii-im-ma-aithozhina
8. Молекулярно-генетическая характеристика казахов Южно-Казахстанской, Жамбылской и Алматинской областей на основе однонуклеотидной и микросателлитной вариабельности Y-хромосомы
Задачи проекта:

Изучить вариабельность Y-хромосомы казахов Южно-Казахстанской, Жамбылской и Алматинской областей с использованием современных молекулярно-генетических подходов для получения экспериментальных данных о происхождении казахов.

Период реализации проекта: 2015-2017 гг.

Текущий статус проекта: выполняется 

Контактная информация: 

Руководитель проекта: Айтхожина  Н.А.

моб. телефон: +7(777) 215-33-08

email: aytkhozhina@mail.ru

Общая сумма финансирования проекта: 9 950 000 тенге

Освоено: 8 960 000 тенге

Источник финансирования: республиканский бюджет

Достигнутые результаты проекта: 

Коллекция ДНК дополнена 369 образцами, общее количество образцов в коллекции – 809 образцов;
Путем анализа 31 однонуклеотидных полиморфизмов, а также с помощью предикторов  определены 29 гаплогрупп Y-хромосомы. Определены гаплотипы по панели 25 микросателлитных локусов Y-хромосомы для 420 образцов (всего 678 образцов);
Построены медианные сети гаплотипов для линий и определен возраст наименее древнего общего предка кластеров; Выявлено, что распределение большинства гаплогрупп существенно варьирует в зависимости от родоплеменной принадлежности. Для большинства изученных родов был выражен эффект основателя. Анализ методом оценки молекулярных вариантов (AMOVA) показал, что разделение на жузы является условным, искусственным.

[asan-kaygy]

http://sc.edu.gov.kz/ru/about/organization/institut-obshchei-genetiki-i-tsitologii
1. Анализ генетической связи между потомками прото-казахской популяции аргын и древними костными останками гуннского периода из Венгрии
Цель проекта:

Определить возможное генетическое родство между потомками прото-казахской популяции аргын и костными останками гуннского периода из Венгерского музея естественной истории, представляющими косвенные свидетельства связи между нашими народами.

Основная идея Проекта заключается в использовании информативных ДНК-маркеров для определения возможного генетического родства между современными потомками древнего казахского племени – аргын и доступного археологического материала гуннского периода из Венгрии. Такое сравнительно-ретроспективное исследование в сочетании с литературными данными может помочь в решении некоторых вопросов этногеномики и реконструкции древних миграционных путей номадских племен на территории Центральной Азии и Европы.

Задачи проекта:

Анализ имеющихся в мировых и отечественных базах данных ДНК-профилей  казахов рода аргын.
Проведение ДНК-анализа современных потомков казахской протопопуляции аргын на основе использования биоматериалов, имеющихся в собственных генбанках, представляющих современное население Казахстана.
Организация экспедиций и сбор нового биоматериала, представляющего потомков мужского пола казахской протопопуляции аргын.
Выделение и генотипирование ДНК, определение гаплотипов Y-хромосомы в общей популяции современных аргын;
Детальный антропологический анализ костных останков гуннского периода, хранящихся в Венгерском музее естественной истории.
Забор образцов костной ткани для молекулярно-генетического исследования. Выделение ДНК из древних костных останков, оценка качества, генотипирование по микросателлитным локусам Y-хромосомы, митохондриальной ДНК и аутосомным маркерам;
Пополнение базы данных Казахстанского ДНК-проекта и проекта «Казахстан» коммерческой компании Family Tree DNA (FTDNA, USA) ДНК-профилями современных казахов.
Анализ генетического родства между потомками протоказахской популяции аргын и костными останками гуннского периода из Венгерского музея естественной истории и попытка реконструкции миграционной истории древних кочевых племен.
Период реализации проекта: 2015-2017 гг.

Текущий статус проекта: выполняется 

Контактная информация: 

Руководитель проекта: Джансугурова Л.Б

раб.телефон: +7 (727) 269-45-87

моб. телефон: +7 (702) 257-25-71

email: leylad@mail.ru

Общая сумма финансирования проекта: 13 880 000 тенге

Освоено: 9 254 000 тенге

Источник финансирования: республиканский бюджет

Достигнутые результаты проекта: 

Проведен сбор нового биоматериала, представляющего современных казахов рода аргын (35 чел.). Выделены ДНК и осуществлено генотипирование по 17 локусам Y-хромосомы.

Определение гаплотипов показало, что в изученной когорте аргын представлено 14 гаплотипов Y-хромосомы. Это свидетельствует о разнообразии отцовских линий этого казахского рода.

Из костных останков гуннского периода выделена и охарактеризована палео-ДНК по количественным и качественным характеристикам. Проведено генотипирование палео-ДНК по 17 локусам Y-хромосомы, установлен L гаплотип Y-хромосомы.

Методами секвенирования проведен анализ мтДНК, установлен D4j12 гаплотип. Проведена реконструкция облика древнего объекта.

Филогенетический анализ показал азиатское генетическое происхождение гуннского объекта из Венгрии, что подтверждает миграционную историю гуннов.

Проблемы выявленные в рамках проекта:

Ннедостаточный объем финансирования проекта приводит к нехватке финансовых средств для приобретения дорогостоящих реактивов.

[кылышбай]

4 часа назад, asan-kaygy сказал:

1. Анализ генетической связи между потомками прото-казахской популяции аргын и древними костными останками гуннского периода из Венгрии
2. Определение гаплотипов показало, что в изученной когорте аргын представлено 14 гаплотипов Y-хромосомы. Это свидетельствует о разнообразии отцовских линий этого казахского рода

 

4 часа назад, asan-kaygy сказал:

 3. Молекулярно-генетическая характеристика казахов Южно-Казахстанской, Жамбылской и Алматинской областей на основе однонуклеотидной и микросателлитной вариабельности Y-хромосомы. Коллекция ДНК дополнена 369 образцами, общее количество образцов в коллекции – 809 образцов

вы в этих проектах задействованы и есть вообще какой нибудь обмен данными и мнениями между этими проектами и вашей работой, проектом ДНК-Шежире и т.д.?

1. на основании каких тезисов финансируется этот проект из бюджета? на связи "мажаров, мадьяров и гаплогруппе G"?

2. вы согласны с этим? теоретически любая популяция в определенных временных промежутках имеет разнообразные отцовские линии. но как раз таки в привычнах временных рамках аргыны ярко демонстрируют эффект основателя. даже есть серьезная работа по этому - уникальная в мире в этой области - вы недавно ее тут публиковали ссылку на нее

3. 369 из этого проекта, а остальные из 809 из шежире и Казахского ДНК проекта ФТДНА? есть ли смысл дублировать те проекты этой работой? и опять же за счет бюджета. да и результаты вполне ожидаемы. когда работа будет доступна?

 

я лично конечно рад что именно в этом направлении есть финансирование и увеличивается база данных казахского генофонда. но я считаю, что часть этих средств лучше было б потратить на full-Y  некоторых "казахских" гаплогрупп, у которых не все дерево расшифровано. а также (это не менее важно) родственных гаплотипов среди других этносов для выявления  возраста общего предка, истории этногенеза и миграции

[asan-kaygy]

17 часов назад, кылышбай сказал:

вы в этих проектах задействованы и есть вообще какой нибудь обмен данными и мнениями между этими проектами и вашей работой, проектом ДНК-Шежире и т.д.?

1. на основании каких тезисов финансируется этот проект из бюджета? на связи "мажаров, мадьяров и гаплогруппе G"?

2. вы согласны с этим? теоретически любая популяция в определенных временных промежутках имеет разнообразные отцовские линии. но как раз таки в привычнах временных рамках аргыны ярко демонстрируют эффект основателя. даже есть серьезная работа по этому - уникальная в мире в этой области - вы недавно ее тут публиковали ссылку на нее

3. 369 из этого проекта, а остальные из 809 из шежире и Казахского ДНК проекта ФТДНА? есть ли смысл дублировать те проекты этой работой? и опять же за счет бюджета. да и результаты вполне ожидаемы. когда работа будет доступна?

я лично конечно рад что именно в этом направлении есть финансирование и увеличивается база данных казахского генофонда. но я считаю, что часть этих средств лучше было б потратить на full-Y  некоторых "казахских" гаплогрупп, у которых не все дерево расшифровано. а также (это не менее важно) родственных гаплотипов среди других этносов для выявления  возраста общего предка, истории этногенеза и миграции

Нет не задействован.

1. Типа. Тут наши великолепные генетики, которые этот проект написали, вообще хуже интернет-юзеров разбираются в вопросе

2. Не согласен

3. Не знаю когда будет доступна работа, но то гос задание на которое выделили 882 млн. тенге на исследование казахов провалено. Ни статьи ни книги и столько денег ушло

[asan-kaygy]

Второй проект гораздо лучше по Старшему жузу. Там и денег меньше потратили и результаты хоть как то выходили

[asan-kaygy]

Ошибки первого проекта можно легко объяснить. сделаю это либо в статье либо в очерке

[asan-kaygy]

Хотя им вместо 882 млн тенге оказывается дали 247,3 млн. тенге

[кылышбай]

нда, все было б смешно если б не так грустно от таких вещей в стране. а ведь еще постеснялся написать "на основе Аргын=ар+Гун") 

сколько сейчас стоит full Y? на FTDNA рождественские распродажи и Y-111 стоит 319$

[Samtat]

 Аsan-kaygy , с Вашего разрешения процитирую:

2. Казахи 

2.1. Кыпчаки (Узун, Колденен, Карабалык) относятся к субкладу R1b1a1-M73 [28].

2.2. Бултын-Кыпчаки (Мадьяр, Кулатай и др.) относятся к гаплогруппе J2-M172 [26].

2.3. Аргыны относятся к гаплогруппе G1 [41]

2.4. Конырат (Кунгират) относят к субкладу С2b-M407 [29]

2.5. Алшыны относятся к субкладу С2а-М48 [26]

2.6. Уйсуны относятся двум субкладам: подразделения Шакшам, Сары-Уйсун, Дулат, Албан, Суан, Шапрашты относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер), подразделение Сргелы относится к субкладу N1c1-F4205 [31] [26].

2.7. Найманы. У Найманов доминирует 3 субклада: Баганалы найманы относятся к субкладу R1b1a2-Z2103, Толегетай найманы (Каракерей, Тортуыл, Матай, Садыр) относятся к субкладу О3- М175, Сарыжомарт найманы относятся к субкладу С2а-М48 [54] [26].

2.8. Табыны. У Косеули (Тартулы) Табынов доминирует субклад R1a-Z2124, у Шомишты и Таракты Табынов доминирует гаплогруппа С2-М217 [32]

2.9. Кереи относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер) [33] [39]

2.10. Шанышкылы (Катаган) относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер) [26], который есть у Уйсунов и Кереев. Старкластер традиционно отождествляется с монгольскими нирунами (нирунскими родами).

[кылышбай]

35 минут назад, Samtat сказал:

 Аsan-kaygy , с Вашего разрешения процитирую:

Уйсуны относятся двум субкладам: подразделения Шакшам, Сары-Уйсун, Дулат, Албан, Суан, Шапрашты относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер), подразделение Сргелы относится к субкладу N1c1-F4205 [31] [26].

я не asan-kaygy, но с его и вашего разрешению вставлю свои 5 копеек:

1. смотря как интерпретировать многочисленные варианты Шежире Сыргели можно не относить к уйсынам, а перечислить как отдельный род. я кстати предлагал это когда еще не были известны результаты анализов и не знал про этот форум вообще. как мы видим Сыргели оказались действительно не родственны с остальными уйсынами (или кырме или не уйсыны или генетические туристы)

2. род Уак из Среднего жуза относится к N1c-F4205 и со слов asan-kaygy у них с Сыргели общий предок жили не ранее 8-10 веков

3. все казахские старкластеры F4002 можно по общим мутациям разделить на несколько гаплотипов (при этом две группы кереев окажутся далеки друг от друга: одна близка к уйсынам - четко коррелируется с Шежире)

 

[Peacemaker]

56 minutes ago, Samtat said:

 Аsan-kaygy , с Вашего разрешения процитирую:

2. Казахи 

2.1. Кыпчаки (Узун, Колденен, Карабалык) относятся к субкладу R1b1a1-M73 [28].

2.2. Бултын-Кыпчаки (Мадьяр, Кулатай и др.) относятся к гаплогруппе J2-M172 [26].

2.3. Аргыны относятся к гаплогруппе G1 [41]

2.4. Конырат (Кунгират) относят к субкладу С2b-M407 [29]

2.5. Алшыны относятся к субкладу С2а-М48 [26]

2.6. Уйсуны относятся двум субкладам: подразделения Шакшам, Сары-Уйсун, Дулат, Албан, Суан, Шапрашты относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер), подразделение Сргелы относится к субкладу N1c1-F4205 [31] [26].

2.7. Найманы. У Найманов доминирует 3 субклада: Баганалы найманы относятся к субкладу R1b1a2-Z2103, Толегетай найманы (Каракерей, Тортуыл, Матай, Садыр) относятся к субкладу О3- М175, Сарыжомарт найманы относятся к субкладу С2а-М48 [54] [26].

2.8. Табыны. У Косеули (Тартулы) Табынов доминирует субклад R1a-Z2124, у Шомишты и Таракты Табынов доминирует гаплогруппа С2-М217 [32]

2.9. Кереи относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер) [33] [39]

2.10. Шанышкылы (Катаган) относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер) [26], который есть у Уйсунов и Кереев. Старкластер традиционно отождествляется с монгольскими нирунами (нирунскими родами).

У торе,меркит,жалайыров какая гаплогруппа?

[asan-kaygy]

23 часа назад, кылышбай сказал:

нда, все было б смешно если б не так грустно от таких вещей в стране. а ведь еще постеснялся написать "на основе Аргын=ар+Гун") 

сколько сейчас стоит full Y? на FTDNA рождественские распродажи и Y-111 стоит 319$

Big Y можно заказать за 425 долларов

[asan-kaygy]

1 час назад, Samtat сказал:

 Аsan-kaygy , с Вашего разрешения процитирую:

2. Казахи 

2.1. Кыпчаки (Узун, Колденен, Карабалык) относятся к субкладу R1b1a1-M73 [28].

2.2. Бултын-Кыпчаки (Мадьяр, Кулатай и др.) относятся к гаплогруппе J2-M172 [26].

2.3. Аргыны относятся к гаплогруппе G1 [41]

2.4. Конырат (Кунгират) относят к субкладу С2b-M407 [29]

2.5. Алшыны относятся к субкладу С2а-М48 [26]

2.6. Уйсуны относятся двум субкладам: подразделения Шакшам, Сары-Уйсун, Дулат, Албан, Суан, Шапрашты относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер), подразделение Сргелы относится к субкладу N1c1-F4205 [31] [26].

2.7. Найманы. У Найманов доминирует 3 субклада: Баганалы найманы относятся к субкладу R1b1a2-Z2103, Толегетай найманы (Каракерей, Тортуыл, Матай, Садыр) относятся к субкладу О3- М175, Сарыжомарт найманы относятся к субкладу С2а-М48 [54] [26].

2.8. Табыны. У Косеули (Тартулы) Табынов доминирует субклад R1a-Z2124, у Шомишты и Таракты Табынов доминирует гаплогруппа С2-М217 [32]

2.9. Кереи относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер) [33] [39]

2.10. Шанышкылы (Катаган) относятся к субкладу C2a-F4002 (старкластер) [26], который есть у Уйсунов и Кереев. Старкластер традиционно отождествляется с монгольскими нирунами (нирунскими родами).

Рахмет

[asan-kaygy]

38 минут назад, кылышбай сказал:

я не asan-kaygy, но с его и вашего разрешению вставлю свои 5 копеек:

1. смотря как интерпретировать многочисленные варианты Шежире Сыргели можно не относить к уйсынам, а перечислить как отдельный род. я кстати предлагал это когда еще не были известны результаты анализов и не знал про этот форум вообще. как мы видим Сыргели оказались действительно не родственны с остальными уйсынами (или кырме или не уйсыны или генетические туристы)

2. род Уак из Среднего жуза относится к N1c-F4205 и со слов asan-kaygy у них с Сыргели общий предок жили не ранее 8-10 веков

3. все казахские старкластеры F4002 можно по общим мутациям разделить на несколько гаплотипов (при этом две группы кереев окажутся далеки друг от друга: одна близка к уйсынам - четко коррелируется с Шежире)

 

2. предок жили около 950 лет назад плюс минус погрешность

3. у двух групп кереев отличие в одном стр маркере, без Биг У трудно измерить возраст
 

[asan-kaygy]

18 минут назад, Peacemaker сказал:

У торе,меркит,жалайыров какая гаплогруппа?

их мало, поэтому в статье не было. а меркитов у казахов есть мелкий подрод но связан он с теми меркитами не понятно

[zet]

А с кеми же еще?

[кылышбай]

asan-kaygy, кит 171594 (tilik 14-th century, bugal, Kadyrzhan 20c., kazak) я так понял из рода Ысты. у протестированных ысты не наблюдается мажорность F4002? если б не старкластер у большинства шапырашты - можно было б выдвинуть тезис о родстве шапырашты, ысты, ошакты с сыргели (как в одной из версии Шежире)?

[asan-kaygy]

1 час назад, zet сказал:

А с кеми же еще?

Это может быть имя из шежире

[asan-kaygy]

8 минут назад, кылышбай сказал:

asan-kaygy, кит 171594 (tilik 14-th century, bugal, Kadyrzhan 20c., kazak) я так понял из рода Ысты. у протестированных ысты не наблюдается мажорность F4002? если б не старкластер у большинства шапырашты - можно было б выдвинуть тезис о родстве шапырашты, ысты, ошакты с сыргели (как в одной из версии Шежире)?

У Ысты доминирует J1

[Le_Raffine]

5 часов назад, asan-kaygy сказал:

У Ысты доминирует J1

 

Откуда они у них взялись непонятно? Кунаев ведь тоже ысты, но у него вроде С2?

[asan-kaygy]

Непонятно. )))

[кылышбай]

J наряду с C, R, G, N и O в топ-6 среди казахов

[asan-kaygy]

http://sc.edu.gov.kz/ru/news/drugoe/dnk-kazahov-kak-sootvetstvie-mestnosti-rozhdeniya_2016-12-27-181600

[enhd]

Вопрос ув. Асан-Кайгу:

Надоело мне неучу-ДНК знанию все эти странные и незнакомые буквы с цифрами.

Скажите более грубее или более прямо. Казахи это монголы в большинстве или тюрки в большинстве? Как я понимаю цель ваших исследований именно это.